消失的五年

在初号机干掉力天使的一年后，第三次冲击被绫波丽用牺牲自己的代价将第三次冲击给停止了，在这之后的五年后，依靠使徒的核心，人类的科技有了突破性的进展，在真嗣和明日香的驾驶下，剩下的使徒被尽数消灭，明日香成为了地位仅此于葛城美里的二星上将，真嗣则在消灭最后一个使徒后，驾驶第十一代初号机（注，十一代的eva已经用使徒核心来当能量来源，所以十一代eva不会有能量不足的问题）

真嗣驾驶初号机，利用初号机高大的身躯，来到了太平洋的一个小岛上。

真嗣驾驶初号机离开的一个月内，nver的总司令美里和其他高层都在商讨让谁来使用只能用两次的时间机器，渚薰已经是其中一个，在大家都在商讨时，真嗣却走进了会议室。

明日香你还敢回来，偷走初号机的小偷

真嗣从口袋里掏出了三张卡，说到

钉真嗣这三张卡是你们给我的，每个人的专属盖章也在上面，你们说过，这三张卡可以满足我任何的三个愿望

钉真嗣并且你们手碗里还有一个芯片，只有这三张卡才能让他失效。

美里好吧，你说吧，你要啥愿望

钉真嗣一，我要初号机。 二，我要最后一个时间机器的使用权。三，我要带着初号机一起使用时间机器

美里好吧，我答应你

钉真嗣内心：绫波丽我来找你了

后面就是第一章的开头了