“蜘蛛侠就是……彼得·帕克！”
“What！？”
彼得蹲在路灯上，看着詹姆森那个老喷子爆出自己的真实身份，惊讶地抓着自己的脑袋。
“嘿，你是蜘蛛侠的女朋友？”
看着下面的人群不断质问着米歇尔，蜘蛛侠赶紧跳下，用蛛丝带走米歇尔，帮她解围。
与此同时，当彼得真实身份被公开后，纽约监狱里的蝎子加根也通过电视知晓了彼得身份。成功越狱之后，便去找蜘蛛侠寻仇。
彼得和亲朋好友们很快遭到逮捕，多亏有马克律师的帮助，才帮助彼得脱罪，然而，彼得虽然躲过了法律的制裁，但是依然要受到道德上的口诛笔伐。
不但如此，因为自己的牵连，自己和朋友们也没能被麻省理工录取。
蜘蛛侠打给了钢铁侠的遗孀波茨小姐，请求她给自己证明，但波茨却道：
“抱歉，孩子，虽然我很想帮你，但是我先生生前已经将斯塔克企业转移到了他人名下，就连我也不知道是谁，但不管怎么说，我已经没有斯塔克财产的管理权，所以，我也没办法帮你证明。”
“那您可不可以……我是说，或许您认识一些麻省理工的人……至少，我的朋友们是无辜的。”
“随便靠关系，这并不是英雄行径，你应该想办法努力找到证据，证明自己的清白。”
蜘蛛侠本想寻找当初无人机大战的监控，但是诡诈的神秘客临死前早已处理得滴水不漏，大家还是更愿意相信“眼见为实”。
走投无路之下，蜘蛛侠只好找到了至圣所的奇异博士。尽管王提出警告，但奇异博士还是偷偷施法，让所有人忘记了神秘客存在过的所有证据。
自然，神秘客那段自制Vlog也不复存在，大家也就不知道蜘蛛侠是彼得帕克这件事情。不过梅姨、米歇尔、奈德还有其它超级英雄仍然记得，因为他们没看Vlog之前就认识蜘蛛侠。
本以为一切就这样尘埃落定，然而，时日不同往日，由于女洛基一刀捅死了征服者康，多元宇宙已经出现，奇异博士的施法，打开了多元宇宙的裂缝，其它宇宙的五个反派――章鱼博士、绿魔、沙人、电光人、蜥蜴博士阴差阳错，混入了彼得的宇宙当中。
蝎子人虽然因为魔法忘了蜘蛛侠是彼得·帕克，但是仍然和蜘蛛侠有仇，在蜂巢科技的资助下换上了尾部可喷出硫酸的蝎子战衣，至此六大反派全部聚齐。
六个反派出于各种目的，制造了各种混乱，彼得先是跟章鱼博士在桥上展开大战，好不容易控制住章鱼博士，一个踩着飞行器的绿色身影从天而降：
“哈哈哈哈……”
只见绿魔扔来一个“生瓜蛋子”，眼看就要爆炸，多亏博士救场，将彼得带回至圣所。
“刚才那些家伙，我怎么没见过？”彼得疑惑道。
“没办法，一旦打破规律，就会被规律惩罚，但打破规律，却也是一种必然规律。”博士摇了摇头，随后便说出了自己的分析。
“那我们把他们抓回来！”
“抱歉，孩子，我有些更重要的事情需要处理一下，否则，会有更多的敌人涌入我们这个宇宙，他们就交给你了。”
随后，博士留给彼得一个魔法盒子。
“这个东西给你，把他们聚齐后，按下这个，就可以把他们送回去。”
博士说完，画了个圈圈，前去找旺达一起解决裂缝的事。
当晚，六个反派收到了神秘人的信息，六人按照信息上的地址赶过去，最终在一栋大厦欢聚一堂。
正当六个人闲聊时，一阵拍手声传来，随后，从黑暗中走出一个拿着拐杖，穿着白色西装的光头胖子。
“我是威尔逊·菲斯克，当然，大家叫我，金并。”
“你们都跟蜘蛛侠有仇，既然这样，我们不如团结起来，不就是一个小小的蜘蛛侠嘛，办他！”
金并说着，伸出一只大手，其它反派面面相觑，也纷纷把手搭在了上面。
“我对这场游戏不感兴趣，我只想搞我的发明。”章鱼博士道。
“我可以提供最好的实验室。”金并道。
“那好，带我一个。”章鱼博士说着，将一只机械爪搭在了上面。
为了抓住蜘蛛侠，六反派利用梅姨做诱饵，给彼得发了消息。
因为魔法盒必须要在一定距离下才能发挥作用，为了防止魔法盒遭到反派破坏，彼得事先将魔法盒交给米歇尔和奈德保管，自己则先去救下梅姨，随后米歇尔和奈德则找准机会赶来按下盒子。
当彼得赶来时，六反派将彼得引入了陷阱之中，即便有钢铁蜘蛛战衣加持，也难敌六反派，由于自己的失手，绿魔不慎杀害了梅姨。
“抱歉……梅……”
“能力越大，责任越……大。”梅姨说完，永远闭上了眼睛。
另一边，米歇尔和奈德正驱车前来按盒子，途中却遭到了金并的手下运动服黑帮的拦截，这时突然凭空出现两个蜘蛛侠，救下了二人。原来，另外宇宙的蜘蛛侠也来到了宇宙。
彼得死里逃生，万念俱灰下，彼得在好友的引荐下遇到了另外两个蜘蛛侠，在大哥二哥的一顿话疗中重拾了信心。
三个蜘蛛侠互相商量，为了对付六反派，三个蜘蛛侠利用钢铁侠遗留的科技，一对一研制了各自的解药，试图将他们打成普通人。
彼得发了一段视频，利用盒子，引诱六反派在自由女神像展开大战，最终，三个蜘蛛侠用解药把四个反派全部治好。蝎子因为是本宇宙，所以没被送走，趁机潜逃。
最终只剩下难缠的绿魔，米歇尔差点坠落，多亏二代蜘蛛侠及时救下，才免得又一场悲剧的上演。
另一边，彼得与绿魔展开战斗，梅姨的死，让彼得动了杀心，最终在老彼得的阻止下，才免于日后陷入杀戮之中。最终彼得点点头，让米歇尔按下箱子按钮，与两位前辈依依不舍下，将蜘蛛侠和相应反派送回其它宇宙当中。
又是一年圣诞节到来，彼得和米歇尔手牵手，在公园里过了一个温馨浪漫的圣诞。
趁米歇尔去买冰淇淋，彼得一回身，不小心撞到了一个牵着金毛，穿着黑色大衣的长发女孩。
“哦，天哪，等等，你是――蜘蛛侠！”
“小点声！”彼得赶紧将女孩拉到暗处。
“你认识我？”彼得问道，他以为是博士的咒语没消干净。
“当然，巴顿先生提到过你。”
“天哪，我还以为他挺守口如瓶的。”彼得无奈道。
“我叫凯特·毕肖普，鹰眼首席大弟子……”社交牛逼症的凯特与彼得握了握手，并把一切全都说了出来：
“聚齐六反派的，其实有一个幕后大佬。”
“谁？”
“就是他，金并。”凯特说着，将手机照片递给了彼得。
彩蛋1：由于蝎子忘了蜘蛛侠是彼得·帕克，于是准备拿秃鹫的女儿做威胁，逼秃鹫供出彼得身份，并准备在老板金并的筹划下拉其入伙，组成新的邪恶六人组。
彩蛋2：酒吧里的艾迪布鲁克虽然也回到了自己的宇宙，但是一小撮共生体留了下来。
彩蛋3：《奇异博士2：疯狂的多元宇宙》预告片。
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