从北极基地回来后，莫凡跟爱丽说，是时候终结保护伞公司了，白皇后检测到，艾萨克斯博士的克隆体正在朝着浣熊市，蜂巢基地内赶去。
驾驶着飞机，带着爱丽丝，两人飞往浣熊市。
经过一天的飞行，两人来到浣熊市上空，看着那个核弹留下的大坑，莫凡不由得嘲笑这些保护伞公司的人都是疯子，为了掩人耳目，他们在真正的蜂巢基地上建立了一个地下研究所，然后用核弹炸毁了那个研究所，这样就没人能想到，保护伞公司真正的核心，所有高层休眠的地方，巢穴研究所的下面。
两人把飞机停在一边，来到了保护伞公司的入口，一扇超过十米厚的金属大门早已被打开，爱丽丝进入后，金属大门关闭，红皇后的投影出现了。
“莫凡，你我果然没有看错你，你还是带着爱丽丝来了。”红皇后直接对莫凡说。
“莫凡这是怎么回事.”爱丽满脸震惊的看着莫凡。
“你还记得我告诉你，我在蜂巢内醒来的事吗，其实我醒来后，来到了红皇后的机房，本来我是想去服务器那里搞清楚浣熊市发生的事情，可是没想到我唤醒了红皇后。之后她告诉了我一些事，这些事起初我是不相信的，但是后来我们的一些经历让我逐渐相信了红皇后。”莫凡向爱丽丝解释。
“当时我跟莫凡达成了一个交易，当时我告诉了他这个基地的入口，如果她能带你来到这里，我承诺会告诉你们全部的真相。”红皇后接着说。
“在T病毒泄漏不久后，一份机密文件传输到了我的服务器上。那是一份病毒爆发前十七个月召开的，保护伞所有七级以上成员全部都参加的了的会议视频记录。在会议上，艾萨克斯博士宣布，利用T病毒毁灭整个世界再重建的的重启计划。”
“T病毒是他们故意泄漏的？”再看完整个回忆记录后，爱丽丝终于知道了莫凡为什么如此执着要毁灭所有保护伞成员的原因。
“这份回忆记录在进入我的数据流后，对我的程序造成了冲突，我被创造出来为保护伞公司服务，但也被设定为是珍视人类生命的，艾萨克斯博士准许病毒泄漏，他杀害了70亿人，我的程序不允许我伤害保护伞公司成员，我无法阻止艾萨克斯博士，但你们可以，地球上的人类很快就要全部灭绝了，必须在这之前，释放病毒抗体，否则保护伞公司的目的就达成了，还有最后一件事，爱丽丝你前面的耳机，戴上。”
爱丽丝走上去戴上了那个耳机。
“我无法亲自动手，去伤害保护伞公司的员工，但我可以告诉你，保护伞公司有线人在之前你们带走的那几个人当众，这个线人，现在已经来到了这里，你们在拉斯维加斯基地内的情况已经被保护伞公司知道了，所以，时间不多了爱丽丝，动作要快。”
“我们走吧。”见爱丽丝放下了耳机，莫凡也不再多说，拉着爱丽丝的手，朝着里边走去。
路上有赫敏的指示，莫凡和爱丽丝非常顺利的进入了保护伞公司的内部。从升降机上下来，莫凡看到了几千个休眠仓。
“这些都是保护伞公司的高层。”爱丽丝说着。
“嗯。”自从进来以后莫凡就开始变得有些沉默。
“莫凡，你怎么了，从进来后你就一直很沉默。”爱丽丝感受到了莫凡的变化，问莫凡。
“我在想做一个选择题。爱丽丝，你看这个视频。”莫凡递给爱丽丝一个平板。平板上播放着莫凡最后BR疫苗的空气实验记录，视频里显示，疫苗把丧尸又变回了人类。
“莫凡，这是真的吗？你做到了？”爱丽丝激动的声音都有些颤抖。
“是的爱丽丝，我现在正在思考的问题就是，我要用我的自己疫苗，还是保护伞公司的病毒抗体。我的疫苗的确可以把丧尸都变回人类，而保护伞公司的抗体则是会杀死所有被T病毒感染的生物，其中包括了你我。就如同艾萨克斯说的那样，这个原本的世界已经充满了罪恶，我们要把那些人全都变回来吗？你要知道，从丧尸变回人类后，他们虽然会丧尸大部分之前的记忆，但是一些零散的回忆还是会有的，他们该如何面对自己成为丧尸的岁月呢？”莫凡说出了自己心里的担忧。
“莫凡，我知道你所担心的事情，但是这次你听我的好不好，我们把他们救回来吧！”爱丽丝抓着莫凡的手，十分真诚的说。
“我知道了。他们未来一定要感谢你，因为是爱丽丝你拯救了他们。”莫凡摸了摸爱丽丝的脸，笑着说。
两人说话间，来到了巢穴基地的主控室，看见了坐在主坐上的艾萨克斯博士。以及周围正在不断苏醒几个高层使用的休眠仓。
“坏孩子回来了？还是说浪子回头了。别在那傻站着，过来吧。”艾萨克斯博士端着一杯酒说道。
“你是本体吗？”爱丽丝看着眼前的艾萨克斯博士问。
“事情一件一件的办，你们先把武器放在地上。”艾萨克斯博士指了一下地面说。
“我凭什么听你的？”爱丽丝并不买账。
“你是想要这个吧？抗病毒血清，终结这一切的解药。然后只有这么一管。我们在地下八百米的密封设施里，我一摔，抗病毒血清就没了，你的妄想也会灰飞烟灭。”艾萨克斯博士从兜里掏出一个试管，里面都是绿色的液体。
爱丽丝放下了枪站在艾利克斯面前。
“我还是建议你放下你心里的想法，过去一段时间，我曾经做过几次升级，我就是亚历山大，罗兰德，艾萨克斯博士，本体。”博士一边倒酒一边说。
“我在外面遇到的那位，也是这么认为的。”爱丽丝反驳。
“当然了，他们的设定就是这样的，只要让他们自认为自己是本体他们就会拼了命厮杀致死，毕竟谁会想知道自己只是一个可怜的仿造品，无用的复制品呢？和你一样。”博士看着爱丽丝的眼睛，戏谑的说。
“不。”爱丽丝并不相信。
“得了吧，你也觉得你自己是本体？哈哈哈，太可爱了。不过，恐怕只有这位才能获此殊荣，艾莉西亚.马库斯。我的老搭档，詹姆斯的女儿。保护伞公司的共有人，也是我的眼中钉。我想除掉的绊脚石。”博士指着爱丽丝身后坐着轮椅慢慢过来的那位。
“快没时间了爱丽丝，你必须马上杀了他。”艾莉西亚冲爱丽丝说。
“我也很高兴见到你，艾莉西亚。马库斯为了救她，研发了T病毒。可惜效果并不持久，我一直等着她死。”博士并不为所动。
“我不是，我不是克隆人。”看着莫凡，眼神充满了求助。
“真的吗？你肯定会奇怪，为什么自己记不起童年吧？你的父亲，你的母亲，哦对了，还有你也是，我差点都把你忘了呢，莫凡。”艾萨克斯博士悠然自得。
“我们失忆了。”爱丽丝握紧了莫凡的手。
“不，你只是没有那段记忆而已，你没有经历过，我们十年前创造出了你，在那之前，你是不存在的。”
“我知道我是谁。”爱丽丝无力的反驳。
“我可不这么觉得。你只不过是一只断了线的木偶，到处晃悠了一阵，就自己为自己是真人了，可你并不是，你只是个稍微聪明那么一点点的克隆人，复制品，充其量就是个让人头疼的复制品。”艾萨克斯博士不放过任何机会对爱丽丝的打击。
“她说的是真的，你是以艾莉西亚的模型创造出来的，我也是，我的模样和声音都是提取自艾莉西亚.马库斯父亲所拍摄的童年录影，你的基因提取自她的DNA，调整以避免患上折磨她的早衰症。我是她小时候的样子，你是她理想中的样子。”红皇后此时出现解释。
“不，你比我强大的多，我导致了这一切的发生，是我太过软弱，你不能变成我这样。”艾莉西亚真诚的看着爱丽丝。
“没时间了爱丽丝。”红皇后再次提醒了爱丽丝。
“啊，太感人了，三个女人因为仇恨，被团结在了一起，然而并没有什么用。我总能先你一步，你什么也改变不了，你谁也拯救不了，这个世界任然将会被清除，保护伞公司会是最后赢家，唯一不同的是，我也在不用听你那自以为是的牢骚了。当你把那份文档上传到红后的数据流时，你就已经背叛了公司，等其他董事成员醒来后，你将会被撤职，而我将会掌控全局。”博士对艾莉西亚说。
“我还有50%的公司股权，你准备那他做什么呢？”
“你是公司的共有者，威斯克呢？他只是一个雇员。”艾莉西亚看了旁边用枪指着莫凡的威斯克说。
“我不必听你的命令，我只效忠于博士。”威斯克说道。
“我知道，阿尔伯特.威斯克。你被解雇了。”艾莉西亚看着威斯克轻声说。
“阿尔伯特.威斯克。普通人，不受保护。”红皇后在艾莉西亚说出解雇威斯克的话后，一道墙体落下来，把他压在了下面。
博士见此情景，想要开溜，一边的莫凡却堵住了他的道路。
“听你巴拉巴拉在那里说了一大堆的长篇大论，一幅胜券在握的样子。可事实真的如你预想的那般吗？”莫凡似笑非笑的对着博士说道。
“改写红皇后权限，清除所有高层权限，设置莫凡和爱丽丝为公司保护伞公司所有人。”莫凡放声说道。
其实莫凡从进来以后，赫敏就开始下载保护伞公司的全部数据，就在刚刚数据已经全部下载完成，莫凡给核名下达了入侵红皇后的指令。
就在莫凡说完后，整个控制室的灯光开始闪烁，闪烁了十秒后，一切恢复正常。
“权限改写完成，您有什么指示。”红皇后再次出现。
“你们还是先看一下这个东西吧。”莫凡让红皇后播放了之前给爱丽丝看到的那个视频。
“怎么，你还在洋洋得意吗？”莫凡看着脸色巨变的博士，不由得出言嘲讽。
“爱丽丝,你还记得，我们在北极，你要救那个孩子的时候，我说的话吗？重要的不是我们昨天是什么，重要的是我们现在是什么。”莫凡把爱丽丝的手握在自己的手里，笑着说。
看着莫凡的笑脸，爱丽丝重重的点了点头。
“至于你，艾萨克斯博士，你的路走到这里就算是到头了。”莫凡说完，冲着艾萨克斯博士生出手，做了一个握拳的姿势，站在那里的艾萨克斯博士突然感觉周围有无形的墙向自己挤了过来，自己毫无任何反抗的能力，剧烈的疼痛让艾萨克斯博士发出了惨烈的叫声。
伴随着咔嚓一声，艾萨克斯博士被直接压成了一团肉，不断滴着血，落在了地上。
莫凡带着爱丽丝离开了蜂巢基地。两个人坐上飞机后。
“红后，封锁蜂巢基地，启动蜂巢自毁程序，保护伞公司停止存在。”随后驾驶着飞机飞向了拉斯维加斯基地。
在飞机飞离浣熊市上空，下面一声巨响，整个浣熊市消失了，在原地留下了一个大坑。
回到拉斯维加斯的莫凡，命令白皇后释放BR疫苗，早已被莫凡安排再世界各地的无人机同时在大气还有水中,散播BR疫苗。
看着面前的爱丽丝莫凡问了她一个问题。
“爱丽丝，如果有一个机会，让你跟我一起去往另外一个世界，你愿意跟我一起去吗？”莫凡问爱丽丝。
“早就猜到了，你根本就不是这个世界的人，我当然愿意跟你一起去，你休想丢下我。”爱丽丝笑着。
“主神，回归。”
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