陈夏从那仿佛没有尽头的噩梦中惊醒，冷汗湿透了后背。她又梦到了那个储物间，无数双苍白的手从黑暗中伸出，死死地拽住她的脚踝，将她往深渊里拖。陆川轻轻拍着她的背，试图让她平静下来，可他自己的眼神里，也满是疲惫与焦虑。
老周沉默地坐在一旁，手里摩挲着小芸的遗物，目光呆滞地望着窗外。自从上次在地下室发现了那被水泥封死的通风管道后，他们三人就仿佛被卷入了一个巨大的漩涡，越挣扎陷得越深。
陆川决定再次潜入父亲的书房，他总觉得，还有一些关键的线索被遗漏了。昏暗的灯光下，他小心翼翼地翻找着父亲的藏书和文件。一本陈旧的笔记本引起了他的注意，封面上画着一些奇怪的符号，像是某种古老的咒文。
当他翻开笔记本，里面的内容让他心跳骤然加速。上面密密麻麻记录着一系列实验数据，涉及到基因改造和人体潜能开发。陆川越看越觉得毛骨悚然，其中有一段话被红笔重重标记：“以学生的基因作为媒介，或许能够唤醒沉睡的细胞，实现真正的重生。” 陆川想起之前发现的骨罐，每个骨罐都对应着一个失踪学生的学号，难道父亲真的在用这些学生做可怕的基因实验？
就在这时，他在笔记本的夹层里发现了一张照片。照片上，父亲和程默教授站在一个实验室里，周围是各种复杂的仪器，而在仪器中间，有一个巨大的培养皿，里面似乎浸泡着什么东西。陆川仔细辨认，惊觉那培养皿里的轮廓，竟和自己脖颈后的胎记形状极为相似。
他的脑海中突然闪过一个可怕的念头：自己会不会就是父亲实验的“完美容器”？难道这么多年来，父亲对自己的悉心培养，只是为了有朝一日能在他身上完成这个惨无人道的实验？陆川感到一阵天旋地转，他不敢相信一直敬重的父亲，竟会做出这样丧心病狂的事。
与此同时，陈夏和老周在学校的档案室里也有了新发现。一份被隐藏在最深处的文件，揭开了学校背后隐藏的黑暗交易。原来，明德中学在多年前就和一个神秘的科研组织达成协议，以学生为实验对象，开展所谓的“人体进化计划”。而这个计划的最终目的，是为了实现永生。
陈夏看着文件上那些触目惊心的内容，手忍不住颤抖起来。她想起自己每次在储物间感受到的那种强烈的怨念，那些失踪的学生，他们该有多绝望啊。老周握紧了拳头，浑浊的眼中燃烧着怒火，他发誓一定要让这些幕后黑手付出代价。
陆川带着笔记本匆匆赶回，将自己的发现告诉了陈夏和老周。三人将各自的线索拼凑在一起，一个更加恐怖的真相逐渐浮出水面。陆川的父亲和程默教授，为了实现永生的疯狂梦想，利用学校的资源，对学生进行惨无人道的基因实验。而那些失踪的学生，有的在实验中死亡，有的则被当成了实验品，永远地被困在了那个黑暗的地下室。
然而，就在他们以为真相即将大白的时候，一个意外的转折出现了。陆川再次查看那张照片时，发现照片的背景墙上，隐约有一串数字。他尝试着将这串数字输入父亲书房的保险柜，保险柜缓缓打开，里面竟是一份录音带。
陆川颤抖着将录音带放入播放器，里面传来的声音让他们三人目瞪口呆。原来，陆川的父亲并不是这场实验的主谋，他是在被胁迫的情况下参与其中的。真正的幕后黑手，竟然是一直看似温和儒雅的程默教授。程默为了追求所谓的科学巅峰，不惜牺牲无数学生的生命，而陆川的父亲，一直在暗中寻找机会阻止他。
此时，窗外突然响起一阵尖锐的警笛声。三人面面相觑，不知道是福是祸。很快，脚步声在走廊上响起，一群穿着黑色西装的人冲进了房间。为首的人冷冷地看着他们，开口说道：“你们以为能揭开真相？可惜，你们知道得太多了。” 原来，这个神秘组织为了掩盖罪行，打算将他们灭口。
一场惊心动魄的追逐战在校园里展开。陈夏、陆川和老周在黑暗中四处逃窜，躲避着那些杀手的追捕。他们能否在绝境中找到一线生机，又能否将程默教授的罪行公之于众，为那些无辜的学生讨回公道？ 而那隐藏在地下室最深处的永生实验装置，又会给他们带来怎样的威胁？ 一切都还是未知数，命运的齿轮，仍在黑暗中缓缓转动……
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