事件后续
朱棣称帝
燕军进入南京后，朱允炆在皇宫放火，朱允炆本人不知所终；此后其下落成为谜团。朱棣入城后，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭“傻小子，何苦如此！”。随后六月二十日，以天子礼葬朱允炆，造成建文帝已死的假象。而朱允炆的下落成为了千古迷题。据传，郑和下西洋的初衷之一便是搜寻建文帝的踪迹。而另一路是胡濙密访江浙一带。朱棣进入南京之后，翰林院编修杨荣迎于马首，说：“殿下先谒陵乎？先即位乎？”点醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，诸王及文武群臣多次上表劝进，朱棣不允。数日后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当日即皇帝位，是为明太宗（后改为明成祖）。重建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺。同年十一月十三日，封王妃徐氏为皇后。
朱棣不承认建文年号，七月初一（一说六月十八），将建文元、二、三、四年改为洪武三十二至三十五年，次年改为永乐元年。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务（如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高被再次起用，守大同）；建文年间的各项改革一律取消；建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年（1400年）下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重。
诛杀前臣
朱棣在靖难之役获胜后，向京城（今南京）军民发布公告：“固守封地的藩王因左班奸臣挑唆导致骨肉被其残害，所以不得不起兵诛杀他们，以此来扶持江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，绝非靖难本意。”
建文四年（1402年）六月二十五日，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。其中方孝孺受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。景清降后密谋行刺，事败，八月十二被杀，灭九族；后屠其家乡，谓“瓜蔓抄”。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，史称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的家属和亲人也被牵连，死者甚众，流放、被逼作妓女及被其它方式惩罚的人也不少。直至明仁宗即位后，大部份人始获赦免，余下的人的后代却迟至明神宗时始获赦免。在大肆诛杀之外，当月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放并削其爵位。辉祖死后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所嫉恨，其状元的身份被革去。
铁铉，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否？”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌迟，灭族。方孝孺惨遭凌迟灭族。但此事出于野史，未见于正史。野史称方孝孺大书“燕贼篡位”，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：“你不怕被诛九族吗？”方孝孺义正严辞地斥责说：“即使诛我十族又怎样？”朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外。另外，黄子澄之妹，铁弦之妻，发送教坊司。
大封功臣
类型
级别
名单
本来为燕王旧臣的封爵
公（2人，追封2人；省略除封爵外的其他封赏，下同）
丘福：淇国公，世袭；
朱能：成国公，世袭；
张玉：追封荣国公，谥忠显；
陈亨：追封泾国公，谥襄敏。
侯（13人，追封1人）
张武：成阳侯，世袭；
陈圭：泰宁侯，世袭；
郑亨：武安侯，世袭；
孟善：保定侯，世袭；
火真：同安侯，世袭；
顾成：镇远侯，世袭；
王忠：靖安侯，世袭；
王聪：武城侯，世袭；
徐忠：永康侯，世袭；
张信：隆平侯，子孙世袭隆平伯；
李远：安平侯，子孙世袭安平伯；
郭亮：成安侯，子孙世袭成安伯；
房宽：思恩侯，子孙世袭指挥使；
谭渊：追封崇安侯，谥壮节。
伯（12人）
徐祥：兴安伯，世袭；
徐理：武康伯，世袭；
李浚：襄城伯，世袭；
张辅：信安伯，世袭；
唐云：新昌伯，子孙世袭指挥使；
谭忠（谭渊子）：新宁伯，世袭；
孙岩：应城伯，世袭；
房胜：富昌伯，子孙世袭指挥使；
赵彝：忻城伯，世袭；
陈旭：云阳伯，世袭；
刘才：广恩伯，子孙世袭指挥同知。
归附并出力的建文旧臣封爵
公
李景隆：仍为曹国公，增禄，世袭；
侯
王宁：永春侯，世袭；
伯
茹瑺：忠诚伯，以终本身；
王佐：顺昌伯，子孙世袭指挥使；
陈瑄：平江伯，子孙世袭指挥使。
战争影响
宗室待遇变化
朱棣称帝后，建文四年（1402年）六月十八日，恢复了周王朱橚、齐王朱榑的爵位。随后恢复代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永乐元年（1403年）正月，明成祖令周、齐、代、岷四王归藩。六月二十六日，成祖取消建文帝之父朱标的兴宗庙号，重新称懿文太子；七月十二日，成祖将朱允炆的三个弟弟由亲王降为郡王；十一月将朱标之子朱允熥、朱允熞废为庶人，囚禁在老家凤阳。
朱棣因为反对建文帝削藩而起兵，为了争取诸王拥戴，还改变祖制给予宗室更高的品级。如按照洪武年间规定，镇国将军（郡王之子）为三品，辅国将军四品，奉国将军五品，镇国中尉六品，辅国中尉七品，奉国中尉八品。而成祖“遂加镇国将军从一品，辅国将军从二品，奉国将军从三品，镇国中尉从四品，辅国中尉从五品，奉国中尉从六品”。
然而由于朱棣自己是武装夺权的，为了保证中央政权稳固，他即位后先将诸边塞王改封于内地，然后逐渐解除诸王的兵权：永乐元年（1403年）削代王护卫及官属；永乐四年（1406年）削齐王护卫及官属，不久废为庶人；永乐六年（1408年）削岷王护卫及官属；永乐十年（1412年）削辽王护卫；永乐十五年（1417年）废谷王为庶人；永乐十九年（1419年）周王见势不妙，主动献还护卫。洪武朝带兵的十三位亲王，永乐朝削去了六个护卫。与此同时，大封靖难功臣，将大批有经验的武臣保留下来，加强中央政权，从根本上改变了中央和诸藩的军事力量对比。
虽然朱棣实现了朱允炆当年的目的，但只解决了眼前的问题，并没有改变祖制；其子汉王朱高煦和赵王朱高燧仍然设立了三护卫。宣德元年（1426年），朱高煦叛乱，再次证明亲王典兵不是办法。亲征平定叛乱后，明宣宗利用其威望，迫使绝大部份藩王交出了护卫，并从各个方面对宗室加以控制。此后，宗室与中央的矛盾逐渐由军事上对政权的威胁转变为大量增加的俸禄对中央财政的压力。
强化集权统治
为了更有效率地处理国务，建文四年（1402年）八月初一，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。随后扩充内阁至七人。从此内阁开始在明朝政治中发挥越来越重要的作用[172]，甚至清朝仍沿用此制度。
另一方面，由于朱棣是造反称帝的，对大臣有所猜忌，故恢复了洪武年间废除的锦衣卫，重新开始实施明朝的特务统治。随后，永乐十八年（1420年），朱棣又设立了东厂，令亲信太监掌权，加强特务统治的同时提高了宦官的地位。有明一代，特务统治几乎贯穿始终，成为一大特点。
由于靖难之役时，京中宦官提供的情报帮助成祖击败惠帝，成祖即位后便改变太祖以来禁止宦官干政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等著名的优秀宦官，下西洋宣扬国威；另一方面，由于司礼监、东厂等宦官掌权的部门地位提高，且地方镇守、监督采办等重要工作皆由宦官担任（不全为朱棣设置），埋下了日后宦官祸国的种子
迁都北京
由于洪武年间，北方的防务多由几位边王（如朱棣、朱权）负责，而靖难后朱棣徙诸边王于内地，导致华北防务空虚；又由于有唐朝之守外虚内、宋朝之守内虚外的教训，故在军事上，定都金陵（南京）、遥控将领守卫边界的风险很大；“天子守国门”则可以解决这一问题。另一方面，由于南京的建文帝影响较大，在政治上考虑，作为朱棣大本营的北平更加适合作为帝都。故考虑各种因素后，朱棣决定迁都北京。
永乐元年（1403年）二月，朱棣改北平为北京，名顺天府（与元朝大都区别）；随后迁徙各地富民于北京。称北京为行在。永乐年间，迁都北京的准备一直在进行，如建北京城、建宫殿、疏通漕运等；直到永乐十八年（1420年），北京皇宫（即紫禁城，故宫）和北京城建成，遂下令迁都，以南京作为留都。
地区经济
靖难之役涉及整个华北和华东地区，反复的拉锯战使得淮河以北的社会经济遭到极大的破坏。朱棣登基后，减免了河北、河南、山东等曾为战场的省份及其它省份的赋税，以休养生息。
战争评价
“靖难之役”是明朝历史上第一场皇帝和藩王之间的内战。这场战争是建文帝朱允炆为了巩固自己的权力、决定削藩而引起的。
“靖难之役”是明朝历史上影响深远的一次政权争夺战，不仅导致了明朝皇位归属的改变，也极大影响了此后二百多年明朝政治、思想的走向。清代大学者、《〈说文解字〉注》的作者段玉裁在《明史十二论》中将“靖难之役”、景泰末年的“夺门之变”以及嘉靖初年的“大礼议”称为影响明朝历史走向的“三大案”。
“靖难之役”以后，开国功臣集团——明朝初年的“太子党”地位急剧下降。南京是开国功臣集团的巢穴，永乐十九年（1421年），朱棣正式把明朝的首都从南京迁往北京，更加削弱了开国功臣的影响力。伴随着开国功臣集团地位的下降，靖难功臣的影响力迅速攀升，英国公张家成了此后明朝政坛的不倒翁，长期处于最高统治集团之列。
参加者
按照朱元璋设计的制度，由皇帝、藩王、外戚、驸马组成的家天下体制，应该能够在权力、礼法和亲情的共同作用下稳固地支持大明王朝的江山。然而，文弱的侄皇帝与身边的书生们未能掌握制约桀骜不驯的叔王的办法，朱元璋最初设计的制度终于酿成大祸。在这场战争中，皇亲国戚们纷纷参战，投向不同的两个阵营。
参与靖难之役的皇亲国戚
姓名
身份
靖难时
靖难后
惠帝
朱允炆
朱元璋之孙
大明皇帝
一说自焚，一说失踪
成祖（燕王）
朱棣
朱元璋第四子
燕王
夺位称帝。
周王
朱橚
朱元璋第五子
削爵，免为庶人，流放云南，后被禁锢京城
复爵，归藩
齐王
朱榑
朱元璋第七子
削爵，免为庶人，圈禁京师
复爵，归藩
代王
朱桂
朱元璋第十三子
削爵，免为庶人
复爵，归藩
宁王
朱权
朱元璋第十七子
加入朱棣阵营，随其靖难
移封南昌
岷王
朱楩
朱元璋第十八子
削爵，免为庶人
复爵，归藩
谷王
朱橞
朱元璋第十九子
朱允炆阵营，献南京城降朱棣
移封长沙
燕王世子
朱高炽
朱棣长子
朱棣阵营，留守北平
立为皇太子
高阳郡王
朱高煦
朱棣次子
朱棣阵营
加封汉王
郡王
朱高燧
朱棣第三子
朱棣阵营
加封赵王
驸马都尉
梅殷
朱元璋女婿
朱允炆阵营，任淮安总兵，战败被俘
被朱棣授意谋害
驸马都尉
王宁
朱元璋女婿
向朱棣泄密，被朱允炆囚禁
释放，加封永春侯
驸马都尉
李坚
朱元璋女婿
朱允炆阵营，任左副将军，加滦城侯，被俘
病死
驸马都尉
胡观
朱元璋女婿
朱允炆阵营，战败被俘
释放
庆城郡主
朱元璋侄女
济南中代表朱允炆阵营到朱棣阵营议和
长兴侯
耿炳文
朱允炆亲家
朱允炆阵营，讨伐朱棣，兵败
被弹劾，上吊自杀
驸马都尉
耿璇
朱允炆姐夫
朱允炆阵营
称疾不出，坐罪死
燕府仪宾
袁容
朱棣女婿
朱棣阵营
加封驸马都尉、广平侯
燕府仪宾
李让
朱棣女婿
朱棣阵营
加封驸马都尉、富阳侯
魏国公
徐辉祖
朱棣妻舅
朱允炆阵营
削爵，幽禁
大都督
徐增寿
朱棣妻舅
秘密参与朱棣阵营，被朱允炆斩杀
追封武阳侯，谥忠愍，进定国公
曹国公
李景隆
朱允炆表兄
兵败撤职，后献城投降
最初得到礼遇，后被撤职囚禁
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