简介：组织濒临瓦解之时，天不遂人愿，博士离世，侦探团的孩子们加入了证人保护计划，身边唯有江户川还在坚守。灰原哀只身回到组织曾经的心脏——克罗诺斯庄园，企图寻回aptx4869的最初档案，而在这里等待她的却是琴酒冰冷的笑容。
克罗诺斯是掌管时间的神明，那位先生一直在探寻逆转时间的秘密。
江户川柯南和灰原哀站在10年的两端，成为了克罗诺斯的囚徒，在时间的牢笼里，总有可以并肩的出口。
序章是由组织决战前夕开始，以小哀的视角开始展开（作者的原世界线），单数章为工藤新一视角，双数章为宫野志保视角，讲述2个世界线中互相奔赴拯救的故事。
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