序章

我是高中生侦探工藤新一，一次在和青梅竹马的毛利兰在游乐园玩时，偶然目睹了一个黑衣男子的罪恶交易。由于当时我太专注看交易，没留意黑衣人的另一同伙在我身后，我被那人击倒并灌下了毒药，等我醒来时，身体竟然变小了！要是让他们的组织知道工藤新一还活着，不但我自己就连我身边的人也难逃毒手。在邻居阿笠博士的建议下，我隐藏了自己的真实身份，化名为“江户川柯南”。为了调查他们的下落，我住进了父亲毛利小五郎是侦探的小兰家，一边与这个组织斗争，一边破获各类案件。

变回了小学生的我还被同班同学小岛元太，吉田步美，圆谷光彦拉进了“少年侦探团”。博士为了身体缩小的我发明了脚力增强鞋，喷气式滑板，能发射足球的腰带等一系列工具。特别是手表麻醉枪和蝴蝶结变声器，我可以用它们将毛利小五郎大叔麻醉后用他的声音来破案，这还让大叔获得了“沉睡的小五郎”的绰号。

知道我真实身份的人有阿笠博士，我的父母，我的父亲是旅居美国的著名推理小说作家工藤优作，母亲是前著名女影星工藤有希子，还有关西高中生侦探服部平次，同班同学灰原哀，她原名宫野志保，原本是组织的科学家，代号Sherry，因为姐姐被杀而反抗组织，在遭到组织囚禁时服下了她所研制的，也是使我变小的神秘药物APTX4869，也和我一样变小，从而逃出了组织，被好心的阿笠博士收留。哦，对了，还有一个神出鬼没的家伙，怪盗基德也知道我的真实身份。

还有一个神秘人物值得注意，那就是暂时借住在我家的东都大学工科博士生冲矢昴，他总是眯着的双眼之下到底看出了哪些玄机，我们拭目以待。

通过我和我的同伴们和组织的斗争，我现在查明了组织有以下成员：Gin，组织杀手，性格冷酷，他也是导致我变小和杀害灰原姐姐的罪魁祸首；Vodka，Gin的跟班小弟，也是当初被我跟踪的组织成员；Vermouth，组织的顶级情报员，同时扮演美国著名女影星莎朗.宾亚德和她的女儿克里斯.宾亚德，她自称是秘密主义者，真实年龄是一个谜团，一年前我和小兰在美国纽约旅游时，曾经救过她一命，因此她似乎对我们很维护；还有Bourbon，他原名安室透，自称是私家侦探，还拜了小五郎大叔为师，他和Vermouth一样，都是秘密主义者，但是我总觉得他的真实身份似乎并没有那么简单。以及狙击手Chianti和Korn。还有Kir，她原名本堂瑛海，化名水无怜奈加入组织，成为FBI“牺牲”赤井秀一而打入组织的一枚钢楔。（注：时间轴假定此时柯南尚不知安室透公安警察身份，黑田兵卫尚未代替松本清长，大约在TV704列车篇之后）

也有一些人隐约察觉了“小学生”江户川柯南非同寻常的侦探能力，例如东京警视厅的高木刑警和佐藤刑警，还有警视厅白马总监的独生子，和我同为高中生侦探的白马探，他现在正在英国伦敦留学。

说到伦敦，我的表姨也在那里，和我的母亲活泼开朗、喜爱恶作剧的有希子性格截然不同，母亲的表姐利香性格冷静严肃、不苟言笑，有“医学界冰山女帝”之称。表姨的女儿也就是我的表姐宫崎美纪是当地小有名气的少女记者侦探，刚满18岁的她就因为其出色的观察和情报收集能力被破格聘为有着“最新最全面的犯罪事件记录档案”之称的《贝克街时报》的记者，在采访各类案件的过程中，也凭借她的才能破了一些案子。因为她的名字美纪的日文发音“MiKi”和著名卡通形象米奇的发音相似，因此被戏称为“贝克街的米奇”。每年暑假我和她都会到夏威夷度假，接受老爸的“侦探技能培训”。我和她还经常进行推理比赛，当然我赢得次数比较多。不过听说她相当不服气，一直在以我为目标暗暗努力。如果她也在我身边的话，没准也能看出我的真实身份呢。今年暑假我可是没办法去夏威夷和她比赛了，因为我变小了。不过身体虽然变小了，头脑还是一样好，无所不能的名侦探，真相永远只有一个！