规模较大的有湖北襄郧镇守使、鄂军第九师师长黎天才等组织的“湖北靖国军”,在襄阳宣布“自主”;前陕西警备军统领郭坚组织“陕西护法军”,在凤翔宣布“独立”。此外,在山东、河南、浙江、江苏、安徽、福建、甘肃,乃至东北等省区,都先后组织了“护法军”、“靖国军”,宣布“独立”或“自主”,护法战争的烽烟席卷了全国大部分省区。这种形势使孙中山非常振奋,他多次召集军事会议,制定了护法北伐的进兵战略:令桂、滇两军肃清湘、川北军,出师合击武汉,其他各路护法军、靖国军也与桂、滇军会师武汉,然后占领南京,大举北伐,会攻北京。北洋军在湖南的失败是直、皖两系矛盾分裂的结果,同时又进一步激化了直皖矛盾。直系首领、代总统冯国璋一直同皖系首领段祺瑞争夺北洋派正统地位及北京政府中央大权。护法战争打响后,冯企图借助西南军阀势力对抗皖系,因而暗中主和;且对皖系利用直系军队打头阵的部署深为不满,正因此,王汝贤、冯国璋二将在前线擅自停战撤兵,打乱了皖系夺取湖南的战略部署。对此,段祺瑞极为恼火,愤而向冯国璋提出辞职。冯索性暗示号称“长江三督”的湖北督军王占元(1861-1934)、江西督军陈光远、江苏督军李纯于18日发表联名通电,主张南北双方罢兵休战,和平解决南北问题。1917年11月22日,冯免去国务总理段祺瑞,任王士珍为国务总理,段祺瑞内阁再次倒台,直皖两系公开分裂。25日冯国璋颁布南北停战令。此举在护法阵营内部引起不同的反响。孙中山始终坚持护法,反对南北调和,在1917年11月18日发表对时局的声明:“舍恢复约法及旧国会外,断无磋商余地。”以程潜为首的湘军将领则要求乘胜攻取岳阳,巩固护法军在湖南的胜利。然而以扩张实力和地盘为目的的桂、滇两系,在分别控制了湘、川两省后,便不顾孙中山护法运动的宗旨,很快和直系军阀妥协。陆荣廷在1917年11月24日,即冯国璋颁布停战令的前一日,就表示赞成“长江三督”的主和通电,带头发起南北停战。28日又授意广西督军谭浩明(1871-1925)以湘粤桂联军总司令名义通令响应冯国璋的停战令,命护法军前敌各军停战。滇系军阀则采取两面派手法,一面慷慨陈词,表示坚决护法,敷衍孙中山;一面又与陆荣廷沆瀣一气,彼此呼应,下令驻川滇军停战。直系的主和政策引起皖系与北洋主战派的强烈不满。在段祺瑞及其心腹徐树铮的策动下,吉、黑、奉、直、鲁、晋、陕、豫、甘、新、皖、浙、闽13省督军代表分别于1917年12月2日和1918年1月5日,连续召开两次天津会议,强烈要求冯国璋明令讨伐西南。冯被迫让步,于1917年12月15日任命直隶督军曹锟、山东督军张怀芝分别为第一、二路军总司令南下伐湘。18日任命段祺瑞为参战督办,皖系干将段芝贵为陆军总长,让皖系重掌中央军事指挥大权。1918年1月10日,又以参谋部、陆军部名义下达局部讨伐令,令北洋军进攻湖北荆州和襄阳。1月14日,吴光新率北洋军攻占荆、襄。桂系与湘军看到直系屈从主战派,也向岳阳发动进攻。1月27日护法联军攻克岳阳,俘敌1300余人。如联军乘北洋军兵力集中荆、襄之机直捣武汉,将会使护法战争出现重大转机。但桂系以保守湘境为满足,按兵不动,并提出“北不攻岳,南不攻鄂”为议和条件,从而丧失攻取武汉、会师北伐的大好时机。南军夺取岳阳后,北洋主战派气势更凶,胁迫冯国璋于1月30日下达对整个西南的讨伐令,命曹锟、张怀芝和张敬尧统率所部分路进兵。2月中旬,各路北洋军约10万人分别向湘鄂、湘赣边界进军。3月18日,北洋军“后起之秀”、署理第三师师长吴佩孚(1874-1939,字子玉,山东蓬莱人)率部攻占岳阳。3月23日,冯国璋被迫重任段祺瑞为国务总理,段立即组织北洋军大举南攻,护法军在湖南战场接连失利。26日,吴佩孚占领长沙。北洋政府旋即任命张敬尧为湖南督军兼署省长,命吴佩孚等部分左、中、右三路向湘南进军。4月24日,吴佩孚率中路军占领衡阳,湖南大部分地区沦于北洋军之手。进攻湖南的第一路总司令曹锟及其部下、署第三师师长吴佩孚本为直系军人,挥师南下后连克岳阳、长沙、衡阳,战功最大,而段祺瑞政府竟把湘督兼省长一职授予皖派嫡系张敬尧,使曹、吴大为不满,直、皖矛盾再度尖锐。吴佩孚秉承曹锟意旨,占领衡阳后即停步不前。5月底,曹锟擅自回师天津。6月15日直系与桂系代表签订停战协定,息战言和。8月,吴佩孚通电主和,公开攻击段祺瑞的武力统一政策“实亡国之政策”。直系将领纷纷响应。8月下旬段祺瑞被迫命令前线各军暂取守势。
桂、滇两系军阀不仅在护法战争中勾结直系罢兵议和,破坏孙中山护法宗旨,而且还拉拢国会中的政学会分子和国民党稳健派破坏护法军政府,排斥孙中山,企图攘夺护法运动的领导权。1918年1月,由桂系军阀发起,成立护法各省联合会议,试图成为与军政府抗衡的另一政权机关。2月,又由国民党稳健派人士出面,正式提出改组军政府的主张,并拟定《中华民国军政府组织大纲修正案》七条,其中心用意在于改大元帅单独首领制为若干总裁合议制,以排挤孙中山。1918年4月10日,滇系军阀唐继尧率先通电西南各省支持这一主张,提出护法各省现宜遥戴黎元洪或冯国璋为大总统,推岑春煊为国务总理,至于孙中山,“则宜游历各国,办理外交”。5月4日,在政学系及益友社操纵下,不顾孙中山和中华革命党议员的坚决反对,非常国会竟强行通过了《修正军政府组织法案》。当日孙中山即向非常国会提出辞呈,并发表大元帅辞职通电。他在电文中回顾护法以来的艰难历程,愤然指出:“顾吾国之大患,莫大于武人之争雄,南与北如一丘之貉。虽号称护法之省,亦莫肯俯首于法律及民意之下。……”20日非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷、岑春煊七人为政务总裁,以岑春煊为主席总裁。改组后的军政府完全由桂、滇军阀及其附庸政学会所控制,护法成为空名。孙中山看透了西南实力派名为护法、实为争夺地盘的面目,认识到依靠军阀不可能达到护法救国的目的,遂于次日离开广州,前往上海。护法运动宣告失败。
孙中山领导的以拥护国会和《中华民国临时约法》为标帜的护法运动。1917年6月13日黎元洪在率兵入京“调停”的张勋威逼下颁令解散国会。7月1日张勋拥戴清废帝溥仪复辟。6日孙中山等离沪南下,17日抵达广州,掀起护法运动,联合桂系、滇系等西南地方实力派,讨伐北洋叛逆。1917年8月25日国会非常会议在广州召开。1917年9月1日国会非常会议选举孙中山为中华民国海陆军大元帅,陆荣廷、唐继尧为元帅。10月孙正式就职,随即组建中华民国军政府。18日湖南零陵镇守使刘建藩等通电宣布湘南自主,护法战争爆发。陆荣廷指挥两广军队援湘,唐继尧亲率滇黔军队援川,分别与南下的北洋军队交战。孙与旧国民党各派势力也发动各省党人组织护法武装,起义讨逆。护法战争的范围遍及粤、桂、湘、闽、滇、黔、川、鄂、陕九省,赣、浙、苏、皖、豫、鲁、甘等省及东北地区也出现规模不等的护法武装及活动。桂、滇等西南实力派虽然标帜“护法”以抵拒北洋军队南侵,其意却在割据自雄,因而极力限制、排挤和打击军政府的革命活动。1918年1月3日晚上孙愤而登上“同安”、“豫章”两舰,炮击广东都督署,惩诫桂系。国民党稳健派为争取西南实力派联合护法,倡议将军政府由大元帅元首制改为政务总裁合议制。1918年5月国会非常会议三读通过军政府组织大纲修正案,决定军政府改行总裁合议制,选举唐绍仪、唐继尧、陆荣廷、伍廷芳、孙中山、林葆怿、岑春煊为军政府政务总裁,逼迫孙辞大元帅职,离粤赴沪。此后岑出任政务会议主席总裁,军政府领导权落入桂系为首的西南实力派手中。1919年2月下旬-5月初军政府与北京政府各派代表在上海举行南北和平会议,因屡成僵局而破裂。11月直系与滇、黔、桂、粤、湘、川等西南实力派签署“救国同盟草约”,达成联合对抗皖系的协议。孙中山等国民党人也确定联皖讨桂策略。1920年2月桂系与滇系因争夺驻粤滇军指挥权而公开发生内讧。3月底4月初伍廷芳与大部分国会议员因不满桂系专制,离粤出走。6月3日孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧四总裁联名通电,揭露桂系假护法的行径,否认其把持的广州军政府和国会非常会议。10月底援闽粤军攻占广州。11月29日孙中山、伍廷芳、唐绍仪联名通电,宣布恢复军政府,重开政务会议。1921年4月7日国会非常会议选举孙中山为中华民国大总统。5月5日孙正式就职,随即成立“正式政府”。6月下旬孙命陈炯明率领粤军西征讨桂,9月底粤军攻占广西龙州,陆荣廷等逃往越南,后避居上海,旧桂系军阀统治土崩瓦解。12月4日孙中山抵达桂林,组建陆海军大元帅大本营,整军北伐。1922年4月上旬孙督师回粤,准备取道江西北伐。6月16日陈炯明叛变,推翻广州正式政府。
孙率领海军舰队在省河坚持平叛50余天。8月14日孙等返抵上海,随即与苏联、中国共产党及皖、奉、直等国内各派势力加强联络,以求“同力合作”,“俾护法事业完全无憾”。1923年1月中旬滇、桂、粤讨贼联军攻占广州。3月2日孙在广州重建陆海军大元帅大本营。四五月间孙指挥讨贼联军平定沈鸿英叛乱,随即展开讨伐陈炯明叛军的东江战役。10月曹锟贿选总统,国会附逆;东江战局逆转,讨贼联军接连溃败;孙决定推进国民党改组筹备工作。11月中旬孙领导广州保卫战,击退来犯陈军,旋向列强要求收回粤海关关余。12月初孙要求护法议员“舍国会之奋斗,助革命之进行”。1924年1月4日孙在大本营政务特别大会上宣布:“现在护法可算终了,护法名义已不宜援用”。“今日应以革命精神创造国家,为中华民国开一新纪元。”20日孙在国民党“一大”上重申结束护法运动,另行开展国民革命的主张。护法运动为国共合作的国民革命奠定了起步的基石。段祺瑞政府对德宣战。“西原借款”、“兰辛——石井协定”。段祺瑞废弃《中华民国临时约法》。孙中山发动“护法运动”。广东非常国会的召开与“护法军政府”的成立。段祺瑞的“武力统一”和冯国璋的“和平统一”主张。西南军阀与直系军阀的勾结。护法军政府的改组和孙中山的被排挤。护法运动的失败,标志着整个中国民族资产阶级领导的旧民主主义革命的终结。
第二次护法运动(1921年-1922年),1920年8月,爆发粤桂战争,孙中山扶植的驻闽南的粤军陈炯明部,回粤讨伐窃据广东的桂系。10月,占领广东,把桂系逐回广西。11月,孙中山在广东军民欢迎下由上海抵广州,重组军政府,并发起第二次护法运动。 1918年夏,孙中山被南方军政府中的桂系军阀所排挤,5月21日离广东赴上海,他领导的第一次护法运动失败。1921年4月7日,国会非常会议参众两院联合会议选举孙中山为非常大总统,委陈炯明为护法军政府陆军部长、内务部长。1921年6月,广东军政府发动粤桂战争,打败桂系,统一广西。1922年3月15日,孙中山在桂林誓师,计划由桂入湘北伐,而陈炯明却与湖南军阀赵恒惕结成反孙联盟,暗杀了拥护孙中山的粤军参谋长邓铿,还囚禁廖仲恺,在后方牵制北伐力量,迫使孙中山回师广东。1922年5月,孙中山由广东进攻江西,北伐直系。6月,陈炯明叛变,孙中山从前线返回广州时,陈炯明炮轰总统府,史称“六一六事变”。孙中山避入永丰舰(后改称中山舰),8月被迫到上海。第二次护法运动失败。这是孙中山遭受的他一生中最惨重的一次失败,标志着中国资产阶级革命派领导的旧民主主义革命的失败。