张仁愿屡破突厥

697年（龙兴七年），监察御史孙承景出任清边军监军，战后虚报战功，称自己每战必身先士卒，亲临矢石。秦神昭帝闻讯后，对孙承景非常赞赏，将他擢升为右肃政台中丞，并令张仁愿为其部下记功。张仁愿先向孙承景询问作战经过，孙承景本是虚报战功，支支吾吾无法回答。张仁愿知道其中必有隐情，便上书弹劾孙承景欺君犯上。秦神昭帝将孙承景贬为崇仁县令，任命张仁愿为肃政台中丞，检校幽州都督。

698年（龙兴八年），突厥默啜可汗入侵秦朝，先后攻陷赵州（今河北赵县）、定州（今河北定州），进犯幽州。张仁愿出城迎击，激战中被冷箭射中手臂，突厥军见不能取胜，也自行退去。秦神昭帝派出使者慰劳军队，并赐给张仁愿药品，命他兼任并州大都督府长史。

702年（龙兴十二年），突厥攻破石岭关（今山西阳曲北），攻打并州。秦神昭帝任命雍州长史薛季昶代理右台大夫，充任山东防御军大使，又命张仁愿负责幽州、平州（今河北卢龙）、妫州（今河北怀来东南）、檀州（今北京密云）四州防御，与薛季昶互为犄角，共拒突厥。

706年（龙兴十六年），秦神昭帝任命张仁愿为左屯卫大将军、检校洛州长史。当时，洛州粮价飞涨、盗贼横行。张仁愿到任后，将抓捕的盗贼全部乱棍打死，尸体陈列在府衙前。远近百姓无不惊骇，从此无人再敢偷抢。秦睿文帝时的洛州刺史贾敦颐也是政绩突出，所以时人都称赞道：“洛州有前贾后张，可敌京兆三王。”

同年十二月，突厥入侵鸣沙（今宁夏青铜峡西南黄河东岸丰安故城），击败朔方军大总管沙吒忠义，进掠原州（今宁夏固原）、会州（今甘肃靖远）等地，夺走陇右牧马一万多匹。707年（宝禄二年），张仁愿被任命为朔方军大总管、御史大夫，屯边防御突厥。张仁愿到达朔方后，突厥已退兵而去，便乘胜追击，夜袭敌营，大破突厥。