真新镇。
“所以，到此为止了吗。”一位十七岁的热血少年，立志成为世界宝可梦大师的他，终于在半个月前拿到了宝可梦世界锦标赛的冠军。夺冠后，他思考良久，对接下来的生活暂时没有什么好的选择与规划，只能先回到真新镇的家中，休息了一阵子，每天除了吃饭睡觉，就是泡在大木研究所后院，陪着自己的所有宝可梦伙伴们。这一夜的屋外，暴雨倾盆，人们难以入睡。他坐在床边，目光看向冠军奖杯，各地区的徽章盒以及无数的大大小小的荣誉与纪念品，怅然若失。“我，好像还有遗憾呢。”
“皮卡皮…”可爱的电气老鼠在一旁看着出神的主人，既高兴又心疼。自打与眼前这个少年相遇开始，它跟着他，走过了各个地区，经历了无数次战斗，邂逅了诸多可爱的训练家与宝可梦。有过的无数欢笑与幸福，心酸与泪水，在脑海中挥之不去。这一刻，奏响美好旅途的乐谱，画上了一个小小的休止符。
“皮卡丘，用不着担心啦，我没事，准备睡吧。”主人摸了摸皮卡丘的小脑袋，钻进被窝却无法合眼，失神地望着天花板。“终于夺冠了呢…可成为宝可梦大师的道路好像还是很长啊，接下来又该如何走呢…”少年的脑海浮现出这些年来经历过的种种画面。“好怀念啊，当年一起走过的旅行，你也是吧皮卡丘？”“皮卡…”皮卡丘的耳朵耷拉着，小小地叹了口气。
“瑟蕾娜…”少年不自主地说出了一个名字。“卡洛斯的分别，或者说是…吻别？其实那一刻啊皮卡丘，我整个人都是懵的，现在想想还是很后悔呢，没有冲上去留住她。”皮卡丘听到这里，除了伤感，竟多了一些惊讶和满意，“傻主人，终于开窍了吗…”少年抚摸着皮卡丘的脸颊，自顾自地说着话，“后来重逢又再次分别，我实在讨厌和她说再见时的感觉，可每天又都会想起来，真是糟透了啊…”少年的语调变低，吐字渐渐模糊，“皮卡丘，你说我，是喜欢上了瑟蕾娜吗，可喜欢…又是什么..意思…呼…”少年伴随着碎碎念终于入睡。皮卡丘也合上双眼，但它是笑着睡着的，好像，很欣慰。
关东地区，客船上。
“小智，我来找你了。”船舱里的短发少女望向窗外，精致的面庞表现出明显的兴奋与紧张，
“这些日子，我又成长了许多。”少女的玉手轻捻着与他的照片，收回望向窗外的目光，看着合影中的他，眼眶微红，“成为最强宝可梦表演家的道路，我要是可以自己走下去，想来也不坏。但是啊，我走着走着，越来越发觉，没有你的日子真的越来越难熬了呢…我的身边少了你，和谁去分享胜利的喜悦都没有那么开心，失败后的不甘与委屈也没人可以倾诉，失去太多太多可以坚持下去的动力了。更重要的是，也少了…那一份感觉，那每每看向你就会心动、幸福的感觉。每当对战与表演获得胜利的时候，我总会下意识地回头，总以为你和皮卡丘还在我身后为我喝彩呢…总之啊，这一次，如果能和你重逢，我绝不会再和你互道分别，一定要等着我啊，我所憧憬的少年，小智。”
三天前，神奥地区，帷幕市，饲育馆对战场地。
“辛苦了，电击魔兽。”
一位气质略显阴沉的紫发少年刚刚结束了与亲哥哥的6v6全员战，少年以3穿6的巨大优势战胜了兄长，“当年和神代先生的那一战，神代先生也是用三只完胜了你的所有宝可梦。”
同为紫发的兄长治疗着战斗不能的宝可梦，举手投足间都充满了对宝可梦的喜爱与疼惜，“我做饲育家久了，战斗技巧生疏了许多呢…看来这一次你去挑战对战金字塔，是比较有把握的呢。”
少年一改几年前的脾性与习惯，慢慢地重视“伙伴”两个字，也向哥哥学了很多照顾宝可梦的手法。一边给哥哥打着下手一边问道：“神代先生，现在是在关东吧？”
“是的，真嗣。关东的遗迹突然发生塌陷，废墟中发现了疑似古代宝可梦和传说宝可梦的踪迹，以及难以破译的文字，知道这个消息后，神代先生立刻把对战金字塔开了过去，全力配合调查…也不知道现在是什么情况，我还没再去联络和…”
“我明天，去关东。”紫发少年突然说道，被打断的兄长先是一愣，随即满眼欣慰的望向弟弟，“这么突然吗…不过也好，道馆馆主的工作你好像也不太喜欢的样子，与其在家里闲着，去关东挑战神代先生，顺便旅行一下也不错呢。”少年听过兄长的建议后，默默走回饲育馆。
“对了，去关东的话，真新镇要不要去呢？”紫发少年微微一怔，回身望向面带微笑的大哥，“小智那孩子，我还真有点想他了…他对你的影响，恐怕不比包括我在内的任何人少吧。即使夺了冠，我想，他肯定不会满足，马上就会开启新的一段旅程呢。”
紫发少年听后，微微意动，日常冷峻的脸上难得露出一丝笑意，“麻烦您治疗电击魔兽和土台龟，我明天吃完早饭就出发，只带他们两个走。辛苦了，大哥。”紫发少年走进饲育馆的图书室，拿起关东地图，盯着真新镇的图标，久久不语。
关东地区，尼比市，尼比道馆，亦是一对长相极为相似的亲兄弟在对话。
“大哥，又要出发了吗。”弟弟有些不舍。
“是的次郎，刚刚接到神代先生的请求，马上要赶去遗迹现场照顾受伤的宝可梦，那里目前还在时不时的发生塌陷，真是要命…照顾好道馆和弟弟妹妹们，我走了！”这位黄褐色皮肤的成熟男子，干脆利落地收拾好应用物品，换上探险装，带上三个精灵球，火速奔向了道馆外，连与弟弟挥手都没来得及。
“大哥放心。”
宇宙中，新世界。
“喔！这就是，新世界的力量吗！”一位苍老的蓝发男人跪在荒凉的大地上，盯着掌心的黑色宝石不停的惊叹着。在腰间，有六个纯黑色的精灵球。
“我，赤日，新世界的主人，将重返地球，重建银河队！希望你们，不要让我失望！”一个充满怨念的声音在空气中回荡。“唰！”
“这是…不好！”茫茫的宇宙中，阿尔宙斯感知到了危险的存在，可对于这即将到来的攻击，阿尔宙斯竟然无法预知它究竟为何物。“咻————轰！”“啊！”宇宙中，一发极强的恶之波动击中了阿尔宙斯，晃了晃身形的阿尔宙斯并没有受到太大的伤害，“这不可能…我怎么会预知不到这次攻击，刚才的恶之波动究竟…啊！”这次是一发暗黑的破坏光线，反常的是鬼系石板竟然没起任何作用，对阿尔宙斯造成了一定伤害。突然，他捕捉到了一股未知的力量，瞬间从宇宙的某处射向了蓝水星的关都地区。
“阿尔宙斯…不要，啊！”睡梦中的小智猛然惊醒，沉浸在刚刚梦境中的他显然没有缓过神，丝毫没有发觉浑身已被汗水湿透，喘了几口粗气，又看着身旁熟睡的皮卡丘，小智陷入了沉思，
“这…和所有的梦都不一样，为什么这么真实，这种感觉…啊！那是？”小智猛然间看到窗前，有一个清晰的宝可梦的影子，“那是，达克莱伊！”从床上弹起来扑向窗前再一看，屋外并无任何异常，影子也消失的无影无踪。
“所以刚刚的噩梦…是达克莱伊的绝招吗？可为何是这样一场梦…”
真新镇，小智家门外。
“达克莱伊，确定是他吗。”达克莱伊对着自己的主人点了点头，“小智，这次大危机，只有你能拯救吗？还记得吗达克莱伊，我们遇到过的所有训练家，只有他一人击败过你和拉帝欧斯……嗯？”达克莱伊打断了主人的回忆，比划了几个手势，“你是说…还需要另外的三个人？”
关东精灵遗迹旁，对战金字塔。
“师父，有异常！”“怎么了？”“小菘小姐传来的消息，切峰神殿中，雷吉奇卡斯的化身宝石以及三神柱正在高频晃动，神殿附近的宝可梦纷纷躲进了神殿中，全部都是惊慌失措的样子，好像在害怕着什么！”“这…这是怎么回事…”
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