曹化淳深知决战将至，丝毫不敢懈怠。他一面命人继续收集西班牙核心据点的情报，一面根据前期战斗中总结的经验，对军队的战术进行了细致调整。针对西班牙殖民军可能的顽抗策略，他制定了多套应对方案，并反复组织将领们研讨演练。
战斗打响，明军先是用火炮对西班牙核心据点进行了长时间的密集轰击，试图摧毁其坚固的防御工事和心理防线。曹化淳亲自在前线指挥，激励着每一位士兵的士气。攻城部队在炮火的掩护下，推着攻城器械稳步向前。御林军作为攻坚主力，顶着敌人的枪林弹雨，奋勇攀爬城墙。尽管西班牙殖民军拼死抵抗，滚油、巨石不断落下，但明军毫不退缩。
此时，陈奇瑜和张皇言从侧翼发动佯攻，吸引了西班牙守军的部分火力、郑成功则率领水师封锁了海面，防止西班牙殖民军从海上逃窜或获得支援。在激烈的战斗中，明军各部队紧密配合、在曹化淳的指挥下逐渐的突破了西班牙殖民军的防线，经过数天的惨烈厮杀、西班牙殖民军终于力竭投降，曹化淳下令全部诛杀一个不留，崇祯五年九月28号、明军成功收复了整个东番岛。
消息以八百里加急传至京城、崇祯帝朱奥收到喜报后，龙颜大悦、他深知东番岛历经战火，百废待兴，急需得力官员治理。
于是，他立即召集吏部官员王永光、选拔东番岛巡抚、巡按等重要人选，总兵需要梁廷栋推荐、经过一番慎重考量，崇祯选定了范志完、任命他为巡抚因为目前查他还算清廉，且富有治理经验、东番岛一切事务就让他负责统筹民政各项事务，而巡按就选了潘永图。
同时朱奥又挑选了李辅明为总兵、因为他的履历丰厚，李辅明辽东人一直跟随关宁铁骑南征北战、崇祯年间累官至山西总兵、崇祯十六年（1643年），李辅明为援剿总兵于辽东前屯血战清军而阵亡殉国、他治军还算可以，担任总兵应该没啥问题，而且在袁崇焕手下待了两年、讲武堂也深造了一年，负责维护东番岛的军事没问题。
同时，朱奥意识到东番岛地理位置重要，为加强海上防御和拓展远洋贸易，决定将福建水师主力往东番迁移一部分，组建远洋舰队、他下令福建的工部尽快打造一批适应远洋航行的大型战舰，配备先进的火炮和航海设备，又命郑成功募兵必须要精锐水师、进行严格的远洋作战和航能训练。
在东番岛曹化淳暂时统筹了全部政军各项工作、一边安排军队协助地方官员恢复秩序，安抚百姓，一边组织力量修缮被战火破坏的城镇和基础设施。他还鼓励百姓积极参与建设，恢复农业和商业生产、在他的努力下，东番岛从战争的创伤中快速的恢复，呈现出一片生机勃勃的景象。
随着时间的推移远洋舰队、在郑成功以及朱奥的钱粮支持下逐步组建，明朝的海上实力得到了极大提升、东番岛作为舰队的重要前沿基地，不仅成为了明朝抵御外敌的前沿阵地，也为明朝开展远洋贸易、拓展海外影响力提供了绝佳地港口，几年下来东番岛就能给朝廷带来丰厚嗯财政收入。
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