为了对抗帕弥什病毒开发了构造题技术和配套进行高技术培养的指挥官们协同作战，指挥官的主要功能是稳定构造体的意识海，避免构造体意识海偏离，构造体意识海偏离严重会影响机体正常运转，甚至构造体死亡。构造体是经由改造技术直接提取人类的人脑意识放到一个类人的机械容器之中，使其变成战斗力强悍的战士，当中有各种原因自愿成为构造体的人类，也有被苍蝇闻到有利用价值的人类。
下面我们开启首席指挥官的故事，剧情中的首席指挥官就是你自己。
“我答应过爸爸妈妈，不会让你受到伤害。所以冒险的事情，我来做……”
幼小的露西亚一直承担着姐姐的责任，保护着妹妹。在一处废墟中露西亚把找到的仅有的一个肉罐头给了露娜，还谎称自己在路上已经吃过了，露娜对姐姐的信任使她相信了姐姐的这句话。
在露娜吃了一口已经发酸的肉罐头之后姐妹俩遇到了感染体，随后姐妹一行逃到了另外一个城市有收容所的教堂中，收容所的能源还能支撑数个月。在一处走廊的角落中姐妹听到了收容所修女和一个黑衣人之间的对话。
黑衣人应该是隶属于某个部队，为修女收容的一帮孩子进行护送至这个教堂，目的不纯，而修女作为神职人员之前一直在战火中保护这一帮小孩。
被发现的姐妹一开始被拒绝收留了，应该是收容所这边资源也不够了，黑衣人嘀咕两句修女还是收留了两姐妹。进到收容所之后，露西亚一次外出中找到了一个阿呆蛙的玩偶送给了露娜，露娜非常珍惜，但是善良单纯的露娜一直把姐妹俩用来过冬的食物“借给”一个小男孩，露娜并不知道小男孩不会还给她。发现真相的露西亚找小男孩索要无果，最终姐妹俩便返回地面寻找食物。姐妹俩在地面遇上感染体并与之战斗时遇到了尼科拉——空中花园军事总司令。（黑衣人应该是空中花园的）
尼科拉发现姐妹俩的测试结果非常适合进行构造体改造。
科拉还说改造后身体和意识都不再受帕弥什病毒的侵害。
抛出了没有病毒危害的天国——空中花园，之后姐妹俩坚定了成为构造体的信心，此时的尼科拉完全知道自己在干什么，但是身为军事总司令必须背负收复地球的使命而不择手段。
回到收容所的姐妹俩幸福的睡了一觉，幻想着空中花园的美好生活，而露西亚不允许露娜进行改造，姐姐必须保护好露娜。一觉醒来露西亚发现露娜不见了，询问另外一个小女孩过后明白原来是被黑衣人带走了，寻找露娜路上再次遇到了尼科拉，尼科拉直接把露娜改造失败成为了感染体并进行废弃处理的事情告诉了露西亚，露西亚这是才知道露娜为了保护姐姐自己跑去接受构造体改造。
伤心欲绝的露西亚一时间寻死，在尼科拉的引导下露西亚在几天之后进行了构造体改造，红莲诞生，成为了一颗星火。
“被赋予的希望全部都变成了绝望”
满怀对空中花园美好幻想的露娜，接受了构造体改造，而改造露娜的正是黑野的研究部门，改造的初期阶段非常顺利，但是在最后安装逆元装置唤醒之后，露娜毫无预兆的被帕弥什病毒感染，研究人员也说明改造过程中是绝对不会有帕弥什病毒能够进入进行感染的。
在这个紧急的情况下，突然闯来了一个人，葛林斯，自称是尼科拉——军事总司令的上司。
在两人聊完之后，葛林斯下令把所有刚刚改造好的构造体全部射杀，一群原本能成为星火的孩子全部暗淡了，在执行前一位名为希罗的士兵想劝阻葛林斯的残酷行径，但毫无用处。
被废弃在垃圾处理厂的露娜并没有死，露娜发现在她旁边的感染体不会主动攻击自己，这时露娜才发现身上伤口发散的红光，跟感染体一模一样。此时在露娜脑海中一直有一个声音在回荡，露娜是受到了升格的授意，成为使者。
几个星期之后的清晨，剩下来的孩子也完成了构造体改造，并在黑野部队的帐篷外面接受葛林斯和尼科拉的训话，其中有一个长得跟露西亚很像的女孩，名字叫莱蒂，数次顶撞葛林斯还被挖出之前的偷盗行为，被葛林斯射杀后丢弃在垃圾处理厂。
被丢弃在垃圾处理厂的莱蒂并没有死，被放在胸口的杂物救了一命。莱蒂在垃圾处理厂遇到了思念姐姐的露娜，此时的露娜早已分不清这么像姐姐的人是不是真的姐姐了，况且莱蒂掉下来的时候碰巧捡到一个破损的阿呆蛙，姐姐送给她的礼物。莱蒂发现露娜错把自己当成她的姐姐，便利用露娜清扫在垃圾处理厂的感染体，最后举枪对露娜射击，露娜在一声声“怪物，你怎么还不死！”结束了莱蒂的生命。露娜亲手杀了“姐姐”。
露娜产生的动静使垃圾处理厂发生了爆炸，黑野一众构造体过去阻止露娜几乎全灭，希罗跑回来对葛林斯报告，这时露娜已经跟过来了，看到露娜的葛林斯惊呼天使。（真是可笑）附近所有的感染体对露娜俯首称臣，露娜也对这些人类不屑一顾，径直离去。
离去的露娜并未走远，她到了019地下城市的废墟中找到了被感染体围困的修女，通过修女腿部外露的零件和线缆可以发现修女并非人类，同样也是构造体，通过修女的自述可以发现修女其实是由黄金时代的人类制造的。遇到修女的露娜邀请修女加入她的阵营，但是修女恪守“绝不能背叛人类”的教义拒绝了露娜。在告别露娜露西亚就在不久之后修女被病毒感染成感染体，也就是boss——修女。
白雪皑皑，露娜在雪地中远远观望姐姐露西亚练习战斗，发现姐姐也成为了构造体，姐妹俩都被欺骗了，被人类，对人类的怒火在露娜心中燃烧，而尼科拉更是罪大恶极，本想直接杀掉尼科拉，但是为了让姐姐看到真相还是收手了。露娜也在最后说了自己想要的：“破坏这个由谎言编制而成的世界，创造与姐姐永远在一起的乐园。”
这是首席指挥官灰鸦小队第一位队员露西亚的成长故事。
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