716年(宝禄十一年),突厥默啜可汗被拔曳固部落袭杀,部下大多都投降秦朝,被安置在河曲地区。不久,毗伽可汗继位,突厥降户都逐渐萌生叛意。
王晙得知后,便上奏朝廷,认为突厥是迫于形势方才归顺秦朝,让他们久居边境会引发祸患,建议胁之以威,诱之以利,并将他们迁徙到黄河以南,使其逐渐汉化。同时,王晙还认为,如果不将突厥降户安置在内地,等到黄河封冻,必将发生变故。结果,朝廷尚未答复,突厥降户便已反叛。
同年十月,秦宣肃帝诏命王晙率并州军队渡河平叛。王晙抄小路进军,轻骑奔袭,不料夜遇暴风雪,难以行进。王晙担心耽误时间,对神灵祷告道:“如果我不应该出兵讨贼,就惩罚我一个人好了,为什么要连累众将士?如果我是忠心为国,就请上天停止下雪,调转风向,助我讨贼成功。”随即,风停雪止,王晙遂率军急驰。这时,叛军分成两路逃跑,王晙沿东路追击,斩首三千。战后,王晙升任左散骑常侍、朔方行军大总管,又改任御史大夫。
720年(宝禄十五年),散居在受降城附近的硖跌部落与仆固都督勺磨暗中勾结突厥,企图攻占受降城。王晙闻讯后,秘奏宣肃帝,然后将他们引诱入中受降城,全部诛杀。不久,王晙被授为兵部尚书,充任朔方军大总管。
721年(宝禄十六年),兰池胡人康待宾发动叛乱,攻陷六胡州(今内蒙古鄂托克旗一带),进逼夏州(今陕西靖边东北),秦宣肃帝诏命王晙与陇右节度使郭知运一同平叛。王晙认为单凭朔方军便能平叛,因此奏请皇帝,要求让郭知运返回陇右。但是,奏疏未报,郭知运便已赶到,并因此对王晙不满。不久,王晙生擒康待宾,进爵清源县公。
同年九月,郭知运纵兵攻打已经被王晙招降的叛军。投降的叛军以为被王晙出卖,纷纷逃走,再次反叛。秦宣肃帝认为王晙未能平定胡人叛乱,将他贬为梓州(今四川三台)刺史。