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南明时期

在1644年（清顺治元年）五月十五日，随着北京的沦陷，福王朱由崧在南京被丹阳总督马士英等人拥立为帝，建立弘光政权，即弘光帝。弘光政权一方面抵御清军南下，一方面剿杀农民军。然而，内部党争和权臣的争斗导致防线空虚。1645年（顺治二年）春，清军开始进攻弘光政权。四月，清军抵达扬州，史可法进行了顽强的抵抗，但在二十五日扬州城陷落，史可法被俘遇害。五月，清军攻入南京，弘光政权覆灭，福王朱由崧被俘，次年在北京被处死。

弘光帝死后，1645年（顺治二年）六月，鲁王朱以海在绍兴被故明官吏、缙绅钱肃乐等扶植监国，建立政权。同时，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。两个南明政权为争夺正统地位互相攻伐。1646年，清军攻占浙江与福建，鲁王逃亡海外，隆武帝在汀州逃往江西时被俘，绝食殉国，郑芝龙向清军投降。朱聿键之弟朱聿鐭在广州被苏观生及顾元镜拥立，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时，桂王朱由榔在广东肇庆称帝，即永历帝。

1646年，永历政权获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支持下展开反攻。各地降清的原明军将领如江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，南明一时收服华南各省。然而，清将尚可喜率军再度入侵，占领湖南、广东等地。1651年，舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海赴厦门投奔郑成功，不久病死在金门。1657年（顺治十四年），孙可望投降清军，云贵失去保护。1658年（顺治十五年），清军三路大军攻入云南，云贵沦陷。

1661年（顺治十八年），清军攻入广州，永历政权灭亡。同年，永历帝流亡至缅甸首都曼德勒，被王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白发动政变，8月12日发动咒水之难，杀尽朱由榔侍从近卫，朱由榔最后被吴三桂所杀，南明亡。

李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始攻打，到1664年首领李来亨被杀而亡。

明郑时期

参见：明郑时期、郑成功收复台湾、清收复台湾之战



在台湾抗清的郑成功

郑成功在南京之战失败后退回金厦，于1661年率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁。其子郑经曾参与三藩之乱，率军参与反攻失利。

1683年，康熙帝命施琅进攻明郑。施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略威胁，最终郑克塽剃发降清，明朝宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。

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疆域范围

领土范围

《明史·志第十六》：“计明初封略，东起朝鲜，西据吐蕃，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。自成祖弃大宁，徙东胜，宣宗迁开平於独石，世宗时复弃哈密、河套，则东起辽海，西至嘉峪，南至琼、崖，北抵云、朔，东西万余里，南北万里。其声教所讫，岁时纳贽，而非命吏置籍，侯尉羁属者，不在此数。呜呼盛矣！