奥特银河大怪兽之战。

在逃出行星波利斯之后的一个月，盘龙号与喜龙号于ZAP空间站的宇宙基地维修，幸存者则由飞船莫利舰先行带回地球。格斗仪出现异变……雷由于身份泄露而被拘……与此同时，宇宙中出现了一个专门捕杀雷奥尼克斯的奇异人物，炸毁基地，妄图杀死雷……基地毁灭在即，BOSS独自断后进行起飞设置却命悬一线，雷挺身而出进行救援……众人能否从即将大爆炸的基地逃脱？雷和BOSS驾驶喜龙号逃生却被吸入虫洞……

究竟后来去向如何？

他们到底遇到了什么？

不敌哥莫拉而化为绿光败走的怪兽意味着

在宇宙基地爆炸之后，所有的飞船都平安避难了，只有被虫洞吞噬的喜龙号下落不明；与此同时，坠落在陌生星球上的喜龙号及其上的两架急速号飞机均无法继续飞行，维修困难。被擒获的猎人利用盘龙号上的急速α号逃脱，盘龙号追击却遭遇对方伏击捕捉并强加改造……究竟队员们生死如何？这时，猎人再次造访，其身份动机浮出水面……究竟猎人的本体如何？改造完成的盘龙号偶遇贝蒙斯坦，被改造的盘龙号有怎样的变化？又能否战胜？艾雷王面对来袭的多拉贡陷入苦战，恰好修好攻击系统的BOSS出手相助却在胜利后反遭精神几乎失控的雷怒斥……战斗后被雷痛打的人是谁？他将会说出怎样的惊人真相？哥美斯卷土重来，哥莫拉陷入苦战……雷能否赢得战斗？战斗过后他发现的耀眼的光芒是

在雷和BOSS乘坐的喜龙号坠落的哈马行星上，喜龙号的修复艰难进行着。而雷奥尼克斯之间的战斗正在愈演愈烈，雷的异变也开始逐渐加深，这使得他感到异常恐惧与不安。另一方面，盘龙号也在佩丹星人达伊尓的指引下向哈马行星前进。雷发现的巨大镖形物体带给他一些事件的断片……断片中两个相互战斗的身影又是什么人？行星上另一处的战斗接近尾声……消灭阿斯特隆和雷奥尼克斯泽朗星人的外星人雷奥尼克斯和他所控制的恐怖怪兽是什么？

盘龙号上，达伊尓与船员之间关系依旧保持高度的不信任，双方在处理与基鲁星人飞船相遇事件方式的问题上终于爆发冲突……到底结果如何？

喜龙号外，杰顿来袭！哥莫拉迎战！在变得更加成熟的雷与哥莫拉面前，杰顿一次又一次地被击败，却又“死而复生”！BOSS发现的这拥有不死之身的杰顿背后隐藏着的秘密又是什么？在消耗战面前，雷与哥莫拉陷入绝对困境，却由于雷的求胜意志引发雷奥尼克斯血统的再度觉醒，但这并不能挽救必败的战局，一人一兽不支倒地。先前消灭阿斯特隆和雷奥尼克斯泽朗星人的怪兽出现，在生死存亡之境，雷突然与哥莫拉一起变成了红色并开始了大暴走。震惊的BOSS无计可施，镖形物体赶来镇压也似乎无济于事……究竟雷产生了怎样的异变？神秘的镖形物体是何方神圣？雷将去向何方？

在雷因为暴走而去向不明后，BOSS多次联系未果转而亲自出发寻找他。盘龙号在达伊尓的引导下终于到达哈马行星。雷由于雷奥尼克斯血统的暴走而失去自我，变得嗜血好战，不止是怪兽，甚至连其他的雷奥尼克斯也不放过。此时，他的内心也在做着激烈的内部斗争……他能变回原来的样子吗？

BOSS乘坐急速号外出寻找却被强电磁波吸引坠落，遇到了巴巴尔星人的雷奥尼克斯，却险遭对方毒手。关键时刻，哥莫拉出现，在苦战后再度变为凶暴形态哥莫拉将对手制服。BOSS阻止意欲追击的雷却遭痛打，几乎被失去自我的雷杀死……在哥莫拉陷入苦战时出手相助的盘龙号三名船员发现了将要对BOSS不利的“陌生”宇宙人，将要开枪却被BOSS阻止并告知惊天事实，这时镖形物体发出强光……究竟发生了什么

在雷的暴走被镖形物体结束后，所有人回到了盘龙号上。雷昏睡后，被软禁的达伊尓从房间中逃出。雷为了避免再度伤害同伴而意欲离开，被其他船员劝阻。前次败在雷之手并被痛打的梅特隆星人找到盘龙号并向雷发出战书，众人驾驶盘龙号逃离却被其召唤出的强大超兽巴克西姆击中……混乱之时，达伊尓向雷发起攻击，险些波及隐岐，雷诱使达伊尓与他一同降落。二人扭打之际，雷再次暴走，扔飞达伊尓并召唤出凶暴形态哥莫拉与巴克西姆大战……大战后，暴走后的雷再度下落不明，众人分头寻找，榛名被雷袭击却由于雷的自控而有惊无险。榛名引导雷想起以前大家在一起的时光，而赶到的BOSS感到了镖形物的感应，用力掷向雷……最后结果如何？暴走阶段的终结一集，随着雷的复原，全员终于完美重聚，一起面对不可知的未来！

雷的暴走事件告一段落以后，船员们又重新回到了紧张忙碌的盘龙号修理之中。这时雷感觉到了一股前所未有强烈的雷奥尼克斯气息而十分不安，队员们与他立下了一起回到地球的约定。盘龙号的修理工作行将结束，但突然遭到逃走的达伊尓驾驶佩丹星飞船的攻击而再度受创。雷为了保护同伴乘坐利特拉离开，达伊尓驾驶飞船紧追不舍，双方再次展开拳脚对抗……最终胜负如何？半路杀出的基路星人雷奥尼克斯作为最强的雷奥尼克斯召唤出怪兽泰兰特，向雷发出了挑战。雷以哥莫拉迎战却惨遭蹂躏……（废话，作为奥特曼历史上的最强怪兽之一，集中了数个怪兽和宇宙人之长的泰兰特曾一路从冥王星开始向地球出发，途中连败佐菲、初代、赛文、杰克和艾斯五名奥特曼。实力之强令人乍舌，被蹂躏是正常的~）随后雷又放出艾雷王被迫进行雷奥尼克斯格斗，又被无情蹂躏……

另一方面，众人修好盘龙号随后前往支援雷，遭到泰兰特的攻击。千钧一发之际，只剩一口气的艾雷王挺身挡住了光线，随后被恼羞成怒的泰兰特一镰劈死。战败的雷也随着一声绝望的惨叫倒地，生死不明……雷的结局究竟怎样？

「第二觉醒」

雷战败倒地之后，BOSS驾驶急速号前去救援，待他赶到雷身旁时，却发现雷早已死去。悲伤的众人决定即使是遗体也要将雷带回地球，驾驶盘龙号离开了哈马行星。离开哈马行星的盘龙号遭遇不明能量体，医疗室被侵入……出现在赶到的众人面前的人到底是谁？被告知雷的生命被艾雷王临死时以切断纽带相救而存在于格斗仪中的众人毅然返回哈马行星。大家乘坐急速号兵分两路使用熊野制作的仪器进行搜索。躲过佩丹星飞船小队的BOSS和隐岐找到了雷于战斗中遗失的格斗仪，但是雷还是没有醒来。正当此时，盘龙号被佩丹星人飞船小队发现并遭到攻击。医疗室中，格斗仪光芒急闪；不远某处，基路星人有所感应。正在众人以为必死之时，雷召唤了利特拉并冲出了盘龙号，佩丹飞船群则被赶来的基路星人和泰兰特瞬间秒杀。在基路星人的注视下，雷的格斗仪进化为与其相同的第二形态。哥莫拉出击与泰兰特斗在一处，两人再次进行雷奥尼克斯格斗……谁能最终胜出？雷后来又做出了怎样的决定

以坑蒙拐骗为业的扎拉布星人在哈马行星上进行着从雷奥尼克斯处骗取格斗仪的行为。而此时，BOSS、榛名和雷三人正进行将喜龙号上与盘龙号相对应的未经过佩丹星人改装的部件拆卸并运回的工作。榛名将部件运回离开后，雷和BOSS意外发现她忘记了最重要的东西。驾驶急速号运回部件的榛名在途中遭到扎拉布星人的“攻击”，苏醒时已被紧紧束缚。扎拉布星人变成榛名的样貌乘急速号返回盘龙号，妄图骗取格斗仪。在盘龙号上准备搬运货物的熊野与隐岐见到了归来的“榛名”。此时BOSS通信讲述了她最重要物品的遗落，扎拉布星人因为险些露馅而无奈装病，却由于一系列原因对隐岐产生误会。BOSS和雷由于沙尘暴而暂时无法回到盘龙号。与此同时，面对被认为不好好休息的“榛名”，熊野和隐岐露出了腹黑的一面……扎拉布星人究竟会受到怎样的“关照”？无意脱离束缚的榛名回到盘龙号的外部，却巧遇从中逃出的冒牌货。在误会面前，扎拉布星人迅速败露，变身成了伪·奥特曼，雷亦召唤出哥莫拉与之展开战斗……到底战况如何？

「暗黑的铠甲」

被帝国星人雷奥尼克斯打败并毁掉格斗仪的美菲拉斯星人雷奥尼克斯无助地漂泊着，突然发现了一把插于地上的纯黑色的剑，拔剑，穿上铠甲，他变成了暗黑美菲拉斯。另一方面，在初次见到镖形物体的时候已经疑心的隐岐终于确认那是赛文奥特曼的头镖，这一结果震惊了众人。此时，头镖发出光芒呼唤雷。顺着呼唤的指引，盘龙号进发的途中遇到了暗黑美菲拉斯并被击落。雷变为雷奥尼克斯形态持头镖与其展开格斗，却受伤被打落山崖。外出寻找雷的众人救起了他，并从与暗黑美菲拉斯的对战中知晓一切的雷口中得知了暗黑铠甲的事情。雷不顾受伤的身体执意前往呼唤的地点。于是BOSS做出了熊野留守并修理飞船，其余人分乘两架急速号前往的决定。在暗黑铠甲的封印地，暗黑美菲拉斯再次遭遇了帝国星人，但自大的帝国星人和其所召唤出的亚利盖拉却被获得邪恶力量的暗黑美菲拉斯瞬秒。暗黑美菲拉斯解开了封印，不想被暗黑铠甲卸磨杀驴(虽然惨叫，但是没有死，13集中再度出现）。众人赶到后，雷召唤出哥莫拉与利特拉战斗，可是在超乎想象强大的暗黑铠甲面前速败。关键时刻，熊野驾驶修理完毕的盘龙号前来支援，但似乎完全无效。此时雷拿出头镖向暗黑铠甲掷去，将其右眼打开一个缺口，众人惊讶的发现里面是被吸收的赛文奥特曼。赛文奥特曼的意识制约住了暗黑铠甲的行动，哥莫拉则发出了超振动波……最后赛文能否成功脱困？他托付给雷的东西又是什么？

「在新的战斗地」

虽然赛文和暗黑铠甲的事件已经结束，但是哈马行星上的雷奥尼克斯之间的战斗尚未结束。正在某地PK的两名宇宙人雷奥尼克斯以及他们所召唤出来的泰莱斯通和德拉考突然遭到伤愈的佩丹星雷奥尼克斯猎人达伊尔和其所控制的黑色金古桥的消灭。在佩丹星的司令母舰上，司令官哈兰不满于达伊尔未杀死雷的事实。对雷向达伊尔下了消灭的命令。此时，雷正在进行着初次使用米克拉斯的雷奥尼克斯战斗……面对实力强悍的基路伯，米克拉斯能否赢得战斗？盘龙号的雷达发现了黑色金古桥，这时达伊尔使用传送装置突然出现在舰桥里。在得知雷是为了和平而战时，狂笑的达伊尓向雷发出了战书……黑色金古桥对哥莫拉，到底谁能获胜？

另一方面，最强的雷奥尼克斯基鲁星人也被佩丹星人及黑色金古桥追击，他所召唤出的怪兽是……？

达伊尔最终没有向雷开枪，而这也招致了司令官哈兰的责问。达伊尔所说出的理由是……？

在达伊尔说出相信雷有能力改变未来之后，司令官哈兰要求达伊尔带雷前来见她一面。此时，哥莫拉与巴顿的战斗打响了……被有些人称为“地球最强怪兽”的巴顿能否在强的像BUG一样的哥莫拉面前找到便宜？达伊尔传送到了雷的房间，向他说明了来意。雷出于对他的信任，一口答应了去见司令官的要求。而在二人离开后，听完隐岐说明的众人意欲跟随前往，却被佩丹星人绑架……被挟持的盘龙号众人被佩丹人关进了电篱笆作为人质，而见到雷的哈兰司令官对雷和达伊尔说出了一个可怕的真相。感到被利用和对哈兰的话极度否定的达伊尔据理力争，却被枪击倒下……到底佩丹星人想要做什么？陷入困境的雷召唤出了哥莫拉，而哈兰也招出了数以十计的黑金古乔。变为红色的哥莫拉同利特拉和米克拉斯一同战斗，但在对方人质在手的情况下无法发挥全力而寡不敌众。危急时刻，重伤的达伊尔挣扎起来解除了众人的禁锢，自己却被哈兰下令射杀。在BOSS等人逃脱后，一直憋屈的雷对三只怪兽下达了战斗的绝对命令，盘龙号上的BOSS也解除了曾被达伊尔改装的佩丹元素射线炮的封印。无数的黑色金古桥被一扫而空，哈兰也被机器的残骸砸死，佩丹星母舰也慌忙逃离了哈马行星。战后，悲伤的众人埋葬了达伊尔，用黑金古乔的残骸为他立碑，并端正摆上了他生前戴过的头盔…