福建水师在中法战争马江海战中被法军尽数歼灭（在甲午中日战争之前，）； 南洋水师在中法战争时，曾派五舰赴台支援，在海上与遇法舰九艘。南洋舰队中三舰退避入港，另外二舰进入石浦湾后自沉。之后南洋水师一度长期停止建购新舰。甲午战争后北洋水师覆没后，南洋水师部份舰艇调防北洋。至1909年，南北两洋水师合并，改成立巡洋舰队及长江舰队。南洋舰队正式消失。
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