元文宗于至顺三年(1332年)去世后,为洗刷他毒死哥哥(元明宗)的罪行,遗诏立年仅七岁的和西拉古图土次子懿璘质班为帝,是为元宁宗。但元宁宗仅在位不到两个月即去世,不久后燕帖木儿也去世。元明宗的长子妥欢贴睦尔被札牙笃汗皇后卜答失里从静江(广西桂林)召回并立为帝,是为元惠宗,又称元宣仁普孝皇帝。
元惠宗在位之初,右丞相伯颜的势力很大,把持着朝政,甚至一度不把元惠宗放在眼里。随着时间的推移,元惠宗与伯颜的矛盾日益尖锐,后来在伯颜之侄脱脱的帮助下,元惠宗终于成功地废黜了伯颜,并控制了政局。
至正三年(1343年),元惠宗下令修撰《辽史》《金史》《宋史》三史,至1345年修成。
元末民变

元惠宗妥欢帖木儿
元朝时期,蒙古统治者变本加厉向汉人收取各种名目繁杂的赋税,民族压迫十分严重,汉人被掠夺更为常见。将各民族分为不同等级,残酷剥削汉族群众,人民揭竿而起,在泰定二年(1325年)就发生了河南赵丑厮、郭菩萨领导的起义。
蒙古统治阶级内部却在为争权夺利而互相征战,因此加速了元朝的衰落。至正十年(1350年),元政府下令变更钞法,铸造“至正通宝”钱,并大量发行新“中统元宝交钞”,但导致物价迅速上涨。
次年,元惠宗派贾鲁治黄河,欲归故道,动用民夫十五万,士兵二万。而官吏乘机敲诈勒索,造成不满。白莲教首领韩山童、刘福通等人决定在5月率教众发动起事,但事泄,韩山童被捕杀,于是刘福通带韩山童之子韩林儿杀出重围,指韩山童为宋徽宗八世孙,打出“复宋”旗号,以红巾为标志,其后郭子兴等人也纷纷加入。彭和尚亦在湖北扶助徐寿辉起义。至此揭开了大元灭亡的序幕。蒙古政府则派兵镇压各地红巾军,由丞相脱脱亲自督战攻徐州起义军芝麻李部,一度取得了很大的胜利。
至正十四年(1354年),脱脱率军围攻高邮起义军张士诚部,被朝中弹劾,功亏一篑。
至正十六年(1356年)到至正十九年(1359年),朱元璋继承了病逝的郭子兴的地位,并不断扩充自己的势力,攻占了江南的半壁江山。与此同时,在北方察罕帖木儿(李察罕)和李思齐等元军将领则开始对北方红巾军展开反攻。
至正二十三年(1363年),北方红巾军在安丰之役中败给新兴并降蒙的张士诚,刘福通战死,韩林儿南下投奔朱元璋,随后被杀。
朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其它南方起义军和南方大元势力后,于至正二十七年(1367年)开始北伐,在大将徐达、常遇春等的协助下,于至正二十八年(1368年)八月攻克通州,元惠宗于七月二十八日,仓惶北逃,徐达率军攻陷元朝的首都元大都(北京),元作为一个全国性质的统治结束。元惠宗北遁,朱元璋认为他顺天明命,给他上谥号为“顺帝”。