今天是和黑衣组织的最后一战,柯南拨通了一个电话:“喂,卫精,你和真人现在在哪?”“在家里,怎么了?”“麻烦有时间过来一下,我有事情交给你们两个。”“好的。”柯南刚挂断电话,又拨通了阿笠博士的电话:“喂,博士,你现在在哪?有时间回来一下。”“好的,新一,我现在在回家路上,马上回去。”“好。”说完挂上了电话。“喂,咱们可以走了吧?”灰原哀这时候从地下室走出来。“啊,你过来一下,我有点事情要交代。”“嗯?”于是灰原哀走向柯南,“什么事啊?啊!工藤……你……”柯南用麻醉枪射向灰原哀,把她麻醉了。就在这时,博士回来了,“新……新一……你这是……”“啊,我们要去对黑衣组织做最后的了断,灰原就交给你了,待会儿我还叫了俩兄弟来帮忙,应该快到了。”没一会儿,福城卫精和福城真人兄弟俩就到了。“来了,我要去和FBI联手对付黑衣组织,真人,你留下来保护好灰原;卫精,你跟我一起去。”“好!”两人同时应道。福城卫精跟随柯南前往FBI总部,福城真人则留在了阿笠博士家。阿笠博士随后给服部平次打了电话,说明了情况。“好,我知道了,等我通知一下快斗。”服部平次挂了阿笠博士的电话,联系了黑羽快斗,简要说明后,两人便叫上了白马探也来到了FBI总部。詹姆斯·布莱克开口道:“行了,人齐了,各部门,出发吧!”赤井秀一接着说:“对了,这次驻日美军也决定出兵帮助我们。”朱蒂点点头说:“好,那么形势对我们有利了。不过,柯南他们呢?”柯南等人喘着粗气来到会议室,说:“抱歉,我们来晚了。”黑眼镜回应道:“没事,不算晚,正好,我们准备出发了。”赤井秀一对柯南说:“走吧,小子,坐我的车。”柯南说:“好。”众人上车后,车队开始驶向黑衣组织总部大楼,日本公安车队开路,后面依次跟着消防、救护以及FBI等车队。
阿笠博士家中,灰原哀苏醒时发现自己躺在床上,她问:“博士,工藤呢?!”博士流了些冷汗,说:“他有个朋友聚会,就走了。”“不可能!他是不是自己去面对黑衣组织了?”博士见瞒不住,便实话实说了。灰原哀听后慌忙下床,“我就知道,这个家伙,把命丢了怎么办?”博士阻拦她,“不行,你不能去,我答应新一要保护你的。”灰原哀坚决地说:“不行!他说会保护我的,他死了谁保护我!别拦我!快让开。”这时,福城真人出现了,“灰原哀小姐,你在家里呆着,工藤叫我确保你的安全。”“你是福城真人。不行,我必须去,不然他会出事的!”“既然好言相劝不行,那我陪你去,保证你的安全。”“好,那快点儿!”阿笠博士叹了口气,“小哀真是的!”
此时的FBI总部。“进攻!”一大群军队、特警及FBI探员涌入黑衣组织总部。福城卫精护着柯南进入资料室。“你快点找,我去帮一下他们。”“好!”福城卫精刚离开,柯南在资料室内寻找重要材料时,琴酒从背后出现。柯南还没反应过来,就被琴酒一棒敲倒在地。琴酒冷笑说:“工藤新一,好久不见!没想到当年的毒药没毒死你,反而让你变成了小孩子,好好活着!如今主动送上门,就陪我下地狱吧!”“住手!”苦艾酒的声音传来。琴酒冷漠地问:“你想阻止我吗?”“对,我要阻止你。今天,你就是把我杀了,我也不会让你动这孩子一根毫毛!”“好啊,既然你敢阻止我,那就去死吧!”说完,琴酒开枪打穿了苦艾酒的胸部。柯南面色苍白,艰难爬到苦艾酒身旁,喊道:“苦艾酒!你为什么要这样!这对你有什么好处吗?”苦艾酒用双手撑着身体,勉强挤出一个笑容说:“不需要理由。一个人要帮助另一个人根本不需理由。今日用我的死,报答你当年救我的恩情吧。”说完便倒下。“不!苦艾酒!你醒醒!”柯南边喊边流泪。琴酒在一旁冷笑:“下一个就是你,你这么在乎她,就和她一起去地狱吧!”“住手!”灰原哀慌忙跑进资料室,面对琴酒。“哼,雪莉!你竟然也主动送上门了!”柯南喊道:“灰原,你来干什么!”“工藤,你没事吧!”琴酒冷笑道:“竟然来了,就去死吧!”“住手!”几个飞镖飞了进来,被琴酒躲开了,“什么人?”福城真人持着把剑走了进来。“有这个能耐,和我来会会。”说完便持剑顺移到琴酒面前,刺穿了他的胸部。琴酒跪倒在地,冷笑道:“呵呵,就算我死了又怎么样?整栋大楼都是炸弹,特别是这个资料室,引爆按钮已经启动了,你们等着和我一起下地狱吧!”“什么?!”众人仿佛晴天霹雳一般。这个时候,黑羽快斗化身怪盗基德进入资料室,“都没事吧!”“不行了,这部大楼里很多炸弹,而且引爆装置启动了。真人,你把资料室重要文件全部带上。基德,你把灰原带走!”“那你呢?你怎么办?”“不用担心我,我会没事的。快点,炸弹要爆炸了!”“嗯!”福城真人迅速将多项资料带走,并通知了其他人。“工藤,一起走!”灰原哀拉着柯南的手不放。“不行,我还有些事情没有处理,你快走!”“不行!我不走!”灰原哀始终不放手,柯南便劈晕了她,将其交给基德,“灰原就靠你了!”说完,便往顶楼走去。基德带着灰原哀用滑翔翼飞出去,“可恶!都什么时候了,还想着耍帅!”
柯南吃下了解药,变回了工藤新一,换了身衣服,登上了顶楼,见到了乌丸连耶。