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曹魏重建

建安二十五年(公元220年)曹丕称帝，在东汉洛阳废墟之上，重新营建洛阳宫，即包括重建洛阳白马寺。再从曹魏嘉平二年(公元250年)有昙柯迦罗在洛阳白马寺译“佛律”的记载，足证洛阳白马寺在文帝曹丕、明帝曹睿之后已经恢复。

曹魏嘉平二年（公元250年），印度高僧昙柯迦罗来到白马寺。此时佛教也从深宫走进了市井民间。随后，昙柯迦罗在白马寺译出了第一部汉文佛教戒律《僧祗戒心》。同一时期，安息国僧人昙谛，也在白马寺译出了规范僧团组织生活的《昙无德羯磨》。至此，戒律和僧团组织章程都已齐备，一条中土有缘人出家持戒修行的道路铺就，为中土戒律之始。

曹魏甘露五年（公元260年），一场受戒仪式在白马寺举行，这是一个注定要深深印刻在中国佛教史上的事件。这一天，朱士行依《羯磨法》登上戒坛，长跪于佛祖面前，成了中国汉地第一位正式受过比丘戒的出家人。自此，儒家“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”的古老传统被打破了。

战乱破坏

西晋永安元年(公元304年)，司马颙部将张方攻入洛阳，烧杀虏掠，在长期的战乱兵火中，洛阳白马寺再一次遭受严重破坏。

经过北魏末年的"永熙之乱"，洛阳城又一次惨遭破坏。在迁都邺城之后，洛阳仅余寺四百二十一所，其中，尚有洛阳白马寺。大约在“永熙之乱”中，洛阳白马寺虽难于幸免，但还是残存下来了。

直到清代，在洛阳白马寺大殿左侧，还保存一座“白马寺造像幢”，幢有五十余尊佛像，上下左右俱有题名。

另在解放前，洛阳白马寺曾出土一尊巨大的玉石弥勒菩萨坐像，身高2.16米，系一件极可宝贵的北魏造像佳作。惜已散失海外，至今仍保存在美国一家博物馆中。

唐代敕修

唐武周垂拱元年(公元685年)，武则天敕修洛阳白马寺，这是洛阳白马寺历史上的黄金时代。

唐代天宝十四年(公元755年)发生的“安史之乱”，对东都洛阳的破坏甚为严重。洛阳白马寺当亦然。“安史之乱”以后的洛阳白马寺，还保存着一些唐代或唐代以前的断碑。

唐代末年，洛阳长时期陷入战乱兵火。洛阳白马寺再次遭受战乱的破坏。

宋代敕修

到了宋代，采取适当保护佛教的政策宋代淳化三年(公元992年)宋太宗敕修洛阳白马寺。

明代敕修

明代初年，以禅宗中的临济宗最流行。洪武二十三年(公元1390年)，太祖朱元璋敕修洛阳白马寺；景泰年间，明政府曾规定各地寺观产业限制为六十亩。

嘉靖三十四年(公元1555年)，身为朝廷司礼监掌印太监兼总督东厂之职的黄锦，又一次大规模整修洛阳白马寺。由黄锦撰文的《重修古刹白马禅寺记》石碑，保存了关于此次重修的详细资料。此次重修，大体上奠定了今日洛阳白马寺的规模和布局，在洛阳白马寺沿革史上意义重大。据解放后地面实测，洛阳白马寺总面积为四万平方米左右，这和明代重修时占地六十二亩的记载基本相合。

明代末年，洛阳又遭战乱破坏。