进化与发展

不同的本体论框架通过代理生物的实体（Nicholson 2014,2018; Walsh 2015;讨论，参见Pradeu 2016; Baedke 2019a; Baedke＆Fábregas-Tejeda 2023）。 这些方法通常与共生研究有关，而不是研究利基构建或母体效果。 这里有机体（例如，制造土壤的海狸或处理土壤的海狸）被构造为通过其行为的自我确定的代理，通过其行为调制作用的选择压力（odling-smee等，2003; Uller＆Helanterä2019;另见第6节）。 因此，所以参数出现，它可以偏见和直接的人口动态。 当一个人欣赏微生物和主体形成彼此的环境时，Holobiont透视和利基结构透视连接在一起。 在这里，共生（如牛瘤瘤）涉及在主机内构建自己的利基（即，大型Symbiont），以及彼此的开发和演变的主机和微生物脚手架（Laland等，2008; Chiu＆Gilbert 2015,2020）。

我们是否认为集体或有机性个人代理作为在开发和演变方面的核心实体中，企图将这两个领域融入的企图必须在每种情况下都表现出来，实际上它是发展和发展的同一个单位。 换句话说，如果我们希望通过生物体的单位统一开发和进化（作为两者都参与的一个实体），本机需要符合生理（例如，代谢）和进化个性的标准（参见生物学的进入个人）。 传统上的进化个人传统上被概念化为具有差异健身和共享血统的生殖单位（所谓的“达尔文个人”;见Godfrey-Smith 2009）或作为选择单位（'互动者';见赫尔1980）。 不幸的是，这两个单位并不总是重合（Godfrey-Smith 2013; Pradeu 2016）。 例如，一些生物（微酮）形成显影但没有生殖单位，因为它们包括多种谱系（例如微生物的单位）。 其他可能的选择单位（如基因或种群）与生理个体不相同。 因此，生理个体可能不一定是进化单元，反之亦然。

这将我们带来了第四个本体论点：发育可塑性，被认为是偏见甚至导向进化轨迹（West-eberhard 2003; Radersma等，2020）。 可塑性的概念表明，环境可以通过环境以重要的方式调节。 这条规定了遗传决定论（但不一定是环境决定措施;看Wagoner和2015）。 在原始概念的表型制作（即，发展）中，Wilhelm Johannsen（1909）指出了表型是基因型和环境环境的产物，以及Woltereck（1909;另见Sarkar 1999年）认为，遗传的是“reaktionsnorm”，一种潜在的产生表型变异，以应对环境代理。 符合这一观点，在1800年代后期（例如，Hertwig 1894）的观点符合许多胚胎文本曾颁布过，即发展所需的胚胎细胞与这些细胞与环境的进一步相互作用的视角（见Nyhart 1995）。

尽管历史，发展可塑性被边缘化为20世纪中期的遗传解释（Sarkar 1998; Keller 2002）。 在这种背景下，刘易斯·沃尔珀特（1994）等胚胎学家可以询问是否可以计算有机体的表型，如果我们有鸡蛋的总描述。 由于上述有机体环境相互作用（参见第3节），出现了更严重的观点，更严重地考虑了显影表型的环境响应性和可塑性。 该观点包括来自外部的转变对有机环境关系的内部或建筑物理解（Godfrey-Smith 1996）。 虽然外科医学视图 - 进化理论中的正统视图 - 由于其环境（即自然选择旨在遗传计划），概念化生物体的性质（即自然选择遗传计划），内部主义观点在其他内部或内在属性方面的一组有机物性质有机系统“（Godfrey-Smith 1996：30）。 根据这两个叙述，有机体占据了一个与他们协方便的环境，或者在很大程度上独立于其变异。 上述发展进化的研究表明，来自外部的交换机到建筑物的角度来看，其中生物体积极模仿其内部状态并响应其外部环境（参见Laland等，2014,2015）。 此外，在本框架中，环境的因果作用也变得更加复杂。 它现在包括环境有活跃机构的想法，可以确定表型。 而不是将环境概念化为Evolution的被动滤波器，而是对于进化的被动滤波器，在这种观点中，环境在致动表型外，除了选择它（Moczek 2015; Gilbert＆Epel 2015）之外，在致动表型中起作用。

5.发育演变的解释

除了这些关于发展和不断发展的生物体的本体论的讨论外，其他中央哲学辩论与发展与进化之间的界面争论已经针对科学解释的主题。 这是指发展进化（应）解释和如何解释的问题的问题。

5.1发展演化的机制解释

科学哲学家长期以来，有助于解释性自治的生物解释。 特别是，他们批评了了解生物解释与物理学中的解释的基于法律账户相似（见Lange 2007）。 相比之下，学者们认为，在生物学中的解释通常包括描述一种带来一定的生物现象的机制（Bechtel＆Richardson 1993; Craver 2007; Bechtel＆Abrahamsen 2010;另见进入机制在科学中）。 特别是Evo-Devo被描述为一种范式的机制科学，这 - 抵御最终邻近的区别 - 寻求识别可以解释表型的进化变化的发展机制（Gilbert 2003; 2012厅）。 这种机制方法通常是各种发育模式的数学模型，从基因调节网络到生物的生长模式，以及历史叙事对生物体和物种的发展方式（Jaeger＆Sharpe 2014; Winther 2015）。 然而，除了接受的机械解释对发育演变的中心性之外，与有关涉及自然选择的标准解释相比，迄今为止究竟究竟何种发展机制以及如何运作进化解释。

生物学哲学家（在所谓的新机制哲学中）在生物学中具有概念化的机制解释，作为建设机制模型，这些机制连接系统的部件，位于一个组织级别的系统，通常位于更高层次的组织（Machamer等人。2000;蔓越星2007; Illari＆Williamson 2012）。 在该框架中，机械模型涉及组织的不同组成水平，如基因和表型或细胞和组织。 这些层间关系存在于系统部分及其组织的因果能力和整体系统的能力之间。 这种关系是在分解和定位的过程之后建立的（Bechtel＆Richardson 1993; Craver 2007; Menzies 2012）。 这种概念框架来描述生物机制和机械解释的基于分子和细胞生物学的案例研究。 然而，学者们对描述在开发和发展进化研究中的机械解释也很有用。

关于发展，首先，该组织在机械发展解释中起着不同的作用（MC Manus 2012）。 与上述框架相比，这通常预设了组织水平简单的情况，因此它不必阐明机械发育中的水平和其他形式的组织的起源和其他形式的组织的起源解释。 其次，哲学家认为，由于一些新的机械师建议（Craver＆Bechtel 2007），由发育机制追踪的水平之间的关系并非由零件和惠士之间的同步，本构关系之间的疲惫不堪。 相比之下，发育解释以不同的时间间隔（Ylikoski 2013; Baedke＆Mc Manus 2018; Baedke 2020;参见爱情，追踪了不同级别的系统的因果关系之间的历程关系Hüttemann2011）。 第三，有人认为，由于这些机制的异质性（2018年），在Evo-Devo中使用发育机制面临挑战的说明。 当试图整合发育机制的两种解释 - 对高度保守的分子遗传机制的说明，如基因调节网络，以及细胞 - 物理机制的解释，如细胞迁移 - 有时会出现权衡。 而不是允许更完整的解释，而是整合两个机制可能导致较少的一般性解释，因为非系统饱和保守的细胞 - 物理机制可以在解释中产生更少的一般性。 该权衡可以向寻求整合开发和进化的项目引入解释性偏见。 它可以引导研究人员赞成引用高度保守的分子遗传机制和没有细胞身体机制的普遍性的解释，而不是引用两种机制的综合解释。

关于发展进化机制的概念，Brigandt（2015）强调了Evo-Devo的一些机制解释 - 就像发展偏见的发展方式（Radersma等，2020），通过发育可塑性如何产生新的变化（Pigliucci 2001，Gilbert 2006）以及生物体如何产生遗传性，适应性表型变异（进化性;见Brown 2014） - 通过动态模型显着扩展分解和定位的标准分析（参见Bechtel＆abrahamsen 2010; Braigandt 2013; Baedke 2020）。 这些模型允许预测开发系统的动态。 在分解系统并识别零件或子系统的因果贡献之后，动态模型有助于展示这些贡献如何共同运行，以带来整个系统的行为。 通过这种方式，它们应解决发展机制如何通过其组成部分和活动的潜在定量变化来产生表型特性的进化相关性变化，如鲁棒性，表型可塑性和模块化。 一个经典的例子是在果蝇的空间图案化和分段的鲁棒性上的数学模型。 它们提供有关潜在基因网络组分的相互作用的定量信息，包括例如基因产品的基因转录率和衰减率（Von Dassow等，2000）。

关于开发与发展之间的界面的其他讨论侧重于如何理解“保守机制”（爱2024）的常用概念或解决发展机制如何发展的解释的结构。 例如，萨特（2009,2009,2013）认为，Mayr的区别是两种解释：发展解释，答案'如何一次工作？'和进化的解释，答案'人口如何随时间变化？'但是有一个第三种，称为“谱系解释”。 谱系解释与上述内容通过回答“个人如何变化？”作为Rudy Raff，Evo-Devo的一个先驱，总结了这个想法，在比较他的工作到标准进化生物学家（Amundson 2005，第253页），“它们对物种感兴趣; 我们对机构感兴趣。“ 因此，谱系解释提供了一系列机制模型，该模型在不同时间产生相关形态结构的个体的发育机制之间的痕迹差异。 在进化时间上，这些关系经历了小的修改，最终在整个系统中提出了Noveltize，如眼睛，牙齿和羽毛，如全系统（Jernnall等，2000; Salazar-Ciudad＆Jernvall 2010; Machado等2023）。 因此，谱系解释从一个机制的单一描述中扩展了标准哲学框架，进入了一系列机械模型。 然而，尽管这一扩张，但仍然存在一般挑战，并结合和整合在具有更多经典人口水平的进化方面运营的机制解释（Villegas 2024）。

5.2发展主义进化的解释性的解释力

除了关于生物机制结构及其在解释发展演变方面的作用的辩论之外，生物学和生物学家的哲学家还讨论了，更普遍地讨论了哪些美德发育解释（可以）用于解决进化现象。 与这个问题有关的是问题，有多重要的事实 - 单独的自然选择可以解释（见入境适应论）。 众所周知，这种解释可以解决特征频率和生存的一般动态（见清醒1984年）。 但是，这也以更详细的更详细地解决个体特定特征的发展是一个不明显的问题。 虽然一些作者声称，自然选择的进化解释可以解释为什么特定个人具有某种特征而不是另一个特征（昆特1995;福伯2005）其他人否认这项（清醒1984年; STEGMANO 2010）。 更重要的是，据称，将发育现象的解释集成，如发育偏差，表型可塑性，利基结构和包容性继承，进化理论的解释性框架将导致“显着扩展的解释能力”这个理论（Pigliucci＆Müller2010：12; Lala等。2024）。 然而，虽然在这些发育现象存在的情况下经常在进化生物学中进行协议（Laland等，2014; Wray等，2014），他们的解释性得到了质疑。 在此背景下，学者已经开始分析了基于哪种解释性权力标准，如精度，比例，敏感性和理想化，发展主义进化解释优于选择主义的解释。 这包括识别，解释标准之间的权衡（例如，精度和敏感性或理想或理想化）面临的账户面临，这些账户面临发展和进化解释（Baedke等，2020B; Uller等，2020）。

6.有机机构在发展和进化中

近年来尤为重新经历的另一个长期辩论从有机体积极地对环境因素的，尽管各种变化，共同引导塑料开发，并因此偏见并调解其生态互动和调解他们的生态互动和调解其生态互动和调解生态互动和进化轨迹。 这种讨论需要抵御更广泛的概念历史，例如在生物学中的原子能机构，目标导向，毒性和神经学。 在20世纪，关于遥测的辩论（参见生物学中的入境目录概念）吸引了进化与发展之间的关系，特别是区分从非技术进化过程（Mayr 1961）的发展的神学维度。 其他人推出了新的概念框架，如神灵，这是只有明显的有目的的系统（PittendRigh 1958;见Dresow＆Love 2023）。 这种框架试图了解由所谓的“外部电源学”（即作为外部选择性力量和适应产品的产品，而不是来自生物的“内部目的学”或“内在目的”的现象被誉为不可避免地导致活力投机（Baedke＆Fábregas-Tejeda 2023）的观点。 由于这一点，一个人发现了对目的的有机物的讨论，作为了解这一时间的发展和演化的目的性质的起点（但是，例如，Russell 1950; Piaget 1976 [1978]）。

近年来，这种情况讨论了机构机构的许多作品（例如，Moreno＆Mossio 2015; Walsh 2015,2021;风险2016; Okasha 2018; Corning等，2023; Mitchell 2023; Moczek＆Sultan 2023;Fábregas-Tejeda等。2024; Rupik 2024）。 这种辩论尤其受到进化的新发展主义账户刺激，特别是在利基施工理论，塑性LED演化的研究和（ECO-）EVO-Devo。 首先，这些观点首先诱发了远离过去的尝试来解释有机机构作为适应的后果。 其次，他们重新打开了门，再次探讨了允许概念化有机体的内在目的的不同框架（例如，Aaby＆Desmond 2021; Walsh 2021; Sultan等。2022; Patten等人。2023;NuñodaRosa2023; Jaeger 2024）。 这些账户地址（再次）关于生物体的本体状况和认知职位代理和遥测的问题（或应该）在开发和演变中发挥作用的问题：例如，通过如何采用有机体的内部目的学，提升我们的发展和进化的理解和解释流程？ 生物学家应该如何概念化有机体活动的表观目的？ 通过组织，自主权和控制等概念，或通过目标导向或通过绘制生态“可接受的框架（Moreno＆Mossio 2015;沃尔斯·2015; Babcock＆McShea 2024;对于其他旧框架，看Fábregas-Tejeda 2024）。 进一步的问题涉及机构的范围是否限制为目标定向行为或者是否也可以归因于所有或仅特定的（例如塑料）发育过程（Sultan等，2022; Nahas 2024; Walsh＆Sultan; 2024）。 和：如果有的话，有的话，有什么进化的后果吗？ 解决这些问题将决定哪些角色在开发和进化之间的未来研究中会发挥的作用。

前进的道路还将取决于原子能机构的本体或认识意见。 在目前的热闹辩论中，我们仍然看到广泛的职位。 在这一频谱的一方，我们发现了古典康安视图，根据哪个机构仅仅是一种启发式工具（或认识框架），用于暂时处理发展方向和进化现象的复杂性，直到机械研究捕获（康德1790/1793 [1902];见Desmond＆Huneman 2020）。 另一方面，我们发现本地或归化视图争论发展进化中的代理和目的才能理解为根本属于生物的能力（沃尔斯2015）。

7.发展进化的人类学和伦理尺寸

除了上述关于进化与发展之间关系的辩论以及职责机构可以在将两者联系起来，还有其他，关于关注发展演变的人类学和道德问题的唯一一般性辩论。 他们从两个发展中出现：一方面，发展进化的研究已经给了生物概念（和有机机构）的生物学相关性; 这种概念通常被用作生物对应物，与社会相关性的概念，如人，个人和身体。 另一方面，第3节中描述的许多经验发展以及在外观遗传学，蛋白质组学，揭露和微生物组研究中的后委托领域的生物医学进展和辩论。 这两种趋势导致了至少有四个人类学和道德讨论，了解我们如何概念化发展和不断发展的人类，生命，身体和健康，以及如何为医疗保健干预分配责任：

首先，在发展有机体的可塑性，其相互连接和转基因传播模式的新发现受到影响的科学和公共理解。 例如，如果人类被概念化为梭罗，那么共同发展和共同不断发展的生物体 - 这也意味着发展是物种之间的相互作用的共同构建问题。 这意味着，正如Haraway（2016）的那样，我们 - 我们 - 就像人类一样 - 非常字面上“与他人同在”。在这种情况下，Sympoiesis（发展共生）意味着发展是合作开发的。 在此背景下，JohnDupré和Maureen O'Malley（2009）将生活实体视为互动系列：“我们要求的生活，通常在许多谱系的协同交点中找到，我们甚至建议合作应该被视为中央生活质量的特征”。 由于这种相互关联，Bapteste等。 （2021）和Gilbert（2021）表明微生物组研究会诱导人类对世界的看法。 这些观点符合Hans Jonas'（1966,1984）较旧的论点，即人类通过与自然的深入联系，特别是通过与其他生物的共生互连来保持人类。 由于人类扩张威胁着自然世界和其他生物的存在，乔纳斯强调了关心所有自然未来的重要性。 他认为这是有机世界的“利益的团结”。

二，生物和生物经理辩论就发育演变和生物体的可塑性和环境响应能力已经了解人体的辩论。 例如，JörgNiewöhner（2011年）指出，人体的新概念目前正在现代生物学中出现，所谓的“嵌入式”。 根据这一观点，人体不再是一台机器的单元，它是由皮肤进行遗传编程的，神经控制和界定的，而是一种不受其材料和社会环境孤立不能掌握的开放式，动态和“细心”单元（另见Baedke 2017;霜冻2020）。 另外，身体嵌入到不同的时间尺度范围内，从其进化和转基因转移到Ontogency过去，它永久地构成其存在。 其他人争论，反对标准的人类叙事和亚里士多德，他在出生和死亡时定义了个体的时间界限，人类的出生不是创造一个新人。 相反，出生应该被理解为新的多种集体的起源（Gilbert 2014; Chiu＆Gilbert 2015）。