191711月14日,唐继尧以川军刘存厚阻碍滇军为名,率滇黔联军誓师出发,发动了四川靖国战争。1920年12月,先回滇的叶荃计划袭取昆明。不料唐继尧已得知叶荃部下告密,调集重兵迎击,叶军连遭败绩,几乎全军覆没。2月初,叶部退往玉溪方向,而唐军尾随追击。顾品珍乘唐军兵力分散,远离省城之机,突然进军昆明。2月7日(旧历除夕),唐继尧措手不及,无力抵抗,于仓皇逃至蒙自,企图收集部队反攻。2月8日,顾品珍率部进入昆明。顾品珍一面派民意代表“劝”唐继尧出国游历,一面派兵进逼。唐继尧不得已委任李友勋为第二卫戍区司令,龙云为近卫团长,同驻蒙自地区,作为日后东山再起的力量,然后率少量亲信护卫乘滇越铁路火车向南出走,流落香港。顾品珍即以滇军总司令名义总揽军民政务。倒唐之战的结果,使顾品珍取代了唐继尧在云南的统治地位。顾品珍执掌云南军政大权后,起用了一些滇军旧将。如罗佩金,在1917年刘罗之战失败后回滇闲居,顾品珍委任他为迤南巡阅使。但是,顾品珍也与某些将领不和,如叶荃(云南云州人),后来出走广州,在孙中山大本营中,任参军长。又如杨蓁(云南昆明人),原任第三卫戍司令,也与顾意见不合,被逐入粤。对唐继尧旧部亲信,顾品珍更是处处防范并加以打击。
唐继尧到达香港后,积极筹划,准备返回云南夺权,返滇之战随即打响。1921年秋,唐继尧亲信李友勋、龙云等部借响应孙中山讨伐桂系军阀陆荣廷的名义,进兵广西,攻下柳州。这时,唐继尧即令所有在两广的滇军,迅速脱离北伐大本营,开往柳州,与李友勋、龙云部汇合。1922年2月,唐继尧将集中在柳州的四千余人编为第一、二、三、四军。李友勋任第一军军长、龙云任第一军的前敌司令,率部返滇攻打顾品珍部。在回滇途中,李友勋被广西自治军击毙,龙云即代理第一军军长,继续向顾品珍部进攻。顾品珍率部在滇东抵抗。3月,顾品珍战死于路南天生关鹅毛寨,余部溃散;第八旅旅长范石生、第一梯团长杨希闵部到广东投孙中山。唐继尧返回昆明,重新控制云南军政大权。唐继尧将所部滇军扩编为“建国军”,自任川、滇、黔、鄂、豫、陕七省“建国联军总司令”。滇军从广西退回云南后,云南各界反唐继尧的呼声日高。5月3日,罗佩金则逃亡迤西,被土匪普小洪捕杀于苴却。1925年7月,国民政府在广州成立,全国革命的激流汹涌澎湃。1926年7月,广州国民政府举行北伐战争,横扫两湖和浙赣,北洋军阀的统治已近末日。云南人民对唐继尧穷兵黩武,勾结北洋军阀的行为十分愤恨。此外,自第一次滇桂战争后,唐继尧乘机撤销各军番号,加强亲信近卫部队,宠信亲族,排斥异己,也引起了不省滇军将领强烈的不满。
1927年2月6日,蒙自镇守使胡若愚、昆明镇守使龙云、昭通镇守使张汝骥、大理镇守使李选廷共同发动了云南二·六政变(也称云南四镇守使倒唐事件)。2月6日,四镇守使发出联名通电,要求唐继尧驱逐肖小唐继虞、陈维庚、李伯勋、白之瀚、李秉扬、李子由等。同时,胡若愚、张汝骥两军即向昆明进发。唐继尧在各军的军事压力下,被迫同意了这些要求,令唐继虞等人出走,同意改组省政府。云南二·六四镇守使倒唐事件,名曰“兵谏”,实质政变,唐继尧成了有名无实的“总裁”,他对云南十四年之久的统治亦宣告结束。四镇守使尤其是胡若愚、龙云,都是唐继尧一手提拔的部将,这次倒戈相向,令他气愤交加。两月后,即5月23日,唐继尧病死,享年不过四十四岁。唐继尧死后,旧滇系军阀亦告结束。二·六政变之后,蒋介石委任龙云为国民革命军第三十八军军长,胡若愚为第三十九军军长,张汝骥为独立第八师师长。云南的实际大权操纵在胡若愚、龙云之手。张汝骥倒向胡若愚一边;而李选廷只有一个团的兵力,只求自保,不敢参与相争。唐继尧死后,胡若愚、龙云、张汝骥各怀野心,为争夺云南的统治权,矛盾日益尖锐,不久即发生了六·一四政变,龙云被囚禁。1927年6月14日夜,胡若愚联合张汝骥,突然派兵袭击龙云在昆明翠湖东路的住宅及第三十八军军部。一颗小型炮弹在龙云住宅的花园爆炸,击毁了门窗。龙云的一只眼睛被玻璃片砸伤,顿时鲜血淋漓,束手就擒,因为害怕他的武功高强,龙云被胡若愚并在铁笼子里。龙云的眼睛由于没有得到及时治疗,后来成为终生残疾。这就云南六·一四政变。在六·一四政变生时,龙云部主要将卢汉、朱旭、高荫槐、周文人等趁混乱之机逃到滇西,邀请滇军元老胡瑛代理第三十八领先军军长,指挥部队反击昆明,在祥云、禄丰等地展开激战,击溃胡若愚军,乘胜进逼昆明。1927年7月24日,胡若愚被迫挟持龙云撤离,并将省主席的印信交给周钟岳,请周转告第三十八军切勿追击,他将保证龙云的人身安全。7月25日,胡瑛率第三十八军进入昆明,胡若愚退至昆明东郊大板桥时,恐怕第三十八军追击,于是便向龙云表示和解,双方达成了“板桥协议”,商定龙云回昆明主持省政,胡若愚、张汝骥即行北伐,由龙云在后方补充饷械。8月13日,龙云回到昆明,接任第三十八军军长兼代云南省政府主席,重新改造云南省政府。龙云重新掌权后,并不遵守“板桥协议”,命卢汉、朱旭等部将胡若愚、张汝骥部包围于曲靖,准备加以消灭。但此时,逃亡大理的唐继虞趁昆明城防空虚,发兵进逼昆明,昆明危在旦夕。龙云一面指挥部队固守,一面派代表向胡、张疏通,表示不再为难,维护“板桥协议”。说成后,即将朱旭部调回昆明,将唐继虞部击退。胡若愚、张汝骥被解围后,也不执行“板桥协议”,却与贵州周西成相勾结,联合黔军向昆明反击。龙云任命胡瑛为第三十八军前敌总指挥,双方在曲靖、宣威一带反复混战,龙云部将周西成之黔军击退,进而将胡、张部赶至川、滇、黔边境。1928年1月,龙云被蒋介石任命为云南省政府主席,并兼国民革命军第十三路军总指挥,从而在云南的地位逐渐巩固。龙云最后消灭了对手,统一了云南,确立了他在云南的统治地位,当上了“云南王”,云南从此也进入新滇系军阀的统治时期。