艾克斯奥特曼

使沉眠地球的火花怪兽实体化异常爆发的太阳耀斑-奥特耀斑被观测到15年之后，怪兽对抗防卫机构Xio队员大空大地在进行对电子怪兽的实验时，超高温能融化一切的怪兽迪玛伽出现了！这时大地的多功能装置传出了不可思议的声音。受之引导，大地与光之巨人融合后向怪兽决斗！艾克斯奥特曼诞生！

第2话可能性的结晶

大熊山出现巴顿。看来巴顿是在产卵，分析到有平民被困于鸟巢、Xio队员快速展开救援作战，这使得巴顿愤怒的爆了，大地为了救同伴变成了艾克斯，在巴顿剧毒攻击下艾克斯根本不是对手！这时梵顿星人格尔曼博士登场，他的对策是让艾克斯与虚拟哥莫拉电子卡片合体。哥莫拉装甲艾克斯登场！

第3话呼唤夜晚之歌

赶赴调查地震的大地和明日奈，途中大地目击到了奇怪的女子，在她的引导下泰莱斯通出现了。在照明弹成功使怪兽退却后。两人发现女子其实已死。追击包裹着重重谜团的女子的明日奈紧握的真相是？夜晚的都市，艾克斯与泰莱斯通战斗着！

第4话众志成城AllForOne

凶恶宇宙人扎拉布星人为了毁灭地球而派出宇宙大怪兽贝姆斯塔。因为大地被贝姆斯塔的攻击卷入导致明日奈失去了冷静，并且因为明日奈的攻击使得艾克斯被贝姆斯塔吃掉了。至于追击札拉布星人的渡和隼人两队员则因为彼此之间的竞争心导致任务失败，让札拉布星人逃掉了。接受了神木队长关于团队合作重要性的教诲后，明日奈等人再次团结出发前往救助艾克斯！

第5话圣盾闪光之时

Xio队员也开始了将怪兽化成闪光玩偶的实验。运送中的闪光玩偶受到了布莱克王的袭击！大地和艾克斯联合作战，在这场战斗空隙，纳克尔星人夺走了用于实验的火花人偶。在危机面前出现的，居然是赛罗奥特曼！ 看见形势不利的纳克尔星人，为了逃避赛罗的追捕向遥远的次元彼方逃去。艾克斯和赛罗能跨越次元拯救琉依吗？

宇宙恐龙芝顿袭来！所有的装甲的攻击都没有效果，艾克斯奥特曼被逼入了彻底的败境。为了准备下次芝顿的来袭，大地埋头与新装甲的开发之中。就在此时，出现了一位叫做当麻博士的协助者。大地终于和博士一起完成了芝顿装甲，但却不知为何在与芝顿的战斗中无法控制装甲了，艾克斯陷入了绝境。英勇地挽救这一危机的勇者正是东马快斗——麦克斯奥特曼！

第9话我等星云

过去将梦想全部赌在橄榄球上的渡的弟弟、勇梦。他偶然得知了与自己合租的房客居然是以那可尔星人为首的宇宙人！他们只想在地球安静地生活，勇梦也渐渐地接受了他们。就在这样的生活中，围绕着怪兽兵器鲨鲸，与敌视那可尔星人众的邪恶宇宙人军团的抗争掀起了狂潮！勇梦被卷入这场风波，居然发展成了要以橄榄球来定胜负的局面……

第10话怪兽无法移动

在坂根村出现了具有植物特点的怪兽法奥林加，大地等人得知它似乎是营养失调，打算对它发射治疗弹，在村子里生活的少女，花，看到了这些，喊出了“不能对法奥林加注射！”。但她的话语并没能阻止，治疗弹依旧命中了。怪兽的身体组织渐渐活性化，根部冲出地面破坏村庄，散出的花粉使村民们陷入痛苦。注视着村子的混乱的花，她隐藏怪兽的秘密究竟是？

穿越次元而来的男人是维克特利奥特曼的人间体“翔”！大地等人遇到了翔以及UPG队员的杉田亚里沙，并从他们处得知了在地球暗中活动的迷之女性——基纳·怨灵及其兄长摩尔德·怨灵，决定一起战斗！从赛罗处得知艾克斯情况的翔指出大地并没有熟练地掌握艾克斯的力量。接受翔的指导，大地开始了猛烈的特训！

第14话闪耀的天空、联动的大地

终于聚集的三位奥特曼——艾克斯的超越形态、维克特利奥特曼骑士形态以及银河奥特曼。急于要打倒他们的摩尔德·怨灵，准备进行将Xio所保管的闪光玩偶尽数复活用来组建强大的古阿军团的作战。为了守护基地，翔、小光以及大地，聚集三大奥特战士的力量！向究级体进化的摩尔德(即古阿·怨灵)发起挑战。终于即将迎来决战之刻！

第15话战士的脊背

哥美斯(S)作乱的时候，神木队长唯一的女儿，裕美正在进行结婚仪式。但父女之间有着深深的隔阂，队长正犹豫着要不要出席女儿的婚礼。Xio的队员们为了让队长前去女儿的婚礼，合力对抗哥美斯(S)。但是，队长却和电子哥莫拉一体化，前来援护艾克斯奥特曼。

受到青梅竹马的菜菜子的鼓励，渡在橄榄球比赛中非常努力。但是看到菜菜子和隼人的亲密样子，渡开始慌了。而这时，突然出现的宇宙化猫·MU和沐浴了暗黑雷暴能量的雷德王使城市陷入了大混乱。正当艾克斯出现时，MU却黏上了艾克斯开始撒娇了！MU的目的是?渡的恋情又会如何？

第19话共同生存

哥莫拉的火花人偶的实体化测试进行中，当大家都认为成功了的时候。格里扎的暗雷能量将哥莫拉变成了EX哥莫拉红眼形态。大地与艾克斯一体化，迫不得已得放扎纳帝姆光线时。某人发问“这就是你所谓的共存吗？”在大地等人面前现身的是自称M1号的人工生命体……

第20话纽带-Unite-

深夜的街道上出现了袭击人们的异生兽，为了对抗它们，橘副队长亲自率领特搜队出动。同时百慕拉在加拿大出现了，副队长的女儿们陷入危险，穷途末路之际，橘变身成未知的银色巨人：奈克赛斯奥特曼，飞往加拿大。

引发了奥特耀斑的艾克斯的宿敌：恐怖生命体·格理扎终于光临地球，为了吸收强大的怪兽生物能源，格理扎盯上了日本Xio基地的闪光玩偶，此事被大地与艾克斯察觉到了，二人在明日奈面前一体化！毅然去挑战格理扎……

艾克斯和大地被格理扎打败，消失了。明日奈在残留下的艾克斯彩色计时器上感觉到了大地的生命迹象，为了找回他们，明日奈不顾危险进入了电脑空间。她的呼唤声能够传达到大地和艾克斯那儿吗？打倒吸收闪光玩偶的格理扎最终形态的希望之光能否找到呢？