在一个地下室内，一个黑衣人拿着刀狠狠刺向墙面。墙面上贴着一个人的照片。那人正是我们的救世主工藤新一。
白桃少爷时间线在工藤新一瓦解了黑暗组织后。但仍有余党没有清理干净。他们投靠了动物园，正议谋着诬陷工藤新一的诡计。
这是一个阳光明媚的早晨，电视台还是在播放着工藤新一他们瓦解黑暗组织的新闻。现在的工藤新一可谓是名扬天下了，名字甚至传到了各国。变小的那段经历使他变得更成熟，听到了这些新闻也没有像以前那般得意。
现在的他是一个要面临高考的高中生而已。想着考进自己心仪的大学。但却全然不知新的危险正在慢慢靠近。今天是他考试的日子，可谓是进行的十分顺利。
可在考试结束后，他准备回家，却在拐角处被人带走了。再次醒来自己是在一个巷子里没有被绑的痕迹也没有被盗的痕迹。却不知自己出了这个巷子后世界却全然改变。他在回家后就被警察莫名其妙带走了。一开始的他很懵。却听了目暮警官的话后立马炸毛。
暮木警官：工藤新一你在今天下午是否有绑架50名少男少女。
工藤新一：怎么可能？你们搞错了吧？
暮木警官：可监控就是这样显示的，录像里很明显那就是你的脸。
工藤新一：我怎么可能犯罪呢！暮木警官？
暮木警官：我也不相信，可是证据摆在那呢。
工藤新一：怎么……可能？
此时工藤新一的心态都崩了。自己莫名其妙昏迷了一段时间，醒来之后自己竟然成了绑架犯？！什么情况啊！自己这一番辩解无用后可谓是心灰意冷。一定是有人诬陷自己！可这有什么用呢？
这是工藤新一像是想到了什么连忙对警官说：对了那50名被绑架了的人呢？他们一定知道真正的凶手。
工藤新一知道这是自己自欺欺人。但总还是要抓住最后一丝希望不是吗？
暮木警官：那50名少男少女，还没有找到。但放心工藤老弟，我们会尽快抓住真正的凶手尽快还你清白。
这时工藤新一算是松了一口气吧。但心里还是忐忑不安好像会有什么事发生。
第二天，警官在一个废弃工厂里找到了失踪的人。当他们问是谁绑架他们。可那些人都将矛头指向了工藤新一。工藤新一藤听到这个算是万念俱灰，他还有什么能力为自己辩解？人证物证俱在。他就这样在警局里呆了整整七天。警官们不停地向他审问。公安没想把这件事公布出去，可却不知是谁走漏了风声。这下可好，全日本都知道了。关于工藤新一的绯闻黑料越来越多，渐渐地一发不可收拾。而工藤新一的那些朋友们想见他一面都不行。公安局快赶管不了这些了，只好直接给工藤新一定罪。
没错，要上法庭了。妃英理是坚持要给工藤新一打辩护的。毛利小五郎也答应了，毕竟他再怎么看不惯那小子可他作为柯南的那段日子相处的感情还是有的。 而小兰则是一脸不相信。在大阪的服部平次听了都连忙赶回东京。宫野志保更是不可能相信的，赶忙查明这真相。可毕竟一点头绪都没有，查起来还是很费劲的。
至于怪盗基德嘛，他也不信在暗中调查。可毕竟这案子并不简单，查找还是十分费劲的。没办法谁让关联那个组织呢。
此时在公安那里的工藤新一已经是失魂落魄心灰意冷。当他看到小兰来的时候真的是非常吃惊，却也高兴。
他以为小兰是过来安慰他的。结果她一句话让自己想死的心都有了。毛利兰：新一这些都不是你干的吧。
工藤新一：小，小兰，你到底是什么意思啊？
毛利兰：新一我们分手吧。
这句话对于工藤新一来说，算是一个极大的打击吧！他认为小兰也不相信他。以至于后来毛利兰很多话都没有听进去。
毛利兰并不是质疑他。而是因为自己变心了。算不上变心吧，反正就是有自己真正喜欢的人啦。实际上工藤新一也是。他们各自都有自己真正喜欢的人现在他俩的感情只能算上是朋友吧。外加工藤新一变回来之后分化的是o，小兰则是a。没有办法在一起。主要原因工藤新一分化成o除了他的父母就只有毛利兰知道了。当初工藤新一分化成o时，宫野志保就说要保密，适当的时候告诉工藤新一，免得他受太大刺激。
而且工藤新一的分化很不正常。因为他是最晚分化的。所以到现在他都没来过发情期。而且他的信息素不像其他o那样很甜很香。是一种很容易被当成a的咖啡味。所以他也不知道自己是个o。
毛利兰走了工藤新一还是没有反应过来。夜深人静，没有一点噪音。而砰的一个爆炸声，公安局一部分被炸毁。工藤新一爆炸声醒来，却发现爆炸源就在自己所在的地方附近。他努力的想逃出这里，要不是自己所在地就有一颗炸弹。他拼命的呼喊，却没有人来救他。他就这样葬生在了爆炸声中。
以至于第二天，他丧生的消息一传出去。毛利兰等人就痛哭流涕。就在这时真相终于被查明。
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