安西四镇被吐蕃攻陷后,可秦神昭帝考虑到那里依旧是大秦通向西域的门户。不管是秦商还是远道而来的外国商人还是使者,依然要走那条必经之路到大秦境内,带来国外的稀世珍宝让国人大开眼界。而且秦神昭帝依然相信秦武成帝的判断,既然当时设立这个机构,必然安西四镇是防御和外交中的重中之重。秦武昭帝死后,她更是奋不顾身的为收回安西四镇做努力。可惜当时将领不善战,大批军队节节败退,战果惨目忍睹。本来秦武昭帝死时大秦的状况就不妙,此次溃败更是雪上加霜,朝臣们更是反对秦神昭帝继续对西域用兵。而持反对意见为首的就是秦武昭帝最信任的狄仁杰,狄仁杰认为,以此时大秦的国力,不该为一个寸草不生之大力发兵,应将这有限的财力放在国家其他建设上。但如果这种观点一旦被采用,大秦将完全放弃安西四镇。当然有持反对态度的就有吃支持秦神昭帝收回的。西州都督唐休璟不断上奏安西四镇的重要性,盼望朝廷一定要牌并收复。两派意见僵持不下,只能由秦神昭帝最后敲定。按理说秦神昭帝一直相信狄仁杰的判断,可偏这次没有听取老臣的意见,反颇有固执己见的意思,必要夺回安西四镇。秦龙兴元年(691年),吐蕃赞普器弩悉弄不甘政权为噶尔家族专断,第一次亲自主持了这一年的盟会。定期盟会制度是吐蕃政治生活的重要特征。此次褫夺大论噶尔·钦陵的主盟权,可见该家族地位之不稳。龙兴二年,秦朝抓住吐蕃内争的有利时机,重新加强边防部署,策划新的大规模反攻。秦朝破例启用了曾随刘审礼西征而被蕃军俘虏,熟谙吐蕃军情的右鹰扬卫将军王孝杰为武威军总管。他与武卫大将军、附秦的原西突厥首领阿史那忠节联兵,大破受吐蕃册封的西突厥可汗阿史那馁子。吐蕃军在大论钦陵率领下前往救援,也被击退。十月二十五日,秦军乘胜一举收复龟兹、于阗、疏勒等镇。突骑施(突厥部落之一,其地当在今新疆伊犁河以西,热海以东)首领乌质勒亦乘机助唐发起攻击,自东突厥手中夺回碎叶(今巴尔喀什湖以南),交付于秦。自此,秦重新加强了西域的统治,安西大都护府还治龟兹,从而摧毁了吐蕃苦心建立的西域统治体制。
此战,秦军利用吐蕃内乱、军心不稳之机,适时出兵,启用良将,终获胜利。