讨贼之战后,速成系分裂成刘湘的旧二军和杨森的新二军两个系统。刘湘联络刘成勋、刘文辉、赖心辉等,形成“三刘一赖”的反杨联盟,并对杨森之王缵绪等部进行策反。3月,刘湘等联名致电段祺瑞政府,要求调杨森赴京任职。杨森决定发动统一之战,以武力统一四川。4月12日,杨森分兵五路,向赖心辉、刘成勋、刘文辉、陈洪范、陈国栋部进攻,连战告捷,其军队扩充到19个师又12个混成旅。赖心辉、刘成勋、刘文辉等部退往重庆,依靠刘湘,联合邓锡侯以及黔军袁祖铭,组成川黔联军,共同倒杨。7月中旬,两军在永川、大足、荣昌一带激战。7月21日,联军全线发起进攻,杨森被迫退往沱江右岸。7月31日,杨森部主力师师长王缵绪靠刘湘,通电停战。8月4日,联军强渡沱江,杨军溃败,逃往乐山。8月10日,联军攻克成都。9月4日,杨森被迫通电将所部交由刘湘节制,自率残兵到宜宾。9月9日,杨森将第3军军长李树勋伏杀,再逃往横江、万县。11月1日,杨森自奉节往汉口,再投吴佩孚。联军于9月在自流井召开善后会议。会议上,刘湘与袁祖铭因分赃不均,关系恶化。民国十五年(1926年)1月24日,袁祖铭返抵重庆,下令增调黔军4个团入城,在浮图关、两路口、磁器口等要地配置重兵,发动江巴事变(又称渝变)。江巴事变成为驱袁战争的导火线。事变后,刘主力被袁逐出重庆以后,刘决定驱逐袁出川。刘湘、杨森在武汉签订了“丙寅公约”。民国十五年(1926年)3月1日,杨森返回川东万县,召旧属六部来归。5月5日,川军兵分上川东、下川东两路,由刘湘、杨森分别统领、夹击重庆,刘文辉亦在川南发起进攻。5月18日,刘、杨联军兵临重庆。5月21日,川军进占重庆。袁祖铭率黔军全部返黔。驱袁之战后,杨森控制了下川东各县。民国十五年(1926年)6月,广州国民革命军出师北伐,深入湖南,攻克长沙、岳阳,兵锋直指武汉,川省震动。8月13日,刘湘、赖心辉、刘成勋、刘文辉联名发出讨伐吴佩孚的通电。北伐军为防止川军援助吴佩孚,派出了朱德、陈毅到杨森部做工作。9月初,原川军将领刘伯承领导泸顺起义,以武力迫使川军易帜。10月,北伐军攻克武汉,声威大震,四川军阀见大势所趋,表示服从国民政府。11月,广东国民政府分别委任杨森、刘湘、赖心辉、刘成勋、刘文辉为国民革命军第20、21、22、23、24军军长。12月,任命邓锡侯、田颂尧为第28、29军军长。至此,川军全部易帜,归属国民政府统辖。川军虽然易帜,但其内部派别之争依然如故。除了刘湘速成系,形成了保定系和军官系。保川军易帜后,刘、邓、田三军在成都设立三军统率办事处,后改名三军联合办事处,刘文辉为处长,邓锡侯、田颂尧为副处长,实行省城之军政、民政、财政三统一,与驻重庆的刘湘速成系相对抗。李家钰由川军第1师师长升任四川边防军总司令,与第11师师长罗泽洲等在成都组织群益社,以联络四川陆军军官学堂及蜀军将弁学堂速成队的同学,接收来自各方面的军官学堂同学,两人成为军官系的首脑。李家钰驻遂宁,罗泽洲驻南充,并与驻万县的杨森合作,与成都的保定系、重庆的速成系形成三足鼎立的局面。民国十六年(1927年)4月12日,南京国民政府与武汉国民政府相对抗。蒋介石指使粤、桂、川、黔军阀兵分六路,会同两湖军阀会攻武汉。刘湘被任命为第5路总指挥,杨森被任命为第5路前敌总指挥。民国十六年(1927年)5月5日,杨森率45000人自万县东下,以范绍曾部为先锋。驻宜昌的夏斗寅部顺流而下,为杨军开路。5月21日,杨军占领武汉外围仙桃镇,夏斗寅部占领汀泗桥、贺胜桥。武汉国民政府的主力部队已赴河南作战,留守武汉的叶挺部急赴前线,击溃夏斗寅师。同时,武汉国民政府急调唐生智第8军李云杰师包围进犯仙桃镇的杨森部。6月8日,李云杰部发起进攻,杨军败逃至潜江。武汉国民政府又调动鄂北一带的部队截击西逃的杨军。杨森于6月24日率范绍曾、白驹等逃回四川。当杨森准备退回万县时,刘湘已派兵进驻万县,将他拒于夔门之外。随后邓锡侯、刘文辉等乘虚进袭重庆,刘湘即让回万县给杨森,回师击退邓锡侯等的进袭。民国十六年(1927年)11月,吴佩孚战败后,入川投靠杨森。杨森对吴佩孚倍加关照。此举遭到四川各界人士激烈反对和指责。蒋介石明令免除杨森职务,由师长郭汝栋取代其第20军军长之职。但杨森不肯交权,与部将的矛盾