夜晚，天空中繁星点点，一颗陨石以极快朝着地球撞来，熟睡的人们丝毫没有察觉危险将至。而那些贪玩的人看到窗外美丽的夜色，沉醉其中，天空中一颗不明物飞来，没有察觉危险的人们以为那是流星，会带来好运，纷纷向着陨石许愿。
“砰”一声巨响，一个巨大的蓝色的龙影咆哮着向着陨石撞去。就在二者相撞的时候，一道耀眼的白光迸发出来，陨石被撞成几块朝着地面冲去。而一个三角形的东西静静的悬浮在空中。
联盟内，所有科研人员的目光都聚集在那个陨石上，在得到命令后，暴飞龙的训练家拿起陨石朝联盟飞去，对于刚才的几块略小的陨石丝毫不在乎，任凭它们冲向城镇。也没有指挥暴飞龙继续阻拦。
这时，许多人都被刚才的吵闹声和龙鸣声吵醒了，抬头一看，所见的画面这辈子都难忘，不！已经没有这辈子了。
随着爆炸声响起，真新镇被陨石摧毁，冲天的火光瞬间吞噬了整个真新镇，广场的中心，一个少年和一个皮卡丘的雕塑也被砸的四分五裂开，而研究所也在这次事故中，毁灭。夜色里，听不到夏天夜晚时的青蛙声和虫鸣声。听到的只有人们的哀嚎声和火焰吞噬城镇的噼里啪啦的声音。
隔日清晨。整个真新镇就像从来没出现过一样，在这个世间被抹除。联盟对于昨晚的事件。举办了一次追悼会。追悼那些死于灾难的人民。
追悼会上，联盟各人员都发言自己对真新镇的思念，对人民的怀念，和自己没有及时组织陨石产生的强烈自责心理。昨晚的爆飞龙训练家更是掩面哭泣，带着哭腔诉说着事件的惨状，并因为自己没有救下群众，救下人民而陷入深深的自责内。电视机前和现场的人们都被感染，思念着真新镇，思念着那个古镇，和那群民风淳朴，待人宽厚的真新镇民。联盟看到这个现状，很满意，至少啊！不会再有人妨碍自己偷偷研究传说级别的宝可梦。而那群生活在联盟庇佑下的群众怎么也不会想到，联盟竟然会对几万的生命毫不在乎，甚至是轻蔑。整个联盟早已被黑恶势力腐蚀，联盟内部的爱国人士在黑暗势力的暗杀下，咽气，整个联盟瞬间沦为一个工具，任由黑暗势力控制的提线木偶。暗处，一个不知名的组织正在密谋着一个计划......
联盟为了谎言不被拆穿，派人前往真新镇遗址去看看有没有幸存的人类，而此时的真新镇变成了一个巨大的深坑，搜查人员带着嗅觉极为灵敏的卡蒂狗去搜查有没有生者的气息。在搜查了十几分钟后，卡蒂狗突然对一个废墟处“汪汪”吼叫起来，搜查官立刻让豪力掀开废墟处。看到的只是一个长发及腰的男孩子，浑身穿着一件白色的睡衣，看样子不过7，8岁而已，浑身伤痕累累，似乎经历过一场大战。
搜查官向上级汇报后，得到的命令就是带回去做实验，正好实验室缺了一批实验对象，上次的沙奈朵也已经被那帮科学家解剖了也没找到超能宝可梦的秘密。
“是”搜查官麻利的拖着少年，扔到吉普车的后座。朝着联盟最大的实验室梦之实验室驶去。
此时，在雷冠市的一个小区内，一个少年正兴奋的看着电视，屏幕内只是小智版甲贺忍蛙大战艾兰的X喷的一战。原来此时已经是2122年了，小智也如愿登上了宝可梦大师的宝座，死后，后人为了纪念他，特意制作了关于小智宝可梦生涯的故事。为人们展示了一代宝可梦大师的旅途。少年斗志昂扬，决心要成为比宝可梦大师更厉害的人物，那就是超越神，成为神的主人。
“我要成为比神还要更厉害的存在！”少年兴奋的喊着。
“啪”一声清晰的巴掌印印在了少年的脸上，迎面的是一个凶巴巴的女人 。
“发什么神经，赶紧洗手吃饭。”女人不耐烦的说道，对于少年这种经常做出令人感到尴尬的事情也是感到头疼。
“哦~”少年委屈的应了一声，转身进入洗手间。
十分钟后。
“你在里面干嘛呢，厕所是有什么玩意能吸引你十分钟！”女人此刻也不管形象了，朝着洗手间大吼起来。没有得到回应后，急忙忙的打开洗手间的门，看到的情况让女人顿时怀疑人生。自己怎么会有这么个儿子，镜子面前的少年正带着一顶和小智同款帽子在那说着要成为宝可梦大师，收服一级神的鬼话。
“楠楠，赶紧出来吃饭，宝可梦大师不是那么好当的，就你这三脚猫功夫，能不能自己抓到宝可梦还是个问题呢？更别提你说的什么鬼话，还收服一级神，你能抓到卡蒂狗，都算祖坟冒青烟了。”楠楠的妈妈白了他一眼，想刺激楠楠，放弃这个愿望，毕竟宝可梦训练家的致死率那可不是一点半点的，比其他职业致死率高出来几倍。所以楠楠妈一直很反感楠楠成为宝可梦训练家这个愿望。
“可是我真的很想成为宝可梦训练家，我书本上的宝可梦知识已经滚瓜烂熟了，我肯定会考到精灵学院的。我才不会因为困难而放弃自己的梦想，我可是要朝着神的目标而不断努力。”楠楠情绪激动的说着。
“好行，只要你能考到，别说御三家，准神幼崽也能给你搞来。”楠楠妈看着面前立志成为宝可梦训练家为了这个梦想已经接近疯狂的楠楠，也只能无奈妥协，怕中间再出什么问题，别又对他心理产生什么影响。
看到母亲已经允许，楠楠脸上浮现出一丝的惊喜和微笑。同时还有几分为难，毕竟宝可梦学院那可不是好考的，不仅要文化课和宝可梦知识课的成绩外，还要在中考前获得一个宝可梦。对于这个问题来说，让楠楠顿感头疼。
与此同时，梦之实验室内的老博士对着这个男孩进行了全面检查，发现男孩体内蕴藏着一股强大的能量，让经验丰富的老博士感到熟悉又有点陌生。像是某种精灵的能量。不等老博士思考，男孩突然坐了起来，对着周围陌生的环境感到害怕。一溜烟窜到实验室的角落里蜷缩着。任凭工作人员如何劝解，男孩死死抱着身体，低着头沉默不语。
随着一个宝可梦的出现，是一个吉利蛋，吉利蛋用着那双粉红色的小脚走到男孩面前，粉红色的外表，人畜无害的模样让男孩少了一些警惕，但更多的还是害怕。吉利蛋对于男孩说的话感到很兴奋，而男孩在吉利蛋的热情下，和吉利蛋成为了好朋友。科学家看着面前的二人，心中萌发出一个想象，这个男孩会不会是能够听懂宝可梦的对话。为了验证自己这一猜想，分别用其他的宝可梦作为实验，经过了几天的实验，男孩与实验室的宝可梦打成了一片，而科学家的验证也证实了男孩是当今世界上唯一能听懂宝可梦话语的人类。并且还发现男孩智商超过同龄人，记忆力也大幅度提升。在联盟的批准下，男孩被送进一家初中内进行就读，并对男孩的档案绝对的保密，除了天王，冠军，知道的人更是微乎其微。
冠军谢怡更是亲自为这个男孩取名张源。
时间飞速流逝，张源也在这些天中了解了一些关于这个世界的事情。
联盟内，天王，冠军及一众博士探讨男孩的身世。
“根据当时的描述，我觉得最可能的就是这个男孩是陨石爆炸后，由于某种因素导致的。”面对天王的质问，带头的博士推了推眼镜，支支吾吾的回答。
“你们干什么吃的，联盟给你们那么多资源，搞半天就这，我侄儿编的都比你好！”格斗天王怒骂着这些科研人员。
“抱歉，对于这个人，我们也没想到，说不定他根本就不是人。”博士被格斗天王的样子吓得一动不动，目光飘忽不定，生怕下一刻这些人把自己吃了。
“行啦，就到这吧，你们以后要是有什么发现及时汇报。”冠军对张源的身世也没什么意思。此时的冠军满脑子都想着这三天假期该怎么度过。毕竟作为冠军，每天都有忙不完的事情，好不容易放假了，也不愿多听这些人在这叽叽喳喳的。
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