调查中，警方在盖西家中搜到的手铐、折刀、绳索等作案工具及色情书刊 （图片）
不过，德斯普兰斯警方却深信盖西与皮斯特的失踪案有关，因而对其记录进行了调查。
警方发现他在芝加哥有过案底，并在爱荷华州因鸡奸罪入狱。
在申请了搜查令后，警方对盖西的房屋进行了搜查，并发现一些嫌疑物品：一个刻有“J.A.S.”的1975年高中毕业纪念戒、好几本驾驶执照、手铐、折刀、针筒、一把6mm口径的枪支、皮斯特工作药店的收据，以及关于男同性恋和娈童的书籍。
警方决定暂扣盖西的奥兹莫比牌（Oldsmobile）汽车和PDM公司的其他机动车，同时派出监视组跟踪盖西。第二天，警方接到米高·罗西（Michael Rossi）的电话，得知一年前格雷戈里·戈奇克（Gregory Godzik）和盖西雇员查尔斯·哈图拉（CharlesHattula）的尸体在一条伊利诺伊州的河流中被发现。
12月15日，警方对于盖西的前科案件有了进一步调查，得知杰弗里·里格纳尔（Jeffrey Rignall）曾报案说盖西引诱其上车并遭受他的虐待和强暴。在与盖西前妻对话中，警方得知了约翰·布特科维奇的失踪案。
警方在盖西家找到了失踪男学生约翰·A·西茨（John A. Szyc）的戒指，同时，也注意到盖西的一名员工开着和西茨相似的汽车，并调查证明此车之前属于西茨。
遇害人的奥兹莫比牌（Oldsmobile）Delta 88汽车（图片）
12月17日，警方与盖西的员工进行了正式会谈，得知是盖西把这辆汽车卖给了他，同时，警方在对那辆奥兹莫比牌汽车调查中，发现了一小撮有可能是人类头发的纤维，这些纤维被送去检查。
当晚，警方使用受训警犬调查皮斯特是否曾在盖西的汽车中出现。此时，警犬躺在汽车的乘客座上，这向警方暗示可皮斯特的尸体曾在这里出现。
预测到事情要败露后，盖西在12月20日去找他的律师萨姆·阿米兰特（SamAmirante）。一到目的地，他就要求律师给他一瓶酒。
阿米兰特问他跟警方谈得如何，他指着一份《每日先驱报》（The Daily Herald）告诉他的律师，“这个男孩已经死了，他在河里”。
此时，盖西已经知道自己被逮捕是必然的，在最后几小时的自由时间中，他打算拜访自己的朋友并向他们告别。他开车前往加油站，并递给加油工兰斯·雅各布森（Lance Jacobson）一小包大麻。雅各布森将大麻交给警方，并告诉警方盖西曾对他说“我的末日即将来临，这些人会来杀我”。
然后，盖西驱车前往同行罗纳德·罗德（RonaldRhode）家中。他拥抱了罗德，老泪纵横的说：“我杀了30个人”。警方获得了第二次搜查令后，考虑到盖西的反常行为，警方担心他会自杀，就以非法藏匿和分发大麻的罪名将其逮捕。
盖西被警方逮捕 （图片）
最后，盖西向警方承认，他一共杀害了大约25至30人。
这些人大多是逃亡者或男妓，基本都是盖西从芝加哥车站或街上找到，然后诱骗到家中的。
他向这些人承诺给予工作和报酬，或有的就是直接暴力绑架的。
一旦回到住所，受害人会被带上手铐或以其他方式绑住直至死亡，盖西将此称为“绳子戏法”。
警方问盖西到底为什么要这么做，他说这在得知“休斯顿大屠杀”后受到的“启发”。
受害者通常被单独引诱到他家里，但也出现过盖西所谓的“双捕”的情况，也就是一晚上同时杀害两名受害人。
警方在盖西家中寻找遇害人尸体
1978年12月22日到29日期间，共有27具尸体从盖西的房屋中被找到。其中有26具是在地下道空间被发现的，另有1具约翰·布特科维奇的尸体被埋在车库的混凝土地板下。
大多数受害者尸体被放置在盖地下道空间，盖西会定时将生石灰倒进去，以促成尸体分解。盖西说，他自己也不知道在那里埋了多少受害者。
问及罗伯特·皮埃斯特时，盖西对自己勒死青年的事实供认不讳，并且说当他处理完尸体后，赶着去德斯普兰斯赴约时发生了一起交通事故，因此在12月12日凌晨时披头散发地的到警局。
警方根据盖西供述的地下室示意图，来搜寻遇害人尸体
警方进行尸体挖掘工作
由于芝加哥的严冬将至，挖掘工作从1979年1月推迟到了3月。
3月9日，第28个受害人的尸体在一个靠近后院烧烤架的坑里被发现。
3月16日，另一名受害者的尸体在饭厅的地板下发现，盖西房屋内的尸体总数达到29具。另外，还有3具遇害人尸体在德斯普兰斯河里发现。
这些受害人中，年龄最小的塞缪尔·斯台普顿（SamuelDodd Stapleton）和迈克尔·马里诺（Michael Marino），两人年仅14岁。
年纪最大的是罗素·纳尔逊（RussellNelson）和詹姆斯·马扎拉（James Mazzara），也只有21岁。另外，还有7名受害者的身份至今未确认。
根据公布报告，盖西被确诊为精神病患者，他对自己的罪行没有表示任何的悔恨
据报道，他在最后陈述中说，“判处他死刑也不会弥补别人的损失，并认为这判决是针对他的谋杀”，最后一句话嚣张的说了“Kiss my ass”这样的蔑视语言。
在上世纪80年代对他的一次采访中，盖西说在谋杀被害人时，他会感到“精疲力尽”，并达到性高潮。盖西说：“那时候我才意识到原来死亡能带给我最大的快感”。
1980年，盖西被判处死刑缓期执行。
缓刑期间，他对自己的罪行毫无忏悔，并且创作了很多作品。其中有一副关于小丑的画像，写着“再见，小丑Pogo”
盖西被执行死刑后的死亡证明
在1994年5月9日上午，盖西从梅纳尔惩教中心（Menard Correctional Center）转移到了斯泰特维尔惩教中心（Stateville Correctional Center in Crest Hill）执行死刑。
当天下午，他在狱中与家人吃了一顿肯德基（KFC）快餐。晚上，他与一名天主教神父祈祷，之后被执行注射死刑。
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