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当时东晋流行清谈，于是僧侣就藉由清谈将佛理传播给士大夫，使佛教得以在南方传播。其中以支道林最擅长谈玄。南北佛教到后来形成不同学风，北方重行业，崇尚禅学、律学及净土信仰。南方重义理、注重在涅盘佛性的探讨。东晋晚期时，慧远擅长儒学，力谋佛、玄、儒融合，促使佛教中国化，最后成为净土宗的祖师之一。慧远还提倡译经，与北方名僧鸠摩罗什交流译本。法显是中国首位西行求法的僧侣，他于399年自长安出发，经西域抵北天竺、狮子国及中天竺。取得梵本戒律后，414年经海路返抵建康。他与名僧大量翻译经文，并将旅途见闻写成‘佛国记’，成为研究西域及印度史地的重要作品。

龙虎山，建有正一观，为五斗米道的发祥地之一。



慧远

道教方面，早在三国西晋时期，就出现太平道及五斗米道。后来五斗米道发展成天师道，并分成利用符水治病的符水派；信奉金丹经、房中术的金丹派；主张无为自然，似道家的清静派。五胡乱华后，由于百姓遭受战乱及豪族欺压，纷纷信道教。民间信仰道教者大幅成长，以三吴内地及东南沿海居多。侨姓及吴姓世族也纷纷信仰，如王羲之即为五斗米道世家。后来孙恩、卢循号招五斗米道信徒叛乱，晋廷经数十年方镇压。东晋初期，道教的架构、章法尚未形成，直到东晋中期发生改革，才形成组织化的宗教体制。当时北方道教注重功德及道规，南方则注重经法及义理。受到佛教散播的刺激，道教加速吸取儒玄思想，丰富本身理论。炼丹术盛行，深化相关理论。1

东晋时，葛洪结合神仙学说与道术理论，并加入炼丹等理论，整合道教理论。他所著的《抱朴子》，外篇论时局与道德，内篇则论道家学论和炼丹、养生之道。杨羲、许谧及许翙着《上清经》，最后发展成上清派，主张简化修行力法，贬斥房中术，以存神为主。葛洪孙葛巢甫又着《灵宝经》，后来也发展成灵宝派。该派以符箓科教为主，受到上清派影响，也提倡简化修行、“仙道贵生，无量度人”。道教对文学、艺术多有贡献。例如描述神仙之游的《游仙诗》，历代道教的神仙画。道教的炼丹及养生术包含了化学、医学、生物学等，对科技的发展具有贡献。

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后世述晋

正史新《晋书》、《魏书》、《北史》为主，《建康实录》、《世说新语》、北宋《资治通鉴》、南宋《通鉴纪事本末》，此外其他的类书。十八家晋史；所谓的“霸史”十六国书。这三类书是当时记载晋代最为直接和确切的书籍。后两类基本散佚、亡佚。

明清时人从刘孝标注《世说新语》、裴松之注《三国志》、李善注《文选》以及《太平御览》等书中辑录了十八家晋史的残篇和片断。现存篇幅比较多的是臧荣绪晋书和王隐晋书。较少的如陆机晋纪，仅存三条。其中最负盛名的清人汤球、黄奭辑有唐代以前的诸家晋史和十六国书。[7]

1937年商务印书馆根据《史学丛书》本将汤球的《九家旧晋书辑本》、《晋纪辑本》、《汉晋春秋辑本》、《晋阳秋辑本》、《十六国春秋辑补》、《三十国春秋辑本》等排印出版，收入《丛书集成》初编。新出版的《众家编年体晋史》一书也有较多收录。