一众神魔消亡后,天地之间的灵气浓度陡然提升,不过几百年便再催生出二代神祗,只是此代神祗身躯虽仍为灵气构成,但清浊交加,欲念仍旧催生着神明之间的斗争,娲与羲商议后决定,抟土造人,以盘古身躯化成的泥土为容器,将大部分的浊气分为数万分,每一份都化为灵魂,注入其中,化而为人,过程使用的法器后名为宝莲灯,后人神尊称娲为女娲娘娘,羲为伏羲大神。由于人类的出现承载了极大多数浊气中的欲念,此后出现的神明都心清寡欲,很快便与之前的神明区分出阵营,先神与后神,斗争事件愈来愈少。然而好景不长,先神共工制定的水利工程计划,颛顼不支持,共工由于未能得到民众的支持,心生执念堕入魔道,把不周山的峰顶撞了下来,导致天塌地陷,洪水泛滥,女娲遂斩鳖足以立四极,熔五彩石以补天,终免人类灭亡。为防旧景重演,女娲携伏羲及后神开始着手对先神进行神体净化剔除欲念的工作,一部分先神十分配合,一部分先神却认为这是女娲铲除异己的清理活动,他们自动聚集起来,自封魔族,为了能得到对抗女娲众神的力量,杀死人类提炼灵魂中的天地灵气提升修为,却因为大量浊气入体加深了欲念,行为更加疯魔,不得已,女娲伏羲只能被迫开启第二次神魔大战,随着战争的推移后神逐渐势微,但魔族突然发生内乱,女娲众后神终获得胜利,考虑到神祗凋零甚多,女娲并未将魔族赶尽杀绝,出手设立三界,任命玉帝王母管理三界,天人冥分管神人魂,立下第一代天规,天规下镇压剩余的魔族的元神于北越天海,而他们的身体则被封印在山河社稷图中。至此第二次神魔大战落下帷幕。
此后由于天地灵气的再度增加,但此时的天地之间除了神祗之外,已有许多的生灵,无论是动物还是植物在吸收够足够的天地灵气之后都会有修为上的增长,由于他们的本体并不像纯粹的神祗那样由天地灵气所构成,所以神称这个种族为妖,而有着盘古部分肉身的人类也能通过修炼吸收天地灵气,在这个过程中如果可以摒弃掉大多数的欲念,便能得正神引导得道成仙,这便是第三代神明,但由于神体上的差异,无论是修炼速度还是法力上限他们都远不如二代神明。部分心术不正的人类在修行过后堕入魔道,由于一盘散沙,不成气候,尽数被天庭讨伐消亡。