来到神奥，得到波加曼

两年后，皮丘进化成了皮卡丘。

小智和小茂，以及皮卡丘，跟着大木博士到各个地区去拜访各地区的博士。

他们先到了丰源地区，拜访了小田卷博士，在丰源地区，小智收服到了一只火稚鸡和一只颜色不同的丑丑鱼。

现在小智他们来到了神奥地区，山梨博士的研究所，认识了神奥的御三家，但却因为一些事情，导致神奥的御三家都跑了出来，于是他们决定分头找，而这边小智已经找到了神奥的水系御三家波加曼，但波加曼并不友好，见到小智就对他使泡沫光线。

小智和皮卡丘去追波加曼

等他们找到波加曼时，波加曼被困在一张大的蛛网上

正当小智想要去救波加曼时，一只阿利多斯突然袭击他们

小智给皮卡丘下达指令

一道黄色的电流向阿利多斯驶去，打中了阿利多斯

阿利多斯被击退了

趁这时间，小智和皮卡丘把波加曼救了下来

这时，刚才那只阿利多斯带着许多阿利多斯来到小智他们面前。

小智带着皮卡丘和波加曼逃，阿利多斯们并不打算放过他们，在后面穷追不舍

阿利多斯们用吐丝把小智他们的路封住，阿利多斯们一步步接近他们，对他们使用毒针攻击，小智他们到处躲避，这时小智的宝可梦食物掉在了地上。

小智撒出宝可梦食物，阿利多斯见到宝可梦食物，便用蛛丝黏住宝可梦食物，送到嘴里，开始吃

十万伏特和泡沫光线打出了一个缺口，小智他们往缺口逃，这时阿利多斯突然用蛛丝黏住了小智和皮卡丘，随机阿利多斯对他们使用毒针攻击

这时波加曼挡在了小智面前挡下了毒针

这时波加曼身体发光

波加曼发出了一道强大的白色光线，让阿利多斯们变成了星星

小智和皮卡丘也挣脱了蛛丝

小智和皮卡丘，波加曼离开了这里，走了一会后。他们来到一个湖前

这时湖面刮起了风，一只透明的宝可梦出来在湖面上

在叫了一声后便消失了

黄昏

小智和皮卡丘，波加曼回到了山梨博士的研究所。其他的御三家也都找回来了，小智他们也该走了

这时波加曼冲了出来。

波加曼来到小智面前，看着小智

小茂看着波加曼说，毕竟现在他和小智才七岁，还不到可以成为训练的年纪，可小智却已经收服了三只宝可梦，这让小茂十分嫉妒