工藤三姐妹、黑羽两兄弟和中森家的长子因为在三大组织中的能力比较突出，所以:
工藤新月和黑羽洛在十八岁那年成为FBI王牌搜查官之一。二十一岁那年跟随赤井秀一潜伏在黑暗组织。
而中森青宇和工藤新雪是和伊森·本堂，以及他的女儿本堂瑛海一起加入黑暗组织的谍报人员。
至于黑羽尘和工藤新樱则是和赤井务武，还有赤井玛丽一起秘密搜集组织的情报。
一切看似很顺利，可是……
赤井秀一因为安德烈·卡梅隆他们的疏忽，导致赤井秀一的卧底身份被发现，于是工藤新月、黑羽洛和赤井秀一的计划失败，虽然计划失败了，但是工藤新月临走前将一个隐形的窃听器藏在了黑暗组织里，以便方便他们搜集黑暗组织的情报。
伊森·本堂和基尔（本堂瑛海）也因为一些事情暴露了自己的身份，但是伊森·本堂为了让本堂瑛海能够继续潜伏在组织里，给她打了一针后晕了过去，醒来的时候见到了Gin，按照自己父亲的说辞原封不动的说了一遍后，成功的再次潜入黑暗组织之中。之后基尔（本堂瑛海）秘密联络被迫离开黑暗组织的中森青宇和工藤新雪，拜托他们保护自己的弟弟本堂瑛佑。
至于黑羽尘和工藤新樱则是收到赤井玛丽消失的消息后，被上级命令离开黑暗组织，潜伏在日本等候赤井玛丽的消息。
在工藤新月她们离开黑暗组织后，秘密的住在了各地的酒店里，靠着自己的易容术各自等待自己加入的组织的下一步指令，只不过工藤三姐妹没想到的是，三年后从父母那里得知她们的弟弟工藤新一被下了黑暗组织研发的药后变成了小孩子。
她们三人虽然很想快点回家照顾变小的弟弟，但是她们不能破坏计划，只是她们幸好从父母那里得知她们的弟弟现在住在毛利侦探事务所，也就是毛利小五郎和毛利兰的家。
工藤新月和黑羽洛接到詹姆斯·布莱克的消息后，前往杯户中央医院。
工藤新月“詹姆斯。”
黑羽洛“詹姆斯”
詹姆斯·布莱克“工藤、黑羽。”
工藤新月“您叫我们来有什么事情吗？”
詹姆斯·布莱克“我们发现了水无怜奈，也就是黑暗组织的基尔，之后因为车祸让她住在这家医院，其他搜查官都潜伏在这里，也有搜查官照顾她。”
工藤新月“嗯。”
这时，赤井秀一走了过来。
工藤新月“秀一。”
黑羽洛“秀一。”
赤井秀一“哦，是你们啊。”
工藤新月“茱蒂没有在这里吗？”
赤井秀一“她去了一个叫阿笠博士的家里，说是接一个叫柯雪的小女孩儿来这里。”
工藤新月“柯雪？”
赤井秀一“嗯，听茱蒂说她是个有趣的女孩儿，刚刚接到茱蒂的电话，说那个女孩儿知道这里有人输入那个组织传递信息的密码，怀疑这里有黑暗组织的人潜入。”
这时，茱蒂带着柯雪走了过来。
茱蒂·斯泰林“詹姆斯”
工藤新月“茱蒂，你们先聊，我需要带这个孩子离开一下。”
茱蒂·斯泰林“欸？为什么？”
工藤新月“我感觉这个孩子很像我一个亲戚家的孩子，我需要跟她确定一下。”
茱蒂·斯泰林“好。”
工藤新月带着柯雪去了人少的地方。
柯雪有些心虚的喊着工藤新月：
江户川柯雪“大……大姐。”
工藤新月“馨一，多年没见，没想到你会变成小孩子。”
江户川柯雪“……”
工藤新月“知道你真实身份的，除了爸爸妈妈、阿笠博士和志保，还有谁知道？”
江户川柯雪“还有大阪的服部平次。”
工藤新月“服部平次？大阪府府警服部平藏的儿子？”
江户川柯雪“是。”
工藤新月“听你三姐说，志保也变小了，现在住在阿笠博士家。”
江户川柯雪“嗯，化名为灰原哀，只是半年前被贝尔摩德发现了。”
工藤新月“啧，又是那女人。”
江户川柯雪“不过最后貌似是看在我和小兰的份上放过了灰原。”
工藤新月“等这次的事情解决，我打算去见一见志保。”
工藤新月“毕竟你吃的是黑暗组织研发的药物，我需要看看它的成分。”
江户川柯雪“没问题，二姐和三姐她们……”
工藤新月“她们正在等她们上司的消息，在其它酒店等着。”
工藤新月“好了，我们走吧。”
江户川柯雪“嗯。”
工藤新月带着柯雪与詹姆斯他们汇合。
柯雪走到一名护士那里问起本堂瑛佑的事……
护士告诉柯雪有一名男子问他水无怜奈的事，柯雪惊讶道:
江户川柯雪“请问是什么事？”
“嗯，问我水无怜奈有没有住在这家医院，然后我说没有。”护士道
江户川柯雪“那护士阿姨你知道那名男子的长相吗？”
“不知道，我和他在走廊上不小心撞到，隐形眼镜也掉了下来，虽然我没看到他的长相，但是我看到了他穿的拖鞋了，是医院里刚进的新的拖鞋。”护士道
江户川柯雪（什么？！）
其他人也感到非常震惊。
江户川柯雪“护士阿姨，你还记得是什么时候到货的吗？”
“记得，是十二月十七号到的，十八号开始卖的。”护士道
江户川柯雪“好，多谢护士阿姨。”
柯雪跟茱蒂她们到一处没人的地方讨论
工藤新月“果然，有那个组织的人潜伏在这里面。”
赤井秀一“哼！”
詹姆斯·布莱克“如果那名护士能记得那名男子问她那句话的时间就好了。”
黑羽洛“如果我们冒然调查那名组织里潜伏在这里的成员的话，我们的身份就要暴露了。”
江户川柯雪“其实那名男子到这里的时间在十八号到二十一号这四天，这是我的推断。”
詹姆斯五人都看向柯雪。
江户川柯雪“帝丹高中放寒假的时间是在十二月二十二日开始，而小兰姐姐说瑛佑哥哥已经来到杯户中央医院，所以瑛佑哥哥是在十二月二十一号来到这里的。而拖鞋是在十八号开始卖，所以就是这四天。”
茱蒂·斯泰林“欸，你说的对欸。”
詹姆斯·布莱克“既然如此，我先去找院长让他列举出符合条件的男子。”
詹姆斯离开后，茱蒂道:
茱蒂·斯泰林“我现在有些担心的是那个叫本堂瑛佑的少年现在的行踪。”
赤井秀一“唉，站在FBI的立场上，他这么消失也是件好事，跟NOC的儿子扯上关系，以后会有不小的阻碍。”
江户川柯雪“NOC?”
茱蒂·斯泰林“NonOfficialCover，简称NOC，是指伪装成普通平民潜伏在各个国家进行谍报工作的间谍。没想到博学多闻的你也有不知道的事情。”
江户川柯雪“不是，我知道的，只是对这个单子有些在意。”
江户川柯雪（NonOfficialCover，简称NOC）
这时，工藤新月的电话响了。
工藤新月“我去接一下电话。”
工藤新月离开后，四人继续聊天。
赤井秀一“对于知道boss的邮件地址，并企图接近的少年，黑暗组织那些家伙没理由袖手旁观，我看要是担心NOC儿子的安危还是趁早放弃比较好。”
柯雪神色有些担忧。
这时，工藤新月回来了，悄悄告诉柯雪一些事情。
江户川柯雪“这么说，二姐她在暗中保护本堂瑛佑那小子？”
工藤新月“嗯，阿雪因为知道水无怜奈在这里，所以她也在这家医院，听到护士说本堂瑛佑那小子还在这家医院中，而且又知道有那个组织的人在这里潜伏，所以她就暗中监视这家医院。放心，本堂瑛佑那小子不会有事。”
茱蒂·斯泰林“这里果然有CIA的人潜伏在这里面？”
工藤新月“嗯，不过只有我妹妹和准妹夫而已。”
赤井秀一“……嗯，不过话说回来，听说你的两个妹妹在CIA和英国情报局中的实力不俗，很想见识一下呢。”
柯雪从空着的房间里出来后，被她询问过的护士叫住了她。
“小妹妹，关于那个戴眼镜少年的信息，我有件事忘记告诉你了。”
江户川柯雪“欸？”
“那个少年是不是叫瑛佑？”护士问道
江户川柯雪“是啊，怎么了？”
“果然没错，我想起那个少年了，那个少年从小体弱多病，他的姐姐经常会背着他到这里来，十年前在这里做过骨髓移植手术，移植的是他姐姐的骨髓。”
柯雪愣住了。
“我知道的就这么多了。”护士道
江户川柯雪“好，多谢护士阿姨。”
那名护士走后，柯雪惊讶的想道:
江户川柯雪（那这么说来，他找的水无怜奈果然是他的姐姐……而本堂瑛佑又姓本堂，那这么说来，水无怜奈就是CIA的谍报人员，跟她父亲一样，可是她父亲的死因又如何解释呢？）
柯雪跑去找工藤新月，两人小声交谈道：
江户川柯雪“姐姐。”
工藤新月“嗯？怎么了馨一？”
江户川柯雪“我想让你问二姐一些事。”
柯雪叽里咕噜跟工藤新月说出自己的想法后，工藤新月给工藤新雪打电话去了。
没过多久，工藤新月回来了。
江户川柯雪“怎么说？”
工藤新月“跟你猜想的一样，水无怜奈，真名是本堂瑛海，伊森·本堂的女儿，跟她的父亲一起潜入黑衣组织，你二姐和你准二姐夫一起加入的。后来因为伊森·本堂的身份暴露，为了让她女儿能够继续潜伏在黑衣组织里，那是伊森·本堂让她这么做的，而那时候你二姐她们奉上级指令不得不离开黑暗组织。”
江户川柯雪“其实怜奈小姐也不安全，贝尔摩德好像怀疑她的身份了。”
工藤新月“这个你不用担心，贝尔摩德虽然怀疑水无怜奈，但是没有证据贝尔摩德是不会对水无怜奈怎么样的。”
工藤新月“我有种预感，这次的事情不容易解决，而且秀一他需要做出一些牺牲。”
江户川柯雪“跟我想的一样呢，一场大赌局。”
这时，詹姆斯带着消息来了，告诉几人，有三个人很可疑，但是又无法审讯他们……
江户川柯雪“不如就让我去问吧，我是个小孩子，应该不会让那个人发现吧。”
詹姆斯·布莱克“你说的也有道理，对方不会知道你是个这么聪明的小女孩儿，但是你如何能判断哪个是黑暗组织里的成员呢？”
江户川柯雪“不是我一个人，也有你们一起帮我判断啊。用我脖子上带着的小型录影机。”
工藤新月“雪儿，带好小型麦克风。”
江户川柯雪“如果我被看穿的话，姐姐你们会来救我吧？”
工藤新月“会的，有我们在。”
柯雪从第一个西矢中吾的房间开始……
忙乎了一个小时后，柯雪结束了对他们三个嫌疑人的探访。
工藤新月“辛苦了雪儿。”
江户川柯雪“嘿嘿😁”
几人开始按照柯雪录下的视频分析。
工藤新月“看来最有嫌疑的是第二个人了。”
江户川柯雪“嗯，姐姐说的没错，跟我的判断是一样的。”
茱蒂·斯泰林“欸？为什么？”
工藤新月“第一个人是患有急性腰痛的人，而从他打喷嚏需要用嘴放出来这一点看，很容易排除掉他。”
茱蒂·斯泰林“可是，这有可能是他装出来的。”
赤井秀一“不，没必要，一是对方就只是个小女孩儿而已，没必要装，二是如果捡起女孩儿的手机后，发现手机上粘有自己的指纹，一定会把女孩儿赶出去。”
江户川柯雪“而第二个人有嫌疑是因为他喝了很多罐装咖啡，我走进他的房间，故意将咖啡罐推到地上，发现没有一滴咖啡撒在地上，我想如果不伸长脖子喝是喝不那么干净的，而且他说他也才刚喝完一罐咖啡，也不是因为干掉了吧。很明显他的脖子有问题是装出来的。”
工藤新月“而且那名男子在雪儿跑来跑去的时候还四处找他，如果一个脖子有问题的人会那么轻松自如的转动脖子吗？应该是转动身体吧。”
茱蒂·斯泰林“那你们说第三个没有嫌疑是为什么？”
黑羽洛“他之所以会住院应该是为了住院保险金。”
黑羽洛“这也是日本法律上的规定，在医院住够七天会有住院保险金。”
茱蒂·斯泰林“那有没有可能他是故意这么做的呢？”
江户川柯雪“不，并不会，他之所以会说他最讨厌虫子和行动电话，是因为他身上装有心率调整器，而我故意吓他让他站起来，也是为了确定他那里是否装有心率调整器。”
FBI的人确认了潜伏在这里的人后，都在监视第二个，也就是楠田陆道的行踪。
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