（2039.2.4）变革
2039.2.4，科尔在独自前往德里克沙漠地区调查一架隶属于TEBL非正常迫降的运输机时，遭遇到前来搜寻坠机点物资的前任TCPL天才研究员艾琳，由于不信任科尔，艾琳隐瞒了自己的身份，正当交谈之时，一群游荡的腐化生物发现了两人并展开了攻击。为了保护看上去像是个“平民”的艾琳，科尔断后与腐化生物展开战斗，但不慎被制服，身受重伤。取回武器的艾琳及时赶回，架枪击毙了全部剩余的腐化生物。结束这一切后，艾琳将昏迷的科尔带到一处隐蔽的山洞进行了简单的急救，稳定科尔的伤势之后艾琳独自离去
在附近执行任务（实际上是定期抽空返回绝境号）的斯科特接应了受伤的科尔。因为考虑到身为TEBL人员的科尔可能看到曾经同样是TCPL员工艾琳与腐化生物的战斗情景，将情况上报导致TEBL展开调查。以及支持后续的探索行动急需人手，斯科特将科尔带上了绝境号，询问他是否愿意协助绝境特遣队之后的行动（期间斯科特已经做好了最坏打算，如果科尔不同意与斯科特等人同行，在将科尔送回后斯科特与Aquar就离开TEBL）
然而在简单的交流中，科尔同意了一同探索苍雄市商业区地下可能存在的TCPL站点。作为协议，探索获得的情报功勋都会在上报时记在科尔身上，而科尔则继续隐瞒斯科特与Aquar的真实身份
2039.2.5，在探索苍雄市MK IV站点时斯科特的探索小队遭到腐化生物首脑-卡维尔，双方在僵持后发生战斗。斯科特小队全员集火卡维尔一分钟无法对其造成有效伤害。卡维尔在战斗中击飞科尔并试图杀死在场的所有成员，但被及时赶到的绝境号开火击退
（2039.2.5）黑光被永久关闭
在2039.2.5探索MK IV时斯科特的小队读取TCPL数据库时发现了这些代号为黑光的基因炸弹。当黑光计划被启动时，部署在全球的地下隐藏站点发射塔会全数发射搭载着能够从DNA层面无差别杀死任何生物个体的基因武器，其攻击面积覆盖到了地球上的每一个角落。在检测到站点附近有大量腐化生物时，黑光计划安全保险被解除并设定为7天后开始执行
为了，阻止黑光运行，斯科特放弃了继续以卧底身份留着TEBL的打算。他将情况上报给了史威特并要求立即派出支援，自己开始带领着4人小组尝试从通风管道进入站点深层控制室结束黑光运行
被击飞的科尔在清醒后从斯科特的无线电通讯中得知了黑光与目前的人类可能是TCPL所制造的克隆人的情况，为了阻止黑光，科尔从站点西侧通道进入，在抵达中央电梯时遇见同样来解决黑光问题的艾琳，并与她同行
艾琳绕过了安全系统的封锁直接使用中央电梯进入了站点最底层。底层有一个巨大的空间，空间下方是深不见底的深渊，整个站点的控制系统被设置在了深渊中央的悬空平台上，靠着一座狭窄的桥梁联通着中央电梯
在这里，提前入侵的腐化生物已经与保全机械展开战斗，但由于站点的控制面板需要通过基因层面的生物识别才能激活，腐化生物被拦截在安全系统之外拿黑光没有任何办法
无奈的卡维尔放弃了杀死同样来关闭黑光的科尔与艾琳的打算，他开始转为替两人对抗前来阻碍的保全机械的攻击，与两人暂时组成联盟
在卡维尔操控的腐化生物的掩护下，科尔与艾琳成功抵达控制面板，终止了想要杀死一切生物的黑光计划。并且在下令让全部黑光发射塔自毁之后科尔将黑光计划执行芯片拔出丢入了深渊之中
（2039.2.5-2039.2.18）黑光终止-大撤退
在黑光关闭后，卡维尔理所当然的结束了与人类暂时的同盟开始转为攻击所以在场人类。艾琳与科尔突破腐化生物的重重封锁返回地下4层，乘坐着前来接应的温斯特驾驶的载具，从TCPL巨大的地下运输管道中撤退
在此期间，兰和肖恩在试图前往4层解救科尔时受到腐化生物的拦截围攻，濒临死亡。被前去营救的斯科特救走，乘坐着TEBL的载具撤退
但是即便如此，战况并没有好转，早已做好准备进行追击的卡维尔派出了共计47架由腐化生物驾驶的被感染战机追击撤离的军队，而在附近停泊的绝境号也遭到了腐化生物的入侵。为了防止绝境号落入腐化生物手中，剩余的TEBL飞行载具调转机头开始掩护绝境号撤离
在最后，绝境号引擎重新完成充能摆脱了腐化生物的追击，TEBL各单位也及时完成了撤离。战斗结束后，在史威特的引导下斯科特将绝境号转移至TEBL III上空进行紧急维修补给，斯科特开始与TEBL会谈
（2039.2.19）MK V战役
2039.2.19，斯科特与小部分TEBL精英成员开始了对藏匿于TCPL MK V站点中的腐化生物首脑卡维尔展开隐秘行动。为了防止打草惊蛇，斯科特没有要求TEBL调派大部队进行大规模遭遇战
卡维尔占领了MK V站点的浅层地区，并派出了大量腐化生物寻找在站点能源中心中储备的烈性反物质燃料棒用作核弹来对抗人类。此次行动目标是抢在卡维尔之前找到MK V的能源室并确保这批危险品不会落到腐化生物手上。
起初行动十分顺利，众人最大程度的避开了巡逻警戒的鬼变者潜入基地。在一番探索后并没有在低层区域找到所谓的能源室，仅找到一把代号为纲加特尔的武士刀类武器，在没有搞懂使用方式之后这把刀暂时由科尔保管
当众人潜入MK V来到地下7层深渊上方的吊桥，打算进一步定位能源室位置时，被提前埋伏好的卡维尔偷袭。两发RPG炸毁了吊桥中段，斯科特与Aquar坠落深渊。早已待命的数百只腐化生物对剩余的三人展开围攻
不堪防守压力的剩余3人只好开始后撤，但却在吊桥尽头被堵在一扇大型安全门外去。无奈艾琳只好开始尝试骇入安全系统打开大门，史密斯与科尔负责掩护。但由于安全系统过于复杂，直到科尔史密斯弹尽粮绝之时艾琳依然没有完成骇入
危急时刻，全副武装的福克斯突然从炸开的天花板通风管道出现，使用两把改装的Jack-12 EMI全自动霰弹枪杀死射程内的腐化生物，随后发射榴弹炸毁了吊桥上方天花板引发崩塌，暂时阻断了腐化生物的攻势。
福克斯称，腐化生物根本没有能力通过TCPL的生物识别抵达能源室，卡维尔这么做的目的是为了通过埋伏逐个击破前来执行任务阻止腐化生物找到能源室的TEBL及其他组织的精英，MK V的地下1-9层及附近城市已经被腐化生物完全占领，一旦进入腐化生物的包围圈根本就是插翅难逃
在福克斯的帮助下，三人掩护艾琳直至其完成破解打开安全门，但由于数量巨大的腐化生物穷追不舍，福克斯在安全门关闭之前主动留下来断后，让艾琳、科尔、史密斯三人先行
另一边，在坠入深渊之后，斯科特知道自己已经难逃一死，放弃了挣扎。Aquar为了拯救与自己一起正在下坠的斯科特，觉醒了自己身体中植入的腐化基因片段，改变了自己的能力与身体结构。融合了末影龙与腐化生物基因特性的她长出骨翼，带着斯科特飞回了吊桥上方
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