一、大都督府
设立之原因
龙凤七年（1361年）三月二十六日，朱元璋「改枢密院为大都督府。命枢密院同佥朱文正为大都督，节制中外诸军事，中书省参议李善长兼司马事，宋思颜兼参军事，前检校谭起宗为经历，掾史汪河为都事。」据南炳文考证，这里的「枢密院」当为「行枢密院」。随着大都督府的正式建立，都督府军事领导体制在之后逐步确立，最终成为明代法定最高军事领导机构。
关于大都督府设立的原因。南炳文《明初军事初探》一文中认为，由「行枢密院」改「大都督府」，反映了朱元璋想通过改称大都督府这种方式脱离龙凤政权对其统一事业的羁绊。「既达到消除不标志中央军事领导机构这一不便之处的目的，又不刺激其他政治势力，（特别是龙凤政权）给自己带来不利的影响。」但这一说法不尽合理。若明太祖要以改行枢密院来建立自己的独立政权，那为何明太祖自己任职的江南等处行中书省的「行」字，一直沿用至吴元年（1367年）。所以改设大都督府与建立独立的政权之间，并不存在紧密的关系。
李新峰在《明代大都督府论略》中认为，「朱元璋由枢密院到大都督府的设立，使它成为朱元璋利用文官任职大都督府以达到直接控制军事大权的目的。」但这种观点也不准确。因为建府之后，任职于都督府的文官并没有实际发挥这种控制军权的作用。
考察几位建府时调入的文职官员发现：李善长兼司马，但之后并未看到李善长或其他文臣以司马官职任职于府事或处理军务的记载；宋思颜兼任参军，宋思颜本为行中书省参议，兼任参军。《明史》记载其后来出任河南道按察佥事，坐事死。宋思颜究竞何时任按察使，清修《明史》并无记载，但在雷礼《国朝列卿纪》中有说到，章溢任湖广提刑按察司佥事时，按察使宋思颜坐罪并涉及到章溢，此为龙凤十年（1364年）事，可见宋思颜在大都督府的任职时间较为短暂。而且，需要强调的是，虽然在清修《明史》中，有「大都督府参军」一职的记载，但在官职定制中，参军属于中书省而非大都督府属官；谭起宗后事不详，但作为大都督府的都事汪河，在龙凤九年（1363年）的记载中就已为中书省都事。而查阅相关史料，至明朝建国之前也没有发现其他任职于都督府的文官有处理军务的职能。
这样来看，都督府建立之后，虽有一批文臣任职于都督府，但是基本上任职时间较为短暂，并没有实际发挥出李新峰所认为的那种「控制军权」的作用。况且大都督府机构本身真正具有统军职能，是在洪武三年（1370年）随着大多数武将被调入之后，但此后掌府事者均为李文忠等一批武将而非文臣。因此，以文臣任职都督府以处理军务并不是设立大都督府之目的。
再者，李新峰还提到，明太祖设立大都督府的起因在于，明太祖在龙凤七年（1361年）「是高踞行中书省之上的吴国公，隐然一国之长，遂模仿元代中央体制，来设立具有独立性质的机构体系。」但是这个论点仍然不尽合理，因为明太祖在成为吴国公之后，并没有高居于中书省之上，仍然兼任中书省丞相一职，而且在时人对其的称谓也是「大丞相吴国公。」
此外，还有陈时龙在《论明初大都督府之创设一兼论朱元璋以诸子节制北部军事思想之萌芽》一文中，提出大都督府的设立的真实目的是朱元璋希望通过自己侄儿朱文正任大都督，从而增设一道朱姓的藩篱，与其建国之后由诸子掌兵的思想一脉相承。这一观点虽有其合理性，但若单纯以这种看法作为大都督府设立的原因，又显得过于粗略，不能完全反映出大都督府设立前后，所带来的一系列复杂的变化。
其次，由「行枢密院」到大都督府的这一变化，明太祖最主要的目的在于通过这种改制，来达到对军权更为有效的控制。关于这一点，需要从两个方面进行分析：
一方面是，对邵荣等在明太祖集团内部具有一定离心力的领军将领加强控制。
邵荣，1352年随郭子兴于濠州起事，在郭天叙、张天佑死后，成为原郭子兴部的主要领军将领，《明史·常遇春传》载「先是，太祖所任将帅最著者，平章邵荣、右丞徐达与遇春为三。」而且其后来出任枢密院最高长官—枢密院同知，地位高于其他主要将领，但其本身并非明太祖的嫡系。龙凤七年（1361年）改制之后，原先任职于枢密院的将领并未随之转入大都督府，而是陆续调入明太祖直接掌握的中书省，「以枢密院同知邵荣为中书省平章政事，同佥常遇春为参知政事。」徐达也由枢密院转为中书省右丞。虽然就改制的结果看，邵荣仍为除明太祖以外诸将中地位最高者，却从相对独立的枢密院改为直接隶属于明太祖的中书省，受到明太祖的种种牵制，并成为之后「邵荣谋叛」的诱因。但反观明太祖方面，通过改制之后的人事调动，进一步加强了对掌军将领控制，此当为大都督府设立的主要目的之一。
另一方面，对朱文正的任职，来为之后的政权建设打下基础。
明太祖以自己的侄儿朱文正担任大都督府大都督，其最直接的目的，便是通过扶持朱文正，来确保军权的掌控。这种计划带有长期性，因为从改制的人事调动来看，明太祖首先是将诸将纳入自己的直接掌握的中书省内，但中书省这种军政合一的领导体制，只是为了适应战时的需求，一定程度上来说是权宜之计，并不适合于将来的政权建设。而朱文正任职大都督府大都督，就可以确保之后中书省军政分离，军权继续能够掌握在明太祖手中。
由于龙凤七年（1361年）到龙凤十一年（1365年），大都督府只有朱文正一人担任主官，其他武将是在朱文正获罪免官之后才逐渐任职于大都督府，所以曹循认为「正是朱文正的存在，阻碍了大都督府地位的变化…朱文正由原行枢密院同佥任大都督，其地位随着大都督府地位之提升而连升两级，朱文正虽在南昌之役立有大功，若骤然将其他元功宿将转入大都督府位于其下，则可能导致诸将不服。」但这种将朱文正视为大都督府发展障碍的观点，并不合理。
由于朱文正在龙凤十一年（1365年）被明太祖免官安置桐城县，且在不久之后死去，故而在明初，因怕触犯禁忌，关于朱文正的事迹一般较少记载，较为详细的只有任职大都督与守卫南昌两件事。但据顾诚的考证，朱文正在（1354年）到达滁州与明太祖团聚之后，「随即成为朱元璋最亲近之人，次年渡长江攻太平，战陈也先，再次年攻克集庆，均有战功。随后参与指挥力克常州，稳定了东部防线。任大都督后出镇江西，坚守南昌八十五天，为朱元璋取得潘阳湖决战的胜利，消灭大汉政权，进而统一全国奠定了基础。朱文正是没有见到开国的开国元勋。」而且，朱文正在获罪之前「无论是在战功等作为上，或是在官职地位上都比李文忠更高一筹。」既然明太祖可以令李文忠于洪武三年（1370年）任大都督府左都督，提督大都督府事，那么比他战功更高，与明太祖更为紧密的朱文正为何不能。况且，在朱文正获罪之前，明太祖已然逐步的将都督府的机构设立臻于完善，在此期间虽无其他将领任职都督府，但却订立都督府官制，将中书省等部门部分军权逐步划归大都督府。朱文正虽未获得总制天下军马的实际权力，但大都督府的发展趋势却朝这个目标不断前进。
明太祖是将大都督府作为一个政权最高军事机构而不断发展的，但当时处于较为复杂的军事斗争时期，大都督府在掌握军事实权方面需要一个渐进的过程，这是可以理解的。
所以，大都督府的设立，明太祖一是通过改制来进行人事调动，以加强对领军将领的控制。二是，命朱文正为大都督，为将来中书省军政分离之后，对于军权能够对继续掌控打下基础。
建制及发展
对于大都督府的设立及对于军权领导体制的确立，可以龙凤七年（1361年）建府至洪武三年（1370年）大封功臣为第一个阶段。
在这期间，明太祖一方面不断的调整及完善大都督府的机构设置，使之开始发挥国家最高军事机关的职能。另一方面，都督府在发展过程中各项统军机制不断完善，为之后的都督府一都司一卫所体制打下基础。
从洪武三年（1370年）到洪武十三年（1380年），当为大都督府发展的第二阶段，在这十年间，都督府职能不断集中但同时又开始受到明太祖的防范，并最终随着中书省的裁撤而分为五。
首先，为了全面掌握大都督府在第一阶段期间的发展情况，需从都督府机构的设置、任职人员情况、职能掌握三个方面讨论。
机构设置及完善
龙凤七年（1361年）三月二十六日，改行枢密院为大都督府
龙凤七年（1361年）十月一日「增置大都督府左右都督、同知、副使、佥事、照磨各一人。」十月八日，「以都护府断事官马世熊、岩达、陈汉、知事何士龙为大都督府断事官。」
龙凤十年（1364年）三月四日，定大都督府等衙门官制，「大都督从一品，左右都督正二品，同知都督从二品，副都督正三品，佥都督从三品，经历从五品，都事从七品。」
十月二十五日，将中书省所下辖的都镇抚隶属于大都督府。时参议府言：「初设省都镇抚以制辖行省军马，总禁卫之司，今行省既改为中书，而大都督府并掌戎机，若以都镇抚属本府，则事归于一。」明太祖以为然，「遂以都镇抚为大都督府镇抚，秩从四品，掌调各门守御千户所。」中书省兵权开始逐渐向都督府转移。
十二月二十六日，「置拱卫司以统领校尉，属大都督府，秩正七品。」
龙凤十年（1364年）大都督府官制表
品阶
职名
从一品
大都督
正二品
左、右都督
正三品
副都督
从三品
佥都督
从四品
镇抚
从五品
经历
正七品
拱卫司
从七品
都事
吴元年（1367年）十一月十三日，再次定制大都督府及地方卫所官制，「大都督府左右都督正一品，同知都督从一品，副都督正二品，佥都督从二品，参议正四品，经历、断事官从五品，都事正七品，照磨从七品。内外各卫指挥使司佥事，宿卫镇抚从四品，各卫镇抚从五品，千户所镇抚从六品，各卫知事正八品，宿卫知事从八品，断事官提控案牍，省注余官仍旧。」
吴元年（1367年）大都督府官制表
正一品
左、右都督
从一品
同知都督
正二品
副都督
正四品
参议
从五品
经历、断事
正七品
从七品
虽然之后，都督府还经过了几次调整，但对于都督府的结构建设在此次调整之后就已经基本定型。也就是在建国前的这次调整，在法律上正式确立了都督府对全国军事的领导权，并在此之后开始逐渐发挥其统辖军旅的实际作用。
任职者变化与职能掌握
龙凤十一年（1365年），一批武官开始任职于都督府。这年五月二十七日「以神武卫指挥使康茂才卫大都督府副使」，并在此之后，不断有新的武官任职其中。
在吴元年（1367年）九月，赏赐讨伐张士诚有功将士时，冯宗异（既冯胜）、张兴祖、梅思祖等人皆任职府中，且在论及都督冯宗异的功绩时，明太祖说道「从军在外，与经营布置在内者，任虽不同，其劳则一，冯宗异留守京城，军府之事独任其劳，亦宜受赏。」作为都督的冯宗异得赏，并不是在外征伐，而是强调其居中调节，任军府之事。
而且在建国之前的龙凤十二年（1366年）年七月、吴元年（1367年）二月与十一月，明太祖与都督府诸臣讨论征讨张士诚、对元军的戒备及向东南用兵等军事策略问题。
龙凤十二年（1366年）七月二十七日，上以淮东诸郡既平，遂议讨张士诚，召中书省及大都督府臣，谓曰：「张士诚据姑苏，数侵扰吾近地，为吾境内之寇，不可不讨。诸公其熟计之。」右相国李善长对曰：「张氏宜讨久矣，然以臣愚观之，其势虽屡屈，而兵力未衰，土沃民富，又多储积，恐难猝拔，宜视隙而动。」 上曰：「彼昏淫益甚，生衅不已，今不除之，终为后患。且彼疆域日蹙，长淮东北之地皆为吾有，吾以胜师临之，何忧不拔？况彼败形已露，何待观隙！」徐达进曰：「张氏骄横暴殄奢侈，此天亡之时也，其所任骄将如李伯升、吕珍之徒，皆龊龊不足数，徒拥兵众为富贵之娱耳。其居中用事者黄、蔡、叶三参军辈，迂濶书生，不知大计。臣奉 主上威德率精锐之师，声罪致讨，三吴可计日而定。」 上喜顾达曰：「诸人局于所见独尔合吾意，事必济矣，于是命诸将简阅士卒择日启行。」
吴元年（1367年）二月九日，上闻傅友德败元兵于陵子村，谓大都督府臣曰：「近陵子村之捷，盖扩廓帖木儿游兵，彼故以此饵我，使吾将骄兵惰，掩吾不备，古人之戒正在于此，不可不知，善战者知彼知己，察于未形，故不出庙堂，折冲千里。可语安丰、六安、临濠、徐邳守将严为之备，常如敌至，则无患矣。」
吴元年（1367年）十二月十六日，勑征南将军汤和、副将军廖永忠、都督佥事吴祯帅舟师自明州海道以取福州， 上御戟门，与大都督府臣论各处用兵曰：「胡廷瑞已得邵武，今命汤和又从海上取福州，其势必得。既得福建，当留兵守要害，俾由海道取广东，杨璟兵取广西。既克，就以其兵下西蜀。中原赤地千里，人民艰食，军马所经，粮饷最急，当令人往徐邳运粮，兵精粮足，所向必克，卿等以为何如？」
表明在建国之前，随着部分武将的加入，都督府的职能建设已经能对战争本身及军事策略产生影响。
但是，在总体上看来，至洪武三年（1370年）之前，国家的军事职能仍然集中于中书省。
首先，中书省仍然为皇朝主要军事将领的任职场所。例如，洪武三年（1370年）被分封的六国公当中，只有都督府右都督冯胜一人是以都督官封公，其余几人皆以中书省官进封。二十八侯当中，除去御史中丞汤和，康茂才之子康铎以及之前已从都督府改任秦府左相兼陕西等处行中书省右丞的耿炳文外，以中书省官封侯的共有十四人，而以都督府官封侯者为九人。由于上述受封者，除李善长外，其他皆以军功受封，所以武将的任职机构也能反映出其军事权力的代表性。
其次，由于在龙凤七年（1361年）改制后，行枢密院虽被改为大都督府，而各地的分枢密院却均改为中书分省，再加上原分枢密院武官任职于中书分省，进而使得中书省成为当时主要的军政机构。所以在洪武三年（1370年）之前，都督府一些零星的职能体现，如屡次发布抚恤将士的檄文，以及对蒙元投降官员的筛选，都是与中书省共同参与，且大多以中书省为主。
如：命中书省传达军事命令，吴元年（1367年）十月二十六日「上以大军进取中原，恐王保保弟脱因帖木儿乘吾大举潜师，窃发侵扰边民，乃命中书省臣，遣人戒伤庐州、安丰、陆安、濠泗、蕲黄、襄阳各处守将，严兵备守。」
赏赐将士：洪武元年（1368年）九月 二十六日（1367年）「诏中书，运战衣二万给赐北征战士。」
对军屯事务的管理。洪武三年（1370年）九月六日，「中书省臣奏『太原朔州诸处屯田宜征其岁租，以备边用』弗许。先是，尝命内外将校量留军士城守，余悉屯田，其城守兵月给米一石，屯田者减半，在边地者月减三斗。官给农器，牛种。至是省臣言：『太原朔州等卫所屯田士卒官给牛种者，请十税其五，自具牛种者税其四。』上曰：『边军劳苦，能自给足矣，犹欲取其税乎？勿征。』
此外，还有军礼的议定，军功的著录等事宜均由中书省而非大都督府处理。
总体上说，至洪武三年（1370年）十一月之前，一方面，随着不断的机构建设，已经为都督府履行最高军事权力机构的职能打下基础。另一方面，这种军事权力的掌握，并不是一蹴而就，而是经过了一个时间上的变化，至少在洪武三年（1370年）之前，都督府尚未完全达到如此预期的国家机构设置：「国家新立，惟三大府总天下之政。中书政之本，都督府掌军旅，御史台纠察百司，朝廷纪纲尽系于此
职能之集中
从洪武三年（1370年）十一月之后，大都督府的统军职能开始全面集中，一方面由于北方战事大局已定，使得明太祖得以更加注重对政权内部进行组织、调整。另一方面，在此之前的都督府机构扩充和完善，也使得其能够逐步发挥军事职能。
都督官任职情况
在洪武三年（1370年）大封功臣时，命曹国公李文忠领大都督府事，宋国公冯胜任都督府右都督，原先以中书省官封侯者，除南雄侯赵庸、颖川侯傅友德改任都督府同知外，其他人员皆不再担任中书省原官，而以都督府及卫指挥等封侯的六人，任都督府同知，分别为吉安侯陆仲亨，济宁侯顾时，临江侯陈德，六安侯王志，荣阳侯郑遇春，江阴侯吴良。之后又升「升指挥王成、单发、沐英、何文辉、陈桓、庄龄、王蔄、蓝玉、仇成、金朝兴、费震、王弼、胡德并为大都督府都督佥事，仍令子孙世袭指挥。」
这样，至洪武三年（1370年）之后，大都督府逐渐成为高级武官衙府，而对于之前在中书省任职的武将，除徐达之外，要么被授予公侯不再兼任他职，要么就转大都督府。地方军卫的将官，立有战功之后，也不再像之前一样升入（行）中书省，如傅友德，先前任雄武卫指挥使，吴元年（1367年）以陵子村之功「进江淮行省参知政事。」陆仲亨，洪武元年（1368年）见任赣州卫指挥使，征广东有功「为江西行省平章政事」，洪武三年（1370年）十一月十三日「命曹国公李文忠领大都督府事，頴川侯傅友德、吉安侯陆仲亨、济宁侯顾时、临江侯陈德、六安侯王志、荥阳侯郑遇春、江阴侯吴良、南雄侯赵庸同知都督府事。」原先中书省武官以及地方军卫有功将领，成为建国后都督府的主要构成人员。这种以公侯兼任左右都督、都督同知，高级武将任职都督佥事的形式，也成为大都督府都督官的主要任职方式。
促成这种任职变化的原因，在于随着皇朝建立，朱元璋加快了政权组织的建设，一方面需要对于之前战时军政合一的中书省改制，以达到军政分离之目的，故将中书省任职的军事将领转入大都督府。另一方面，洪武三年（1370年）十一月之前，不断的机构建设，已经为都督府履行最高军事权力打下基础。故从此以后，都督府成为一个专职的武将领军机构，中书省军权被进一步转移，都督府的统军职能得到进一步强化。
大都督府职能掌握
对于都督府的职能，查阅《明实录》后可以归纳为以下几种：
一，参与军国重事。
对大都督府的这项执掌，当从两个方面讨论：
其一，任职于大都督府的最高长官，如李文忠、冯胜、汤和，在其被任命及加封爵位时诰文中强调其可以「同知军国事」「同参军国事」「议军国事」。但给予大都督府长官此种殊荣，更多的应该体现为其地位的重要性，若需要其正式参与军国事务，当还需特别的旨令，如在洪武十年（1377年）五月二十三日「命太师韩国公李善长、曹国公李文忠，共议军国重事。凡中书省、都督府、御史台悉总之，议事允当，然后奏闻行之。」而其他都督府长官并无这种共议军国重事的记载。
其二，大都督府作为一个军事机构，参与军国重事，主要是体现于其在军务的发言权，如在此时期，都督府对于诸多军务上是记载为「奏」，也就是提出意见，而非单纯的执行命令。相对于之后都督府的发展，在这一点上，才更能体现大都督府在参与国家军事事务上所体现的广泛性和主动性。
二，调遣军队。
在军队的调遣中，大都督府与其后的五军都督府之间所起到的不同作用，是前后二者地位变化较为明显的地方。洪武四年五月制定，八月改制并正式确立的调兵制度「走马符牌」是中书省、大都督府存在期间主要的调兵方式。
洪武四年（1371年）五月四日，「命工部造用宝金牌及军国调发走马符牌，用宝为小金牌二，中书省、大都督府各藏其一，遇制书发兵，省府以牌入，而后内府出宝用之。其走马符牌，凡有军国急务，遣使者佩之以行，礼部因以唐宋走马银牌之制以进， 上令尺寸从唐，其式如宋，务令制作精致，凡造金字牌二十，银字牌二十，文曰符令所至，即时奉行，违者必刑。俱以铁为之，阔二寸五分，长五寸，上鈒二飞龙，下级二麒麟，牌首为圆窍，贯以红丝条藏之，内府遇有调发则出之。」
洪武四年（1371年）八月一日，「改制用宝金牌，其上篆为阴阳文，仍增金符二字，阔三寸，长九寸五分，上鈒二凤，下鈒二麒麟，牌首为圆窍，贯以红丝绦。 上以古者符宝示大信于天下，关防弗严则奸伪由生，故命改制二牌，仍付中书省与大都督府，各收掌之。凡军机文书，非大都督府长官与中书丞相及在省长官，不许入奏，亦不许擅自奏请，若有诏急令调军，中书省即会大都督府官同入覆奏，然后各出所藏金牌入内，请宝出用。如大都督府先奉旨，亦如之，其有不行约会者以奸臣论。」
在调兵过程中，需要奉皇帝旨意，中书省与大都督府共同出示符牌方可，遇有紧急军务则由中书省与大都督府长官共同入奏。在这种调兵制度之下，虽然有较强的中书省、都督府相互牵制的意图，但作为掌军旅的一方，还是有一定的主动性，而非五军都督府时期单纯执行命令。
三、武官的升授、袭替、赏罚。
升授
洪武九年（1376年）四月二十日，「命中书省兵部定给武官诰勑之制，其特授陞除者，大都督府同承勑监官以 上旨附籍；其初入仕者，具年籍、父祖、己身功绩；其已入仕及陞除者，具所历功过、年籍，大都督府咨于中书省，送兵部覆奏贴黄。考功监参考同奏附籍。部儗散官移文翰林院撰文，付司文监校勘，奏付中书舍人书写署名用印，转付承勑、考功二监，并还本部以次署名用印，齎赴省府台官署名，仍付司文监对同署名用印，方付兵部，给授如袭职。降用者，大都督府勘验具年籍、祖父、功绩；降用者，具其罪名，奏旨处分，承勑监官附籍，其咨省送部覆奏贴黄参考对同，拟官撰文署名用印，给授如前。」
在其整个过程中，均有大都督府对所升授、降用者进行勘验、审核，再移交中书省兵部贴黄等。
有时也直接奉上意，选拔武官。如洪武十年十二月三日「上谓都督府臣曰：『元末天下纷扰，联荷天命，赖将帅之力削平祸乱，四方以宁。追思往昔，知谋英武之士或没于王事或考终天年，功在国家不可以泯，其有子孙者宜录用之，庶以慰死者之灵。』于是，都督府录丁忠等五百十一人以闻，授指挥、千百户有差。上又恐其年少未更事，令于在京直隶卫所署事，以试之。」
甚至对于低级军官直接由大都督府进行考选「太祖曰，各卫知事就令大都督府选除于本府考满。」
袭替
洪武三年（1370年）十二月九日，定武臣世袭之制。「凡授诰勑世袭武官，身殁之后，子孙应继袭职者，所司覈实，仍达于都督府，试其骑射闲习始许袭职，若年尚幼则闻于朝，纪其姓名，给以半俸，俟长，仍令试艺，然后袭职。」
洪武六年（1373年）闰十一月八日，「上命都督府，凡开囯以来大小功臣，有未食其报而卒，及身膺爵禄而恩未及其嗣者，皆具以闻。于是公侯以下至百户亡浸子孙应袭者凡二百九人，皆陞用之，士卒有于丙申岁以前充大号军者二十九人皆授官有差。」
赏罚
对于犯法武官进行处罚。大都督府的权重，有很大部分是其自身保持有较高的独立性，不受来自于文官集团的干涉。其中一个重要方面便是军事司法的独立性，仅存于洪武一朝的都督府断事官在此方面表现的尤为突出。
断事官一职，在都督府设立的当年十月便见于记载，「以都护府断事官马世熊、岩达、陈汉、知事何士龙，为大都督府断事官。
但在龙凤十年（1364年）三月的订立官制当中未被记载，估计设而复罢。被正式确立为大都督府官，或为龙凤十年（1364年）十月，「革金吾侍卫亲军都护府、统军元帅府、万户府并都护府断事官、知事于大都督府。」并于吴元年（1367年）对大都督府及地方卫所定制时，正式确立「大都督府左右都督正一品…参议正四品，经历、断事官从五品」且设立不久之后，便开始履行其军事刑法职能：
吴元年（1367年）六月「参知政事张昶以谋叛诛…上令大都督府按问昶。」
洪武五年（1372年）三月「南宁卫指挥佥事左君弼核民之无籍者为军，又纵所部军士入山伐木…命大都督府按罪君弼而禁戢其卒。」
洪武六年（1373年）三月「广西卫卒王异，因差遣还沂州受亲旧私遗，卫官以卫法并逮其亲旧三十四人，送都督府奏罪之。
洪武六年（1373年）六月「淮安卫总旗，因习射误中军人致死，都督府以过失杀人论之。」
通过这些事例可以看出，断事官在设置之后，无论是军官还是普通卫卒，只要违反法令，均有其进行审判按罪，就算是本府都督官亦不能例外。
上述几种职能，当为体现大都督府职掌最为重要的方面，正如洪武十二年，令曹国公李文忠提督大都督府事时的敕令所言「大都督府，掌天下军马。其迁选、调遣，在乎识贤愚、辨强弱、知险易、均劳逸、赏罚中、节进退、信期检察功过、防御奸侮，非止一端，职重机密，故倚为腹心。今特以尔提督府事，凡迁选、调遣务从尔议，然后奏闻，若府官及大小军职不律者，即便治之，功罪无隐。尔其钦哉。」而洪武之后，都督府执掌被不断削弱，也主要是对其武官迁选、军队调遣和军事刑法方面的限制
除了这些执掌外，都督府的职能体现还有以下几个方面：
订立军伍法令
洪武四年（1371年）十一月二十六日「大都督府奏，内外卫所武臣不能约束军士，致逃亡者众，宜立条章以示惩戒。于是定例，凡小旗逃三人者降为军，总旗逃十五人者降小旗，百户逃十五人者月减俸一石，递减至四石以上则追夺所授敕命，降充总旗…诏从之，著为令。」
洪武六年（1373年）正月十六日「上念天下既定，恐中外将卒习于安逸，弛武艺。于是命中书省臣同大都督府、御史台、六部官定议，教练军士律。」
掌握军籍
洪武四年（1371年）十月二十五日「大都督府奏，京师将士之数，凡二十万七千八百二十五人。」
洪武六年（1373年）正月十九日，「都督府奏，内外见设卫百三十有九，任指挥者三百六十五人。」八月二十三日「大都督府奏，内外军卫一百六十四，千户所八十四，计大小文武官一万二千九百八十人。」
对军队士卒及阵亡者家属给予赏赐及抚恤
洪武三年（1370年）十二月十四日「大都督府臣奏阵亡军士家属之数。上命优给之，若故军之妻愿守节者则给以薪米，比常例倍之。其愿还乡里者人给米二石，官给脚力送之。
洪武五年（1372年）七月三日「上谕都督府臣曰，近营中都，闻军士多以疫死…尔其速遣官具医药往视之，病甚者官给舟车送还其家，仍沿途给医治疗且敕董事者毋驱迫之。」
洪武六年（1373年）五月四日「命大都督府，凡故军之妻在营守节及愿还乡者倍与优给，冬寒加给薪炭，其欲改嫁依亲者听。」
整点军队
洪武三年（1370年）十二月十七日「命大都督府简阅京卫军士，老弱者以少壮代之。」[39]
此外还有其他职能，例如，对有军功将士进行赏赐、向地方军事机关传达皇帝军令、作为最高军事机构举行军礼等等。
还需要补充一点的就是，大都督府时期文职人员的任职状况。随着洪武三年（1370年）军权逐渐集中于大都督府，在府文官也日益增多，而且同武职都督官一样，也受到皇帝的器重。至洪武十三年（1380年）大都督府被正式一分为五，有多位都督府文职官员被破格提拔担任重要职务，如任都事张明善为吏部尚书、都事赵耀为湖广行省参政、大都督府经历俞溥、韩焯任户部尚书、经历尹性为刑部尚书、掌判官洪彝为吏部尚书、照磨陈铭为吏部侍郎。一些担任都督府的文官也由重要部门长官改任，如樊思民为户部尚书，寻改为大都督府参议、吏部尚书陈铭为大都督府判官。
这种情况，一方面，反映出文职官员在都督府所发挥的重要性，可以得到皇帝的高度重视，经常给予破格提拔，担任要职。另一面，也可以看出这些任职官员多为才能之士。如被耀为湖广行省参政的都事赵耀，随大将军徐达出征「其在幕府，综理慎密，不惮勤劳…机宜方略耀皆预焉。」此两点均能体现此时期大都督府的重要性和在国家政治军事生活中所占有的地位。
皇帝对大都督府的限制
在以往对于大都督府的研究中，学者大多只是注意到其权力的集中，但在洪武十三年（1380年）年之前朱元璋为限制都督府所采取的行为却被忽略。在大都督府被一分为五前，对都督府的限制措施，主要是通过以下几个方面进行：
公侯不再兼职都督府官
洪武三年（1370年）大封功臣时，令李文忠、冯胜二国公为左右都督、八位侯爵任职都督同知。使得都督府的政治地位得到空前的提高。
在洪武十一年（1378年）春正月，进封中山侯汤和时任命其为「光禄大夫、大都督府左都督、左柱国、封信国公，议军国事，食禄三千石，赐铁券。」仍然是公爵为左右都督的形式。但公侯不再兼任府事的情况，当为大都督府存在的洪武十二年（1379年），而非洪武十三年（1380年）之后的五军都督府。
洪武十二年（1379年）十一月封功臣，是继洪武三年（1370年）大封功臣之后的又一次。此次共有十二人被封为侯爵，「封大都督府佥事仇成为安庆侯，蓝玉为永昌侯，谢成为永平侯，张龙为风翔侯，吴复为安陆侯，金朝兴为宣德侯，曹兴为怀远侯，叶昇为靖宁侯，曹震为景川侯，张温为会宁侯，周武为雄武侯，王弼为定远侯，皆赐铁券。」但在此次诰文中，只是提及封为开国辅运推诚宣力武臣，荣禄大夫，柱国，所封爵位等等，没有一人再任命为都督府都督。
再者，洪武十二年（1379年）十二月「平羌将军，御史大夫丁玉，还自四川。赐文绮、帛、钞锭，拜大都督府左都督。」相对之前任命的都督，这次任命显得较为特殊，较之前任命的都督官有很大不同。
从丁玉在明初的活动轨迹来看，其初年为韩林儿政权御史，安丰被吕珍攻破之后，归附朱元璋。虽然《明史》评价他「有文武才，抚辑新附，威望甚著」，但他并不是属于「从龙渡江」的一批勋臣，且功绩也不能与之前任都督府左右都督的李文忠、冯胜、傅友德、唐胜宗等开国所封公侯所比。骤然由御史大夫升为大都督府左都督，只能说明，在此之前，公侯皆不再兼任都督府官，止留曹国公李文忠提督府事。从这一层面上讲，对大都督府的限制已然在未被一分为五时就已经开始。
调整都督官品级
对大都督府都督官品级进行调整，主要是针对都督佥事。洪武九年（1376年）九月，调整大都督府等衙门的官制。调整之后，作为一年前由都卫改制而成的都指挥使司长官都指挥使为正二品官，而将大都督府都督佥事降为从二品。接着将一批都督佥事如曹震、周能、朱辅、王城、陈桓等人调往各地担任都指挥使。
这样做的目的在于，洪武九年（1376年）随着国家军事形势有所缓和，而各地的都指挥使司刚刚新建，相对于太祖而言，更需要将注意力转移在地方军事建设上，这样的调整便是对其政策的直接反映。虽然至洪武十二年（1379年）九月，又将都督佥事的品级升为正二品，与都指挥使平级，但究其调整的过程，也是对都督府进行的一次抑制。
文职官员的设置状况
大都督府时期的文职设置为之后五军都督府所继承，在此之后虽有所损益，但基本上未有大的变化。从文职官员的设置上就可以看出，大都督府及五军都督所具有的职掌特点，相对于其他具有处理军务权力的机构，中书省及之后的兵部等衙门来说，作为统帅全国军旅的机构，文官职位的设置仅仅只有参议（掌判官）、经历、都事、断事官、照磨、司狱等几种，而且人数较少。比如与刑部、都察院同掌天下刑名的断事官，在洪武十七年时还是独员”。这种机构的设置，使得都督府本身的职能被限制，不能独立处理而是与其他部门的共同参与下，处理一些军事事务，这就必然导致其他部门对大都督府的牵制，时间越往后，这种趋势也就越加明显。
大都督府，创立于龙凤七年（1361年）三月二十六日，前身是行枢密院，经过不断的完善与调整，为都督府一都司一卫所体制打下了基础。洪武三年（1370年）十一月之后，随着天下统一的进展，战时军政合一的中书省军权开始转移到大都督府，中书省任职的军事将领亦逐渐转入大都督府，大都督府成为专职的武将领军机构。洪武十三年（1380年）正月十一日，胡惟庸案发，中书省被废除，大都督府改为五军都督府，军权分立，统兵权归都督府，调兵权归兵部。
二、五军都督府
设置背景
至正二十一年（1361年）三月，朱元璋“改枢密院为大都督府。命枢密院同佥朱文正为大都督，节制中外诸军事，中书省参议李善长兼司马事，宋思颜兼参军事，前检校谭起宗为经历，掾史汪河为都事。” 据明史专家南炳文考证，这里的“枢密院”当为行枢密院。随着大都督府的正式建立，都督府军事领导体制在之后逐步确立，最终成为明代法定最高军事领导机构。
关于大都督府设立的原因。南炳文《明初军事初探》一文中认为，由行枢密院改大都督府，反映了朱元璋想通过改称大都督府这种方式脱离龙凤政权对其统一事业的羁绊。“既达到消除不标志中央军事领导机构这一不便之处的目的，又不刺激其他政治势力，特别是龙凤政权，给自己带来不利的影响。”[5]但也不尽合理。若朱元璋要以改行枢密院来建立自己的独立政权，那朱元璋自己任职的江南等处行中书省的“行”字，一直沿用至吴元年（1367年）就不尽合理。所以改设大都督府与建立独立的政权之间，并不存在紧密的关系。李新峰在《明代大都督府论略》中认为，朱元璋由枢密院到大都督府的设立，使它成为朱元璋利用文官任职大都督府以达到直接控制军事大权的目的。
首先，行枢密院改制为大都督府，是朱元璋自身势力发展的结果。在至正十九年（1359年），朱元璋被小明王升为江南等处行中书省左丞相时，已经占领了现在的江苏南京、太湖以西，往南经江苏、安徽、浙江三省交界处，到浙东的一块长方形地区。
其次，由行枢密院到大都督府的这一变化，朱元璋最主要的目的在于通过这种改制，来达到对军权更为有效的控制。一方面是，对邵荣等在朱元璋集团内部具有一定离心力的领军将领加强控制。《明史·常遇春传》载“先是，太祖所任将帅最著者，平章邵荣、右丞徐达与遇春为三。” 而且其后来出任枢密院最高长官一枢密院同知，地位高于其他主要将领，但其本身并非朱元璋的嫡系。至正二十一年（1361年）改制之后，原先任职于枢密院的将领并未随之转入大都督府，而是陆续调入朱元璋直接掌握的中书省，“以枢密院同知邵荣为中书省平章政事，同佥常遇春为参知政事。”徐达也由枢密院转为中书省右丞。虽然就改制的结果看，邵荣仍为除朱元璋以外诸将中地位最高者，却从相对独立的枢密院改为直接隶属于朱元璋的中书省，受到朱元璋的种种牵制，并成为之后“邵荣谋叛”的诱因。但反观朱元璋方面，通过改制之后的人事调动，进一步加强了对掌军将领控制，此当为大都督府设立的主要目的之一。另一方面，对朱文正的任职，来为之后的政权建设打下基础。朱元璋以自己的侄儿朱文正担任大都督，其最直接的目的，便是通过扶持朱文正，来确保军权的掌控。这种计划带有长期性，因为从改制的人事调动来看，朱元璋首先是将诸将纳入自己的直接掌握的中书省内，但中书省这种军政合一的领导体制，只是为了适应战时的需求，一定程度上来说是权宜之计，并不适合于将来的政权建设。而朱文正任职大都督府大都督，就可以确保之后中书省军政分离，军权继续能够掌握在朱元璋手中。
历史沿革
洪武初置
洪武十三年（1380年），明太祖因为以大都督府权力太大，在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府。改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。
洪武十五年（1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。
洪武二十三年（1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。
明朝立国之初，五军都督府的权力很大，各都督不仅负责管理卫所的训练与生产，还可参与到明朝中央军事决策中。朱元璋曾命令：“命五军都督府更定屯田法。凡卫所系冲要会及王府护卫军士以十之五屯田，余卫所以五之四。”并且，当时的兵部并无权过问五军都督府各事务。“祖制五军府，外人不得预闻，惟掌印都督司其籍。前兵部尚书邝野向恭顺侯吴某索名册稽考，吴按例上闻，邝惶恐疏谢。”
永宣时期
永乐元年（1403年），建留守行后军都督府于北京，后仍分五府，称“行在”中、左、右、前、后都督府。永乐七年（1409年），朱棣以巡狩名义，迁驻北京，在北京另设行在五军都督府，永乐十九年（1421年）正式迁都北京之后，罢留守行后军都督府，在北京的五府不称“行在”，原在南京的五府，加称“南京”二字。
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