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注：加★的为特别篇，加◆表示动画原创。集数标注使用原版官方集数，与爱奇艺等海外版集数的对照详见“名侦探柯南”词条和参考资料。
分集剧情
1996年（1－42）
1云霄飞车杀人事件
2董事长千金诱拐事件
3偶像密室杀人事件
5新干线大爆炸事件（柯南回忆）
6情人节杀人事件◆（柯南回忆）
7每月一份礼物威胁事件
10足球选手恐吓事件
13奇怪的寻亲杀人事件
29计算机杀人事件◆
33侦探团生还事件◆
38红鬼村火祭杀人事件
1997年（43－85）
43江户川柯南诱拐事件
50图书馆杀人事件
52雾天狗传说杀人事件★（柯南回忆）
63大怪兽哥美拉杀人事件
68暗夜男爵杀人事件（事件篇）
76柯南VS怪盗基德★
84滑雪别墅杀人事件（前篇）
1998年（86－128）
96走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★
99名陶艺家杀人事件（后篇）
100初恋情人回忆事件（前篇）
106新闻照片杀人事件◆
1999年（129－173）
129来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件★
136蓝色古堡探索事件（前篇）
137蓝色古堡探索事件（后篇）
138最后播映杀人事件（前篇）
139最后播映杀人事件（后篇）
140SOS！步美传达的讯息◆
146本厅刑事恋爱物语（前篇）
147本厅刑事恋爱物语（后篇）
156本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157本厅刑事恋爱物语2（后篇）
163月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
171黑暗中的死角（后篇）
2000年（174－218）
174二十年的杀意圣佛尼号连续杀人事件★
176与黑衣组织的再会（灰原篇）
177与黑衣组织的再会（柯南篇）
178与黑衣组织的再会（解决篇）
179咖啡厅卡车撞入事件◆
188危命的复活侦探队洞窟遇难记
189危命的复活负伤的名侦探
190危命的复活第三个选择
191危命的复活黑衣骑士
192危命的复活新一回来了
193危命的复活约定的场所
194意味深长的八音盒（前篇）
202第十位乘客（后篇）◆
209龙神山坠崖事件◆
212蘑菇、熊与侦探队（前篇）
213蘑菇、熊与侦探队（后篇）
216复仇海滩（后篇）◆
2001年（219－262）
230神秘的乘客（前篇）
231神秘的乘客（后篇）
233未消失的证据（前篇）
234未消失的证据（后篇）
246陷入网中的谜团（网中谜）（前篇）
247陷入网中的谜团（网中谜）（后篇）
258来自芝加哥的男子（前篇）
259来自芝加哥的男子（后篇）
2002年（263－303）
269犯罪的遗物（前篇）
270犯罪的遗物（后篇）
277英语教师VS西部名侦探（英文老师VS关西名侦探）（前篇）
279疯狂足球迷（前篇）
280疯狂足球迷（后篇）
289光彦森林迷失记（前篇）
290光彦森林迷失记（后篇）
301恶意与圣者的游行（前篇）
302恶意与圣者的游行（后篇）
2003年（304－344）
304震动的警视厅！1200万人质★
309与黑衣组织的再会（交涉篇）
310与黑衣组织的再会（追踪篇）
311与黑衣组织的再会（决死篇）
329金钱买不到的友情（前篇）
330金钱买不到的友情（后篇）
336东京显影所的秘密（后篇）
338四辆保时捷（前篇）
339四辆保时捷（后篇）
340厕所里隐藏的秘密（前篇）
341厕所里隐藏的秘密（后篇）
343便利店的陷阱（前篇）
344便利店的陷阱（后篇）
2004年（345－383）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案★
348爱、幽灵和地球遗产（前篇）◆
349爱、幽灵和地球遗产（后篇）◆
358本厅刑事恋爱物语5（前篇）
359本厅刑事恋爱物语5（后篇）
366众目睽睽之下的码头惨剧（前篇）
367众目睽睽之下的码头惨剧（后篇）
374星星和香烟的暗号（前篇）
375星星和香烟的暗号（后篇）
376限时15时◆
2005年（384－424）
394奇异屋宇大冒险（诡异宅院大冒险）（封印篇）
395奇异屋宇大冒险（诡异宅院大冒险）（机关篇；操纵篇）
396奇异屋宇大冒险（诡异宅院大冒险）（解决篇）
398奇妙一家的委托（前篇）
398奇妙一家的委托（前篇）
411神社鸟居之惊人暗号（前篇）
412神社鸟居之惊人暗号（后篇）
414侦探团青鸟追踪记◆
418米花町阁楼之家◆
421银杏色的初恋（前篇）
422银杏色的初恋（后篇）
2006年（425－459）
425黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间★
440极限赛车表演◆
443叹气拾潮（前篇）
444叹气拾潮（后篇）
453因缘与友情的试映会
458园子的红手帕（后篇）
2007年（460－490）
466打不破的雪人（前篇）
467打不破的雪人（后篇）
472工藤新一少年冒险（前篇）
473工藤新一少年冒险（后篇）
476元太的必杀球（前篇）
477元太的必杀球（后篇）
481山妖婆婆的利刃（前篇）
482山妖婆婆的利刃（后篇）
484黑色照片的去向（前篇）
485黑色照片的去向（后篇）
488电视台的恶魔★
2008年（491－520）
501红与黑的碰撞嫌疑
502红与黑的碰撞洁白
503红与黑的碰撞决死
510柯南VS双重暗号之谜
2009年（521－561）
521杀人犯工藤新一★
522新一的真实身份与兰的眼泪★
523真正想问的事
524憎恨的蓝色火花（前篇）
525憎恨的蓝色火花（后篇）
543鱼儿消失的一角岩（后篇）
547与犯人共度的两天（第一天）◆
548与犯人共度的两天（第二天）◆
549回转寿司之谜（前篇）
550回转寿司之谜（后篇）
551犯人是元太的父亲（前篇）
552犯人是元太的父亲（后篇）
557与危险的两人同行
2010年（562－601）
563侦探团VS强盗团（骚乱）
564侦探团VS强盗团（沉默）
572妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）
577萤火虫点亮的真相◆
591水族馆之家◆
597蒸汽密室的剧本（前篇）
598蒸汽密室的剧本（后篇）
2011年（602－641）
614日记演奏的秘密（前篇）
615日记演奏的秘密（后篇）
616福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）
617福尔摩斯的默示录（LoveIs0）
618福尔摩斯的默示录（撒旦）
619福尔摩斯的默示录（Codebreak）
620福尔摩斯的默示录（草场女王）
621福尔摩斯的默示录（0isStart）
623紧急事态252（后篇）
631花时钟知道一切◆
633时间守护者的剑（后篇）
2012年（642－680）
648侦探事务所笼城事件（爆发）
649侦探事务所笼城事件（狙击）
650侦探事务所笼城事件（解放）
656博士的视频网站（前篇）
657博士的视频网站（后篇）
659与初恋的共同搜查（前篇）
660与初恋的共同搜查（后篇）
663追逐深山锹形虫◆
672侦探们的夜想曲（诱拐）
673侦探们的夜想曲（推理）
674侦探们的夜想曲（波本）
675一丁点都不原谅（前篇）
676一丁点都不原谅（后篇）
2013年（681－723）
681以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）（提到；远影）
683以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
684泡沫、蒸汽和烟（前篇）
686装载了定时炸弹的汽车◆
687无人能解的冰之陷阱◆
699逼近灰原秘密的黑影（前篇）
700逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701漆黑的特快列车（发车）
702漆黑的特快列车（隧道）
703漆黑的特快列车（交叉）
704漆黑的特快列车（终点）
705密室中的柯南
708缓慢坠落的男子◆
722香甜冰冷的快递（前篇）
723香甜冰冷的快递（后篇）
2014年（724－762）
730过于完美的模型◆
734茱蒂的追忆与赏花的陷阱★
735带暗号的请帖◆
740小兰也倒在浴室里了（前篇）
750被海背叛的男子◆
751招财三色猫事件（前篇）
2015年（763－803）
765堤无津川放风筝事件（前篇）
766堤无津川放风筝事件（后篇）
767消失在风雪中的恋人◆
768灰原哀监禁事件◆
772工藤新一水族馆事件（前篇）
773工藤新一水族馆事件（后篇）
783绯色的真相（柯南想象）
785太阁之恋名人战（前篇）
786太阁之恋名人战（后篇）
799侦探团的密室推理比赛◆
2016年（804－844）
814博客女演员的密室事件（前篇）
815博客女演员的密室事件（后篇）
843侦探团的各执一词（前篇）
844侦探团的各执一词（后篇）
2017年（845－886）
859暗黑的山丘路◆
861与17年前一样的案发现场（前篇）
862与17年前一样的案发现场（后篇）
869消失在悬崖的柯南（前篇）◆
870消失在悬崖的柯南（后篇）◆
871信长四五〇事件◆
2018年（887－926）
887怪盗基德的机关箱（前篇）
888怪盗基德的机关箱（后篇）
889新老师的骸骨事件（前篇）（回忆）
898蛋糕融化了！◆
904两败俱伤的真相◆
918女警大追击◆
925饱含心意的手机挂件（前篇）
926饱含心意的手机挂件（后篇）
2019年（927－964）
927红色的修学旅行～鲜红篇～★（回忆；为上一集扫尾）
937巨人塔罗斯的必杀拳（上集）◆
938巨人塔罗斯的必杀拳（下集）◆
939危险的化石采集◆
941寻找玛利亚（上集）
942寻找玛利亚（下集）
947被诅咒的宝石波吉亚之泪（下集）◆
948被恐龙压倒的男人◆
951能听见汽笛声的旧书店2◆
960寡妇与侦探团◆
2020年（965－992）
989步美的绘画日记事件簿◆（出现在绘画日记中）
2021年（993－）
995替身京极真（后篇）
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