番外:沙菲雅1

作为小田卷博士的女儿和助手，莎菲雅认为自然的东西无需雕琢是最好的。她喜欢爬树，喜欢在大自然之中自由自在的生活，并经常帮父亲在野外研究，甚至在开始冒险前没有穿衣服而只穿着一身树叶。

由于幼年发生的暴飞龙事件，她的性格变得野性、泼辣、略显傲娇。她的个性非常强烈，在路比做出让她伤心的事情的时候会选择毅然离开他，但他们总会重新回到一起。

童年

事实上儿时的莎菲雅是个非常老实、文静，喜欢打扮，既不会爬树，也不会打闹的女孩。然而五岁时的一次意外让莎菲雅的性格大变。当时为了给小田卷博士的好朋友千里鼓劲参加道馆馆主资格考试，莎菲雅同爸爸来到了城都地区，并同千里的儿子路比一块玩耍，可是突然出现的暴飞龙吓坏了她。路比打倒了暴飞龙，但却被它在额头上留下了龙爪的伤口，这使莎菲雅哭了起来。从此莎菲雅认为是自己的软弱伤害了路比，并否认了他的强大。莎菲雅决心要拥有能够保护自己，帮助别人的强大力量。

红宝石·蓝宝石篇

十岁的一天莎菲雅正在秘密基地做研究时，突然遇到了被大狼犬攻击的路比，相救后却被路比当成野生宝可梦并因误会发生了战斗。在一顿争吵过后莎菲雅要求和路比打赌在80天内完成各自的目标，莎菲雅要战胜丰缘地区所有道馆馆主，而路比要拿到所有华丽大赛的优胜。在穿上路比为她订制的衣服后，莎菲雅的冒险开始了。

莎菲雅在１０４号道路从一处喷泉中救出了兹伏奇社长的飘浮泡泡，在橙华森林与海洋队发生冲突，并从兹伏奇社长那里得到了大吾的信件。来到卡那兹市后，莎菲雅参加了挑战道馆之前的考试获得满分，并随后战胜了杜娟获得第一枚徽章，之后乘着吼鲸王艾鲁鲁在武斗镇打败了道馆馆主藤树。与路比重逢后莎菲雅听到了大吾的消息，然而为时已晚。两人向凯那市前进途中经过了弃船，并遭遇了熔岩队。

在１１０号道路旅行时，莎菲雅意外发现了新紫堇，并帮助铁旋和戏法大王平息了失控的发电机，因此莎菲雅得到了铁旋的承认获得了电力徽章。之后莎菲雅到达烟囱山却被海洋队所困，并最终没能阻止让烟囱山停止活动的计划。在釜炎镇与亚莎对战后，莎菲雅乘着热带龙特罗罗前往第五间道馆所在地茵郁市。在被娜琪打败后莎菲雅决心成为她的弟子。

接着，随米可利前往茵郁市的路比与莎菲雅重逢，在见识了大狼犬NANA与野生噗噗猪的战斗后，莎菲雅质问路比为什么要隐藏实力，并请求他加入到保护整个丰缘地区的对战中。然而路比却说对此没有兴趣，这激怒了莎菲雅，并说再也不要见到他的脸。她同时加紧了训练，并得到娜琪的承认获得白羽徽章。终于熔岩队与海洋队成功唤醒了固拉多与盖欧卡，丰缘地区陷入了前所未有的灾难中。在１２３号道路，莎菲雅救助了被海浪冲刷上陆地的古空棘鱼，并感受到了它的秘密之力。路比在救援中心的大屏幕上见到跟随莎菲雅的古空棘鱼后，他决定加入到保护丰缘的行列中，并与莎菲雅一同前往海底洞窟。

在海底洞窟，由于赤焰松与水梧桐被宝珠的力量反噬，路比和莎菲雅没能成功夺回宝珠，之后为了阻止熔岩队与海洋队老大的暴行两人携力使用了古兰陨石的力量。然而最终巨大的能量没有阻止超古代宝可梦的激战，反使宝珠进入了路比与莎菲雅体内。此刻大吾在琉璃市外能量的撞击波中发现了莎菲雅，并得到了来自父亲兹伏奇社长的信件，借助莎菲雅的艾鲁鲁和基拉拉成功唤醒了传说中的雷吉洛克、雷吉艾斯与雷吉斯奇鲁。

在幻之岛，路比与莎菲雅展开了特训，并意外遇到了正电拍拍与负电拍拍，在返回琉璃市的时候，莎菲雅向路比吐露了自己的感情，然而却被路比从特罗罗上推下并锁进了喷气车，此时莎菲雅知道了路比原来就是五年前救过自己的男孩。

在路比和千里终于使固拉多与盖欧卡的激战平息下来的时候，赤焰松和水梧桐却再度出现。莎菲雅同米可利一起来到了琉璃市，并与路比展开与两名邪恶组织老大的最终决战，两人利用在幻之岛修行时学到的组合绝招，以及正电拍拍负电拍拍加上新紫堇发电机的力量，终于打倒了赤焰松与水梧桐。随后路比放出在城都地区邂逅的时拉比，夺回了宝珠并挽回了牺牲的千里、大吾及火雁。最终在第80天，路比与莎菲雅完成了各自的目标，回到了约定的地点，也就是莎菲雅在未白镇的秘密基地。

绿宝石篇

丰缘灾难结束10个月后，小田卷博士派遣路比与莎菲雅前往对战开拓区，并协助第三图鉴持有人米拉特一同保护基拉祈。在哈奇老人的破浪号客船上他们与娜琪和米可利一同参加了阿满与隆二的婚礼，并在对战巨蛋“意外”见到了米拉特。见到米拉特之后，路比与莎菲雅决定参加对战巨蛋的锦标赛了解米拉特的实力。

在半决赛中，莎菲雅最终输给了希尔斯。在见到对战宫殿的开拓头脑宇康时，宇康看着莎菲雅的眼睛发现了她与靛蓝色宝珠的联系。在铠甲男最终捕获基拉祈之后，路比、莎菲雅、米拉特一同前往对战塔与达拉一同参加了对战塔的挑战。到达顶端之后他们发现莉拉已经被格列盖达控制，宇康利用拉帝亚斯与拉帝欧斯梦境转映的帮助揭开了格列盖达与靛蓝色宝珠的联系，最终发现格列盖达原来就是曾经的水梧桐。

借助基拉祈的力量，水梧桐重新创造出盖欧卡并用一场洪水席卷了整个对战开拓区，路比、莎菲雅、米拉特连同两位城都图鉴持有人阿金与克丽丝塔儿，一同展开了保护基拉祈的决战。最终用稚稚新学会的爆炸烈焰和大家一起打败了水梧桐。小智、小茂、小蓝、小黄和小银也从石像的状态中复活。