1915年中国第一所培养水利人才的高等学府——河海工程专门学校创办，开创了中国水利高等教育的先河[157]。1935年中国第一所戏剧专科学校——国立戏剧专科学校创办，是中国当时的戏剧最高学府[158]。1936年中国第一所由国家创办的高等药学学府——国立药学专科学校创办[159]。1945年中国最早的音乐学府之一——国立音乐院在南京办学[160]。1949年中华民国时期的中国最高学府，当时大学中系科设置最齐全、规模最大的大学——国立中央大学更名为国立南京大学[161]。1952年院系调整，国立南京大学拆分重组，调出的相关院系作为主体成立或参与组建数十所院校，发展为今南京大学、东南大学、南京农业大学、南京师范大学、河海大学、南京林业大学、西北工业大学、第四军医大学、华东政法大学、江南大学、江苏大学、南京工业大学、上海体育学院、复旦大学上海医学院、上海海洋大学、南京信息工程大学、电子科技大学、上海财经大学、北京电影学院等一系列高等院校，奠定了今天南京乃至中国高校的格局[162]。1995年后，211和985工程相继启动，南京有985高校2所[163]、211高校8所[164]，数量仅次北京上海，稳居中国第3。2000年左右南京众多大学成功创办一批二级学院，2010年后为带动和支援江苏省内其他城市的教育发展，南京大部分二级学院转设迁至江苏省内其他地区，其中包括南京信息工程大学滨江学院（迁至无锡）、南京中医药大学翰林学院（迁至泰州）、南京林业大学南方学院（迁至淮安）、南京邮电大学通达学院（迁至扬州）、南京医科大学康达学院（迁至连云港）、南京师范大学中北学院（迁至丹阳）、南京财经大学红山学院（迁至镇江）、南京大学金陵学院（迁至苏州）、东南大学成贤学院（迁至扬州）等[165]，并与当地政府合作新建了包括河海大学常州校区、东南大学无锡分校、南京理工大学泰州科技学院、南京师范大学泰州学院、东南大学苏州校区、南京航空航天大学溧阳校区、南京林业大学淮安校区、南京理工大学江阴校区、南京理工大学盱眙校区、南京农业大学东海校区、南京大学苏州校区等在内的众多高校，大幅提升了江苏高教的整体水平。

2009年南京被评为中国最具教育发展力城市[166]。2011年中国高等教育重镇榜中，南京位列中国第三，仅次京沪[167]。2018年中国最佳求学城市排名，南京列中国第三[168]。2020年QS世界最佳留学城市排名，南京排中国大陆第三[169]。

截至2021年，南京有普通高等学校53所（不含部队院校），在校学生77.85万人，研究生17.79万人；两院院士97人[348]、国家重点学科107个[170]、111计划高校10所[171]、双一流建设高校13所[16][343]、双一流建设学科38个，均仅次于北京上海，居中国第3[

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