两只组合
传说的大型鸟宝可梦：洛奇亚、凤王
无限宝可梦：拉帝亚斯、拉帝欧斯
梦与月的宝可梦：克雷色利亚、达克莱伊
传说的英雄：苍响、藏玛然特
三只组合
传说的鸟宝可梦：急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟
凤王卫队：雷公、炎帝、水君
超古代宝可梦：固拉多、盖欧卡、烈空坐
湖之传说的宝可梦：由克希、艾姆利多、亚克诺姆
神话的宝可梦：帝牙卢卡、帕路奇亚、骑拉帝纳
道之三龙：捷克罗姆、莱希拉姆、酋雷姆
传说的气场宝可梦：哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔、基格尔德
传说之王与爱马：雪暴马、灵幽马、蕾冠王
多只组合
传说的巨人：雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁、雷吉艾勒奇、雷吉铎拉戈
圣剑士：毕力吉翁、勾帕路翁、代拉基翁、凯路迪欧
化身：龙卷云、雷电云、土地云、眷恋云
守护神：卡璞・鸣鸣、卡璞・蝶蝶、卡璞・哞哞、卡璞・鳍鳍
究极异兽：虚吾伊德、爆肌蚊、费洛美螂、电束木、铁火辉夜、纸御剑、恶食大王、毒贝比、四颚针龙、垒磊石、砰头小丑
传说的宇宙宝可梦：科斯莫古、科斯莫姆、索尔迦雷欧、露奈雅拉、奈克洛兹玛
·这些组合的名字只有部分是官方使用的名称，更多地是由宝可梦爱好者们自己命名。
传说的鸟宝可梦、凤王卫队、传说的巨人、超古代宝可梦、传说的巨人、湖之传说的宝可梦、圣剑士、守护神、究极异兽和传说的英雄的称谓都曾出现在游戏、动画或漫画等作品中。无限宝可梦则是它们的分类。
神之主
幻之宝可梦 洛奇亚爆诞中，传说的鸟宝可梦被人类触怒，导致各地开始出现天灾地变的异象。只有召唤洛奇亚才能平息传说的鸟宝可梦的愤怒，而召唤洛奇亚所需要的宝珠分别由传说的鸟宝可梦所守护。
《Ｘ／Ｙ》中，传说的鸟宝可梦会在卡洛斯地区游走，最终会停在海神之穴与主角对战，而洛奇亚在传说中被尊为“海神”。
钟之塔曾经发生火灾，烧死了三只不知名的宝可梦，凤王用其力量复活了它们，从此它们便成了凤王观察人类的使者。其中，水君与人类的接触最多。
《水晶版》中，收服凤王卫队并登入名人堂后才能在铃铛塔塔顶召唤凤王。
《究极之日／究极之月》中，与雷公和炎帝同行时才能在究极空间零地带（水的世界）遇到水君。
在《赤之救助队／青之救助队／救助队DX》的幻影宝可梦之谜剧情中，凤王卫队把透明之羽变成了七彩之羽，指引主角前去遥远灵峰寻找“幻影宝可梦”——凤王。
从超古代到现代，盖欧卡和固拉多曾经多次为了争夺自然能量而发生争斗，每次烈空坐都会从天而降制止它们的战斗。烈空坐的特性气闸可以使盖欧卡和固拉多的特性失效。
《心金／魂银》中，与在埋藏之塔收服的固拉多和盖欧卡同行时大木博士会送出草绿色宝珠，之后才能在埋藏之塔中召唤烈空坐。
《究极之日／究极之月》中，与盖欧卡和固拉多同行时才能在究极空间零地带（峭壁的世界）遇到烈空坐。
雷吉奇卡斯用岩石、冰山、岩浆、电能和龙之能量的结晶按照自己的样子创造了传说的巨人，而自己进入了沉睡之中。
《钻石／珍珠／白金》中，与雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁同行才能唤醒雪峰神殿中的雷吉奇卡斯。
《白金》中，与命中注定般的相遇的雷吉奇卡斯同行时神奥地区会出现岩山遗迹（雷吉洛克）、冰山遗迹（雷吉艾斯）和黑金遗迹（雷吉斯奇鲁）。
《黑２／白２》中，与雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁同行才能唤醒罗斯山中的雷吉奇卡斯。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，与雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁同行，且雷吉艾斯有昵称并携带与冰有关的道具后，白天才能在小岛洞穴召唤雷吉奇卡斯。
《剑／盾》中，与雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁、雷吉艾勒奇和雷吉铎拉戈同行时，调查巨人睡榻北方被石块包围的宝可梦巢穴可以触发雷吉奇卡斯的极巨团体战。
《时之探险队／暗之探险队／空之探险队》中，雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁是守护洞穴其中三座石室的守护者，只有打败他们才能前往深处挑战雷吉奇卡斯。
《宝可梦巡护员 风涌篇》中，在图鉴登入了除雷吉奇卡斯外的所有宝可梦并带着雷吉艾斯、雷吉洛克和雷吉斯奇鲁来到河马兽神殿后，设有带箭头地板的房间的中间会出现流沙漩涡。进入漩涡后将三只宝可梦放置在对应的位置，通往雷吉奇卡斯房间的门将会打开。
帝牙卢卡维持时间、帕路奇亚维持空间，骑拉帝纳因为太凶暴被阿尔宙斯驱逐到这个世界背面的毁坏的世界，维持与整个世界相对的反物质。
《白金》中，赤日在枪之柱召唤出帝牙卢卡和帕路奇亚后，骑拉帝纳出现把二者抓入毁坏的世界。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，与帝牙卢卡和帕路奇亚同行时才能在高空中的裂缝里遭遇骑拉帝纳。
《究极之日／究极之月》中，与帝牙卢卡和帕路奇亚同行时才能在究极空间零地带（洞窟的世界）遇到骑拉帝纳。
阿尔宙斯创造了帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳，因为骑拉帝纳的凶暴而将其驱逐到毁坏的世界之中。之后为了制约帝牙卢卡和帕路奇亚，它又创造了湖之传说的宝可梦。
勾帕路翁是圣剑士的领导者，它曾带领代拉基翁和毕力吉翁拯救受因人类战争而受害的宝可梦们远离火海。
凯路迪欧是圣剑士的徒弟，它就是圣剑士救下的宝可梦之一，后来它的能力甚至超越了其他圣剑士。觉悟的样子的凯路迪欧头上的三根彩色翎羽的颜色与勾帕路翁、代拉基翁和毕力吉翁的代表色一样。
圣剑士的原型为小说《三个火枪手》中的人物，勾帕路翁对应的是队伍的首领阿多斯，凯路迪欧对应的是主角达达尼昂。
《黑／白》中，在吹寄洞穴最深处的引导之间击败或收服勾帕路翁后，才能在试练之室遇见代拉基翁、在矢车森林遇见毕力吉翁。
《黑／白》中，与勾帕路翁、代拉基翁、毕力吉翁以及命中注定般的相遇的凯路迪欧同行时来到雪花湿地，凯路迪欧便会从三位前辈处学到神秘之剑。
《黑２／白２》中，誓约之林有着三位圣剑士留下的剑痕，将命中注定般的相遇的凯路迪欧带到这里时，它就会学会神秘之剑并且转换形态为觉悟的样子。
《剑／盾》中，在王冠雪原中收集齐三位圣剑士的脚印，与它们同行向索妮亚汇报后在球湖湖畔西南侧小岛的锅子附近宝可梦露营做咖喱饭后觉悟的样子的凯路迪欧会出现。
龙卷云和雷电云会无节制宣泄自己的力量引起灾祸，二者又是死敌，见面就会争斗。土地云会在龙卷云和雷电云发生争斗的时候出现并制服它们，吸收风和雷后变成能量给予土壤营养，令大地丰饶。
在动画中，美洛耶塔是海底遗迹的现形镜的守护者，现形镜是让三云神在化身形态与灵兽形态之间切换的道具。在灵兽形态合力进击！合众最大的危机!!中，三云神在火箭队的操控下失控，美洛耶塔用歌声平复了它们。
《黑／白》中，登入名人堂后与龙卷云和雷电云同行，调查丰饶之祠的祠堂后土地云就会出现。
《黑２／白２》中。把灵兽形态的土地云带到丰饶之祠，祠堂前的老爷爷就会将供奉的现形镜拿下送给主角。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，与龙卷云和雷电云同行时才能在高空中的乌云里遭遇土地云。
《究极之日／究极之月》中，与龙卷云和雷电云同行时才能在究极空间零地带（峭壁的世界）遇到土地云。
基格尔德是由多只细胞与核心聚集而成的宝可梦，根据聚集的数量不同会表现为不同形态。它平时在洞窟深处通过分布在各个角落的细胞默默地监视着生态系统，当哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔苏醒，该地区的生态系统出现剧烈变化时，基格尔德就会展开行动。基格尔德的特性是气场破坏，可以反转哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的特性。
宝可梦特别篇中，哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的战斗使得基格尔德现身。为了保护生态系统，基格尔德会随哲尔尼亚斯与伊裴尔塔尔二者力量的增加而凝聚更多的力量。哲尔尼亚斯察觉到这一情况后，为了不让受控制的基格尔德滥用其力量，与伊裴尔塔尔分别化为“大树”与“茧”形态进入一千年的沉眠，使基格尔德感觉没有存在的必要后解体分散。
合众建国传说中，初始之龙分裂为莱希拉姆和捷克罗姆，残余的部分则变为了酋雷姆，三者拥有相同基因。虽然酋雷姆拥有凌驾于莱希拉姆和捷克罗姆之上的力量，但是它为了稳定细胞组织而把这力量用极低温冷气封印住了，不过酋雷姆拥有用基因之楔来吸收莱希拉姆和捷克罗姆从而合体的能力。
酋雷姆VS圣剑士 凯路迪欧中，酋雷姆不需要吸收合体就能够自由切换酋雷姆、焰白酋雷姆和暗黑酋雷姆三种形态，被称为最强的龙。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，与莱希拉姆和捷克罗姆同行时才能到达歪曲洞穴，酋雷姆会从歪曲洞穴的光环中出现。
《究极之日／究极之月》中，与莱希拉姆和捷克罗姆同行时才能在究极空间零地带（水的世界）遇到酋雷姆。
索尔迦雷欧与露奈雅拉曾与守护神展开过难分胜负的激烈对战，后来令守护神臣服于它们，并赐予守护神Ｚ力量。
奈克洛兹玛曾经是散发出光芒的样子，因为被古代究极大都会的人夺走了光而变成现在的样子。奈克洛兹玛拥有吸收索尔迦雷欧或露奈雅拉从而合体的能力，还能进一步究极爆发变回全身散发光芒的究极奈克洛兹玛。
蕾冠王在远古时代曾经统治过伽勒尔地区，据说在远古时期的王冠雪原，雪暴马和灵幽马作为宝可梦们的王者君临此地。它们对侵入自己领地的人类十分愤怒，不停攻击人类和他们的伙伴宝可梦。但在败给了因此现身的蕾冠王后，它们与蕾冠王建立了深厚的牵绊，成为了它的爱马。蕾冠王可以用牵绊缰绳和它们合体，合体后蕾冠王的精神能量增强雪暴马和灵幽马，而雪暴马和灵幽马的力量还能使蕾冠王的精神力量得到觉醒。
蕾冠王在远古时代曾经统治过伽勒尔地区，据说在远古时期的王冠雪原，雪暴马和灵幽马作为宝可梦们的王者君临此地。它们对侵入自己领地的人类十分愤怒，不停攻击人类和他们的伙伴宝可梦。但在败给了因此现身的蕾冠王后，它们与蕾冠王建立了深厚的牵绊，成为了它的爱马。蕾冠王可以用牵绊缰绳和它们合体，合体后蕾冠王的精神能量增强雪暴马和灵幽马，而雪暴马和灵幽马的力量还能使蕾冠王的精神力量得到觉醒。
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