工藤新一我本来是一位颇具名声的高中生侦探,还被人称“日本警察的救世主”，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下不明药物，后来虽然幸免于死，但身体就从此缩小为小学时期的模样。

工藤新一之后我化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，居住在青梅竹马毛利兰的父亲，蹩脚侦探毛利小五郎家，并继续秘密追查黑暗组织的工作，并且私下探询获得解药的管道，希望能够恢复原来的样貌，有点推理天份的柯南靠着阿笠博士发明然后帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。

柯南虽然身体变小，但头脑依旧灵光的名侦探。