东有大同、长庆二门，南有芦门、含毯二门，西有普通、七星二门，北有密台门，有牡丹峰高耸，地形险要。李如松的部署如下：蓟镇游击吴惟忠率领步兵当先，辽东副总兵查大受率领骑兵居后，攻击北部要塞牡丹峰；中军杨元、右军张世爵领兵进攻城西七星门；左军李如柏、参将李芳春领兵进攻城西普通门；祖承训率领明军乔装为朝鲜军麻痹日军，力攻城南芦门；主帅李如松督阵。明军主力将进攻平壤的南、西、北三个方向，东面给日军留出退军路线。祖承训率领的明军率先突破城南的芦门，接着含谈门、普通门、七星门、牡丹峰也相继被明军攻占，日军黑田长政曾派黑田二十四将之一的久野重胜前往侦查，被明军击毙。
小西行长一看大势已去，率领残兵退守城北一隅风月楼。入夜，日军自东南方向突破，渡过大同江向汉城退却。沿途早有李如松部署李宁和查大受伏兵等候，一阵掩杀，击毙数百日军。当时明军配有佛朗机炮、虎蹲炮，灭虏炮...等等火炮数百门，当时朝鲜纪录“在距城5里许，诸炮一时齐发，声如天动，俄而花光烛天”，...“倭铳之声虽四面俱发，而声声各闻，天兵之炮如天崩地裂，犯之无不焦烂……”。李如松收复平壤、开城，并且进攻汉城，是役，明军付出阵亡790人的代价，给予日军九千余人的损失。
碧蹄馆之战
由李如松率领的明军在平壤大捷后，为了快速缓解后勤危机，欲乘胜追击日军速战速决，先遣副总兵查大受与朝鲜将领高彦伯领骑兵数百侦查开城至王京之间的道路，正月廿五侦查先锋在碧蹄馆（位于首尔西北部的高阳市德阳区碧蹄洞，是前往王京的必经之路）南方的砺石岭遇到日军前野长康、加藤光泰的侦察队数百名，一时之间，双方前锋交战，查大受乘胜追击，并派人将战况传给李如松。
26日提督李如松得报后，以为日军如当地土民所说弃京城撤退，遂率领本部兵马骑兵4000人从开城疾驰引援。
孰料日军立花宗茂率先于其他日军，独自领3200名军兵正在砺石岭埋伏，部将森下钓云侦查到明军查大受所部，小放几发铁炮后回报，便从清晨7时倾开始，起先仅以部将十时连久、天野贞成率700人为第一阵摆旗示弱引诱查大受来攻，然而查大受所率领的500人的突击速度很快，十时连久的先遣部队很快被击溃并损失了130人，被迫后撤，查大受继续追击，但遭到了小野镇幸和米多比镇的优势部队的阻击，而后续的祖承训，李宁，孙守廉等人相继投入战斗，此时明军人数增加到3000人。
立花宗茂从小丸山迂回明军的右翼，以十时连久负责吸引明军的注意力。然而立花宗茂的速度过慢，导致十时连久在明军的直接冲击下力战不支，不久中流矢而亡，（可能为李如梅所射之箭）在十时连久被击毙后立花宗茂与其弟高桥统增率本队3000兵从左方奇袭明军右翼，一时间给予明军造成混乱，查大受因此往北边的碧蹄馆退军，此时宗茂率亲兵800追击，但部将池边永晟阵亡，而明军也很快重整队形开始反击日军，立花宗茂的奇袭效果丧失，而随后的战斗也让立花军感到吃力，连立花宗茂的铠甲上也插满箭簇，狼狈不堪。最后立花宗茂退到小丸山，碧蹄馆的前哨战斗结束。
此前哨战历经5小时，日军方面由赶来接应的黑田长政率5000人接替了立花宗茂继续指挥战斗，此时近中午时分，突然20000名日军先锋军如小早川隆景、毛利元康、小早川秀包、吉川广家等部赶来占领望客砚，后面还有日军本队20000人进军。
27日李如松率十名亲兵赶到战场，李如松得知先锋已经交战迅速展开为鹤翼之阵，于砺石岭北方的望客砚迎来查大受军后于碧蹄馆重整军阵，李如松马上得知了明军的境地，于是采用疑兵之计，反而主动冲击人数优势的日军，日军以为明军主力已经来了，于是开始商讨作战计划。最后，日军采取了小早川隆景的建议，急忙传令中军主力急速进军，命先锋粟屋景雄3000兵从大路西侧配合井上景贞夹击明军。此时日军的人数已经是明军的两倍，而李如松也识破了日军的意图，并在日军展开动作时，明军也开始行动。在粟屋景雄和井上景贞没完成合围前，明军率先击溃了粟屋景雄部，并开始追击。但是明军误入泥滩影响了机动，随后被日军反击，而李如松立即下令，让陷入泥滩的明军骑兵下马步战，粟屋景雄部支持不住，直接撤退。最后明军徐徐退出泥滩，而井上景贞见粟屋景雄部撤退后也狼狈后撤。小早川隆景见计划失败，索性将优势兵力全部投入战斗，并亲率第六军团参战，筑紫广门和立花宗茂部分成两路从侧翼迂回明军，明军的侧翼遭到突击。而正面则是小早川隆景压制，明军顿时如同被包围的态势险象环生，此时李如柏、李宁、查大受、张世爵、方时辉、王问等明将皆各自持刀奋迅作战，其中部将李有升为护卫李如松与井上景贞接战，井上景贞不敌退走，李有升追击，不慎中钩落马被井上景贞调头杀死，立花军中也有安东常久、小串成重两位旗本武士被明军击毙，立花军损失惨重被迫撤离战场。小早川秀包试图包抄明军的侧翼，但反被明军分出小分队击退，小早川秀包麾下八名家臣身亡，不久小早川隆景投入的吉川广家、户川达安、黑田长政的军势欲加包围，两军从午后交战6个小时至黄昏后明军终于等到左协大将副总兵杨元率援军1000人到来，杨元奋勇冲破日军包围领军抢占如松右方阵地，并和李宁的炮营发炮轰击日军援护明军撤退，日军小早川隆景因明军援军的到来方始退军，而李如松则主动断后，但从日军军中突出一个金甲倭将小野成幸直接向李如松所在的方向突进，最后被李如梅击毙，明军撤退。
两军从午后交战6个小时至黄昏，另据朝鲜史载两军各死伤5、6000人，部分日史记载明军参战人数为20000人，倭军斩首明军6000人。中国清朝的编写者则说“诸营上军籍，死亡殆二万”云云，占了当时明军入援朝鲜参战兵力的一半。都远远高于朝鲜史的记载，根据朝鲜宣祖实录所记，明军投入战役人数当不超过5000人，当日军望见明军步兵抵达后随即撤退，可见明军投入战场兵力并不多。而“朝鲜《宣祖实录》记载，此役之后，明军大势依然，二万之死亡云云当系虚说”。这次遭遇战明军失并非如一些说法的那样高，但这是由于主将李如松的轻率决定导致明军几乎陷于死地，损失了不少辽东军精锐兵员。但是却也突出了明军骑兵的强悍战斗力，占据参战兵力优势的日军经过苦战也无法消灭这支仅仅数千人的孤军，反而自身损失惨重。只不过因为李如松的失误判断使明军强悍一面被掩盖。不过客观来看这次遭遇战于整场战局并无意义。中日双方均未达成战略目的，最后都已双方撤退为结局，此战明军军损失除了明面上的兵员外，还包括了许多家丁。有一种说法是黑田军损失了2731人，第三和第六军团合计损失5820人，其中立花军损失最为严重，（损失了70%）不过另有史料指出其数字依据的参谋本部战史并非拥有一手资料而很大程度仍是凭想象编写日军损失数字。现代史书如《Samurai Invasions of Korea 1592-1598》和杨昭全《中日朝关系史》都认为是明军战败，而日军伤亡比明军还大很多是不可能的。
后续陆战
之后，日军于2月约2万兵力转攻京城西北方的幸州山城，朝鲜城将权栗以少数兵力击退日军，日将石田三成、吉川广家等负伤。2月，李如松改变策略，于3月初焚烧日军于龙山的粮仓粟数十万，逼使其撤退。此战拖住了日军的大部军队，为明军突袭龙山粮仓赢得了时间。19日，日军因为缺粮，被逼由汉城撤退。5月四川参将刘铤率军五千赶赴援朝，并被任命为副总兵。日军撤退至釜山，此后陆战皆集中在朝鲜南部四道，并以朝鲜勤王军与倭军的战斗为主。日军于6月中旬又攻打朝鲜南部的晋州城，为第二次晋州城攻略战，日军加藤清正、黑田长政以部下饭田直景、庄林一心、后藤基次以龟甲车破坏城壁，大部日军涌入晋州城而攻陷，城将金千镒战死。
水军作战
自从日军登陆以后，朝鲜水军随即在全罗道左水使李舜臣率领下展开一连串的反击，依宣祖实录的纪载列表如下：
五月初六日 闲山岛，庆尚右水使元均与全罗左水使会师有战舰80艘，进到玉浦，遇敌船30余艘，击破3艘。
五月初七日 再度会师，听到国王西幸的消息，诸将放声痛哭。
廿九日 露梁会师，遇敌1艘，击毁.又遇敌战船12艘，悉数击毁。
六月初二日 唐浦，遇敌舰20艘，中卫将权俊撞破敌指挥舰。
六月初四日 唐浦，全罗右水使李亿祺领战舰25艘会师。
六月初五日 出外洋，后移泊固城唐项浦中洋，派三艘船侦查，一出海口即遇敌舰26艘，会战，焚敌舰10余艘。
六月初六日 追敌外洋，焚一船。
七月初六日 舜臣与亿祺会师露梁，元均修理破船7艘先来，敌舰70余艘自永登浦移泊见乃梁。
七月初八日 舟船至中洋，敌退我追，敌舰70余艘列阵内洋不出，以佯退引出至闲山洋前，以鹤翼阵,先破3艘，焚1艘，400余日军弃舟上陆潜逃。
七月初十日 安骨浦，敌40艘，列泊洋中，鳞次列阵不出，我舰反复冲杀，尽毁敌舰。
在明军驰援的同时，朝鲜水师在海战中与日本水师对抗。1592年5月4日，当时的朝鲜全罗道左水使李舜臣，统率75艘舰船驶出全罗南道丽水港，准备对日军发动进攻。日军则派藤堂**率领50艘木制战船迎战。5月7日，朝鲜水师偷袭日军，日军被杀个措手不及。一轮激战过后，日军损失惨重，被朝鲜水师消灭了26艘战船，剩下的舰船只得撤退。李舜臣继而在合浦、赤珍浦海面再歼灭余下的日军。5月9日，这场海战最终结束。虽然日本水师受到损失，但并未丧失制海权。全场海战日本水师约损失了44艘船。
玉浦海战是壬辰战争爆发以来，朝鲜军队的首场大捷，大大振奋了朝鲜军民抗敌的决心。
1592年5月27日，日本水师不甘失败，转而向庆尚南道的泗川进攻。李舜臣得知消息后，立即于5月29日率龟甲船队23艘出发，迅速驶至泗川海湾外面。日军对上次海战失利犹有余悸，因此当他们见到朝鲜水师驰援，便迅速逃至陆上，在山上布防。李舜臣于是命朝鲜水师假装撤退，以引诱日军登船追击，结果日军中计。这时正好潮涨，大大有利于朝鲜水师的板屋船活动，因此当日舰出动时，李舜臣即下令众舰船迎击，12艘日舰被击沉。
1592年6月2日，李舜臣统领的朝鲜水师龟甲船队主动出击，进攻在唐浦港内停泊的21艘日舰，日舰被朝鲜水师两面包抄，最后被击败。唐浦海战获胜后，李舜臣稍事休整。
1592年6月4日，与全罗右水使李亿祺会师，并于6月5日清晨齐其一起率领51艘战船，向固城唐项浦的海湾内的26艘日舰进攻，并从两面对其包抄围攻。6月7日，朝鲜水师再度出击，向栗浦的日舰进攻，日军不敢迎战，掉头便跑，但仍然受到很大损失。
这三场海战后，日本水师受到损失，决定集结兵力，与朝鲜水师进行决战。
闲山岛海战
为了与朝鲜水师进行决战，日本水师在巨济岛一带集结，准备兵分三路向朝鲜水师发动进攻。而李舜臣则将其全罗道的舰队和庆尚道的部分舰队组成联合舰队，准备迎战。1592年7月6日，李舜臣进兵出唐浦附近水域，并于7月7日清晨，将集结于巨济岛的日本水师引至闲山岛附近水域决战。李舜臣选择在此地决战是因为这里有着较为宽阔的深水环境，易于设置埋伏，可以向日本舰队进行包围歼灭。
在决战开始不久后，朝鲜水师的战船即将日军包抄起来，而朝鲜水师则向日本水师直撞过去，很快便撞翻了日军舰队前列的几艘大船，而其余朝鲜战船也奋勇杀敌，与敌作殊死战，结果日本水师40艘船被击沉。这就是“闲山岛大捷”。
釜山浦海战
自从日军占领釜山之后，大批的日军物资便源源不绝的从对马与九州的名护屋城送来，经由釜山送抵在朝鲜各地作战的日军。为了切断日军的补给拯救全面溃败的朝鲜军，李舜臣打算主动出击占领釜山。李舜臣率左水营出发，次日抵达釜山海域，但日本水军已做好防御的准备。朝鲜水军奇袭失败，朝鲜将领郑运被杀。李舜臣占领釜山的计划失败。釜山浦海战的胜利，使日本水师得到了对付朝鲜水师的方法。日本水师的将领们建议丰臣秀吉转换战术，以固守据点的方式对付朝鲜水师。
长门浦海战
几周后，在长门浦海战中，李舜臣再次进攻日军基地，但又被日军击败，其陆上进攻部队遭到一定损失。
后续海战
之后，丰臣秀吉下令转换战术，实行陆海防御战。李舜臣后来所有的攻击（熊川，唐项浦，永登浦等）均被日军击退。
中日议和
1593年6月，战况陷入僵局，加上朝鲜破坏过度，造成瘟疫流行，当地征发粮食不易，以及急于保全占据朝鲜南部四道的战果，丰臣秀吉遂派使节随同明使沈惟敬由釜山至北京城议和。7月，朝廷宣诏退兵以进行日本封贡事宜，于是李如松大军撤退，只留刘綎及游击吴惟忠共七千六百人分别扼守要口。但兵部尚书石星一意主和，再撤吴惟忠兵，结果只留刘綎兵防守。9月，朝鲜国王李昖虽上表答谢朝廷援救及助其复国，但是暗中对中日议和却排除朝鲜有所不满，此时日军仍然占据朝鲜南部四道，并牢牢握有釜山城。12月，明朝命蓟辽总督顾养谦兼责打理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松。神宗下令大兵尽撤，但同时强调，虽然撤兵，“但倭情狡诈，未可遽称事完”。
1593年（万历二十一年）5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见了到达日本的明朝使团（谢用梓、徐一贯）。丰臣秀吉提出了“明 日和平条件”七条：
远嫁大明公主为日本天皇后；
发展明 日贸易；
明、日两国武官永誓盟好；
京城及北部四道归还朝鲜，南部四道割让于日本；
朝鲜送一王子至日作为人质；
交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；
朝鲜大臣永誓不叛日本。
谢、徐二人将此七条带回，但似乎未告知宋应昌，只说日本恭顺，愿意议和。石星、宋应昌就在日本“恭顺”的印象中，与日本开展封贡活动。但明廷议论结果是许封不许贡，而且日军必须全部撤兵、上表称臣。
不久，小西行长获知明廷之要求，感觉明、日双方要求相差甚巨，于是约见沈惟敬，两人担心谈判失败，遂共同伪造《关白降表》。
万历二十二年十月，日本派小西飞与明朝使团到北京，小西飞信口答应明廷所提的三项条款：
日军在受封后迅速撤离朝鲜；
只册封而不准求贡；
与朝鲜修好不得侵犯。
当时兵部还和小西如安进行了详细的对谈，小西飞欺明朝人不懂日语信口答应。这时沈惟敬也递交了伪造的日本降表。明朝君臣大为满意。万历帝立即册封丰臣秀吉为日本国王，并按小西提供的名单册封了日本国大臣。
其后于1595年1月，明朝遣使封丰臣秀吉为日本国王，令沈惟敬一同前往。诏书内容如下：
“奉天承运皇帝，制曰：圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，肯求内附。情既坚于恭顺，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日该国王，赐之诰命。于戏龙贲芝函，袭冠裳于海表，风行卉服，固藩卫于天朝，尔其念臣职之当修。恪循要束，感皇恩之已渥。无替款诚，祗服 纶言，永尊声教。钦哉!”
十二月，明朝命临淮侯李宗城充正使，以都指挥杨方亨副之，同沈惟敬前往日本。李宗城乃开国元勋李文忠之后，李宗城在釜山居留很久，要求日军全部撤回，他才能渡海赴日。但是他在跟日本人接触过程中，有一晚终于获悉丰臣秀吉和谈真正的七条要求跟他原本所了解的大相径庭，极为震惊，他感觉根本不可能完成册封任务，甚至可能性命不保，次日凌晨便从倭营中逃跑北返。明廷只得改派杨方亨为正使、沈惟敬为副使，以完成册封之事。丰臣秀吉原本很高兴接受明朝金印、冕服，但当他听到西笑承兑翻译万历皇帝谕旨中，称封他为日本国王时，才感觉到这跟他自己的主张完全南辕北辙，当即恼怒，随即驱逐明朝使臣，并要将小西行长处死，这次册封也以失败而告终。次年正月，丰臣秀吉再次发动侵朝战争，战事重起。
第二次交战
在1597年1月，日军拒不退出釜山，朝鲜得知日军再次入侵，于是遣使再至明朝求援。这次再侵朝鲜，日本使用反间计诬陷李舜臣阴谋篡权，使得李昖将李舜臣下狱，其后将其贬为士兵，只能白衣从军。
万历二十五年正月，丰臣秀吉发动了第二次对朝战争。
日军侵朝陆军规模
军团
指挥官
所部兵员
第一军
加藤清正
10000人
第二军
小西行长
14000人
第三军
黑田长政
10000人
第四军
锅岛直茂
12000人
第五军
岛津义弘
10000人
第六军
长宗我部元亲
13000人
第七军
蜂须贺家政
11000人
第八军
毛利秀元
40000人
以上人数共十二万，加上驻守釜山预备队，日军总兵力约为十四万人。
另有水军如下：
指挥官
部队人数
藤堂**
2800人
加藤嘉明
2400人
胁坂安治
1200人
来岛通总
600人
菅平右卫门们长
200人
再援朝鲜
1597年初，日本出动陆军141490人，水军7200人，水陆并进再度入侵朝鲜。
2月，明朝再次议定援朝征日，以麻贵为总兵官，统率南北诸军。在3月，明朝以山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。5月，邢玠赶至辽东，开赴至朝鲜的第一批明军共约3万余人。
在第二次战争前，总兵麻贵率1万7千人驻守汉城；杨元率辽东骑兵3千人，驻守南原；陈愚衷率兵2千人，驻守全州，与南原军互相呼应；吴惟忠率南兵4千人进至忠州；茅国器率兵3千人屯星州，控制岛岭、秋风岭。明军的战略部署是，上述各军据守本部要塞，待总督邢玠率领的4万大军一到，明军和朝鲜军即转入战略反攻，由南原、忠州发动钳形攻势，彻底围歼釜山日军。
初期战况
6月，日本兵船数千艘停舶于釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最后进攻南原（为全罗道外藩，一旦失守，天津、 登、莱皆可扬帆而至）。明军副总兵杨元率领3千明军和3千余朝鲜军镇守南原，孤军坚守数日后被迫突围撤出，守城将士绝大部分阵亡，南原失守。
这时驻全州的明将陈愚衷因南原失陷立即撤退，这样加藤清正的右路军便兵不血刃的拿下了全州。之后，日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地， 汉城的屏障尽失。南原和全州的失守不仅彻底的打乱了明军的战略部署，也给明军后来的反攻造成很大的麻烦。
根据《晚明史》一书的记述，当时在朝兵力，明军人数远低于日军，丰臣秀吉调动的侵朝兵力这时候已达十四万之多。而“明朝方面的援军，最初预定七万，实际上是四万。”后来才陆续增兵，朝鲜李朝《宣祖实录》的记载，明军达十一万人。不过这些数字是万历二十六年以后的事了，万历二十五年战争初期兵力没有达到这一水平。
稷山大捷
此时朝鲜局势再度危若累卵，在一开始，明军在朝鲜的形势相当困难。据守的城市接连失陷，进攻也遭到挫败。但在万历皇帝坚定不移的支持之下，明军不断的开赴朝鲜战场。
6日，麻贵为了拖住日军北上的攻势，为明军动员争取时间，决定伏击日军，命副总兵解生等率军2600人奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。7日，于稷山附近与日本战国名将黑田长政和率领的日军第三军团一部发生遭遇战，日军先头部队被击溃，明军的后续部队杨登山率军赶到，击败黑田长政。后因毛利秀元大军赶到而从容撤退，黑田长政占领稷，但未能北上汉城。此战为明军以少胜多的战例。虽然日军最终占领了稷山城，但日军却慑于明军的野战能力，未敢前进。永远的丧失了战争主动权，对中朝双方战略意义重大。不久日军全线撤退至釜山。而明军阻滞日军攻势，为明朝增兵朝鲜赢得时间，战略目的完 美实现。是役明军伤亡两百余人，日军伤亡六百余人。根据朝鲜人赵庆男《乱中杂录》记载：“丁酉九月六日，天将副总兵解生等，大败贼众于稷山金岛坪，加藤清正等退遁，流下岭南……麻贵领大军启行，至水原下寨，遣 兵埋伏于芥川上下，以为后援……七日黎明，天兵左协出柳浦，右协发令通，大军直从坦途，锣响三成，喊声四合，连放大炮，万旗齐颤，铁马云腾，枪剑奋飞，驰突乱砍，贼尸遍野，一日六合，贼逝披麾……翌日平明，贼兵齐放连炮，张鹤翼以进，白刃交挥，杀气连天，奇形异状，惊惑人眼。天兵应炮突起，铁鞭之下，贼不措手，合战未几，贼兵败遁，向木川清州而走”。
蔚山之战
稷山之战结束后于10月麻贵以李如梅率数千攻向星州谷城，小早川秀包、筑紫广门起先死守，之后迎接小早川秀秋派出的援军山口正弘、南部无右卫门后转守为攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日军毛利秀元等则被参将彭友德率领的中朝联军重兵包围，死伤惨重，幸蔚山城将浅野幸长、宍户元续、太田一吉的接应援护才撤退。12月，援朝明军与日军大战于蔚山。
日军遭受惨败后，明军乘胜追击，接连获胜。于二十三日又攻打蔚山，是为第一次蔚山城之战。明军以茅国器率领的南兵作为先锋，展开凌厉的攻势，并迅速突破了蔚山倭城，把日军将领加藤清正率领的军队围困在岛山城。然而杨镐徇私，将马上突入岛山城的南军部队换成辽东军去攻城，结果失败，丧失最佳战机。此时日本大批援军到来，天又下大雨，明军火器无法使用，解了加藤清正部队之危难，这时候明军的经略杨镐又指挥失误，仓促撤军，明军遭受了极惨重的损失。日军方面参谋本部编《日本战史－朝鲜役》中204页记载加藤清正守城所用兵力一万三千，206页记载战后所余一万人，减员在三千。推算死者应当超过千人。
1598年1月，明朝攻打蔚山的军队因为日本的毛利秀元、黑田长政等日军的援兵突然赶至，大为震惊。杨镐赶不及下令，便策马率先赶奔汉城，麻贵亦继而赶之，一时间大部军队皆溃败。只有副将吴惟忠、游击茅国器断后，日军在解围后暂退以保住胜果。杨镐与邢玠却向明朝朝廷谎报前线大捷。但当时各营欲向明朝朝廷回报，士卒死伤二千，这使杨镐大怒，按而不报，只称死伤百余人。赞画主事丁应泰得知战败，至杨镐处商议应对计略，但杨镐竟出示张位、沈一贯的手书，扬扬自得。这令丁应泰愤而向朝廷回报战败事实，明朝首辅赵志皋欲保杨镐，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水军，并以海路运兵以作持久之计，5月明朝叫回攻略蔚山失败的杨镐，新增兵力给于刘铤、邢玠并调派水陆约5万军力进朝鲜，于是都督陈璘以两广之兵，刘铤以四川之兵，邓子龙以浙江、南京之兵赶至增援，明将张榜、蓝芳威等于此时参阵。6月，杨镐罢职候查，万世德代之。
鸣梁海战
战事再起之初，朝鲜水师在漆川梁之战几乎全军覆灭。无奈之下，朝鲜再次起用李舜臣。李舜臣到任时，原来苦心经营的水师，只剩下数艘舰只。但他因为身系救国重任，惟有在这个逆境里尽其全力，在全罗道右水营着手重建海军。
1597年8月28日，李舜臣指挥着这支刚重建的水师，再度与日本水师决战，而决战地就是在鸣梁海峡。
李舜臣守在鸣梁海峡，但因兵力薄弱，所以决定设陷阱，派人乘退潮时在岸边设置了铁索与木桩。
公元1597年10月26日， 日军统帅藤堂**率领133余艘战船出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼朝鲜水师。李舜臣首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以扰乱日军，使其以为朝鲜水师已恢复过来。他自己则亲率14艘战船引敌深入鸣梁海峡。在成功引诱日军进攻后，李舜臣随即发起集中的攻击，对准日军指挥舰攻去，结果歼灭了日 军指挥舰和其他战船2艘，并击毙日军主帅来岛通总。同时间，潮水开始退却，朝鲜舰船趁势进攻，日舰因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退，但却遇上李舜臣事先埋下的铁索和木桩，无法退却。结果朝鲜水师全力拼杀，击毙日军十数人，击杀三岛水军的大将得居通年、来岛通总兄弟击败了日本水师。（该战役有争议，这里采取朝鲜说法）。
1598年，日军小早川秀秋等部70000多人回国休整，以加藤清正，岛津义弘等64000人防守占领区。邢玠将明军兵力分为水陆四路，每路置一名大将，中路李如梅（后替换为董一元），东路麻贵，西路刘铤（外加朝鲜都元帅权栗），水路陈璘，各自负责握守要地，相机而动，进攻之时，各率约五万分三路，以麻贵攻蔚山、董一元、刘铤进攻泗川、顺天。9月底，明将麻贵再次包围加藤清正于蔚山，两军互有胜负，但最后遭到为了援救清正而前来的立花宗茂先以千人夜袭后以假营伏兵击之而败退。10月，总兵官刘綎、麻贵分道出击进攻日军，并大败之。然而董一元率兵3万余攻打日军新起的泗川城寨，由日将岛津义弘率7000兵力驻守，却因明军的大炮突然炸膛，并引起大营火药库连番爆炸，全军登时乱成一片，这时岛津义弘一看明军大营发生爆炸，随即命令日军出击，混乱中的明军大乱，泗川又被日军夺回，据诸葛元声《两朝平壤录》记载：“大将军、木杠已打破大门一扇、城垛数处，而彭兵皆京城亡赖，素不习战，亦不擅火器；忽木杠破，药 发冲起，半天俱黑，各兵一时自惊乱。倭因乘隙，从前小门杀出，直冲彭兵，皆溃走………彭兵三千，止存五、六十。”是为泗川之战。（另一路作战顺天城之战后来也以失败告终）
10月，丰臣秀吉于8月死于京都伏见城的消息传至朝鲜，日军士气因而受挫，开始准备撤退。
露梁海战
11月，日军无心恋战，由蔚山撤离，明军分道进击。加藤清正率乘船撤退。明军由陈璘提督水师，副将邓子龙、游击马文焕等皆由其统属。以战舰数百，分布忠清、全罗、庆尚各个海口。就在日军将领撤退之时，陈璘派遣邓子龙偕同朝鲜李舜臣联合出击，在露梁海上截击想援救小西行长的日军援军立花宗茂、岛津义弘、小早川秀包、宗义智、寺泽广高等部。
邓子龙率三巨舰向日军进攻，并自为前锋，与日军决战。战斗时曾携壮士三百人跃入朝鲜战舰以救援，直前奋击。但其他战舰却误掷火器于邓子龙的战舰，使战舰起火，结果邓子龙阵亡。而李舜臣领兵来援，率船队冲入敌阵，却被日军包围，不幸中流弹牺牲，明军继续战斗。随后副将陈蚕、季金等领军赶至，夹击日军，日军则因为成功让小西行长脱困而且战且退。而得以逃脱登岸的日军后为小西行长救走。这时刘綎方进攻小西行长，并夺取桥寨，陈璘以舰队一同攻击，再焚烧日军战舰数艘。小西行长的友军岛津义弘引舰队来援，陈璘亦将其击败，结果来援日军只得扬帆退去，立花宗茂则作为殿后，接应小西行长使其成功逃离朝鲜。
战争结果
12月，仍然留在朝鲜的日本残兵再次由乙山偷渡，但因为崖深而道浅，将士不敢进。结果陈璘在夜里潜入，向其连珠炮发，日军只得逃去，陈璘更领明军追击。[2]
1599年四月，明军班师回朝，万历帝升座午门，接受都督邢玠等献上的日本俘虏六十一人，都“付所司正法”，砍下来的敌人的头颅传送天下。同日，万历帝接受百官朝贺，祭告郊庙，把献祭祖先的果酒都分赐给了内阁官员们。次月，颁《平倭诏》诏告天下。
战争评价
万历朝鲜之役持续了七年之久，最后终以中朝两国的胜利，日本的失败而告结束。这次战争是中朝人民并肩战斗共同夺取胜利的一役，体现了中朝人民休戚与共、唇齿相依的密切关系。通过这次卫国战争，朝鲜人民维护了国家的独立，民族的尊严，中国也成功粉碎了日本侵略者侵吞朝鲜，染指中国的侵略企图。到清乾隆年间，到访中国的朝鲜人洪大容还曾对潘庭筠和严诚称道明王朝的再造之恩：“万历年间，倭贼大入东国，八道靡烂，神宗皇帝动天下之兵，费天下之财，七年然后定；到今二百年，生民之乐利，皆神皇之赐也。且末年流贼之变，未必不由于此，故我国以为由我而亡，没世哀慕，至于今不已。”
万历朝鲜之役是明朝战史上较为精彩、较为曲折的战例之一，史称“其军威之盛，战胜之速，委前史所未有”。这是一场公平的较量，在战场上，明军和日军均有过良好表现，当然，双方也都在不同时期犯过错误，遭受过败绩。而在停战议和期间，中日双方政治和外交手段的角逐，一波三折。同时，战争期间也有极富戏剧化的人物和荒谬的事件参差其中，颇具野史和演义色彩。战与和期间无休止的纷争，使整个战争的进程诡谲多变。当后人透视这场战争的全过程时，必会被其跌宕起伏、风云变幻的场面和情节所吸引。[4]
柯胜雨：朝鲜之役惨败于明朝的记忆犹新，日本人长期深刻反省，再也不敢主动挑战业已形成的东亚政治秩序，从而保证了东北亚三百年的和平稳定。
樊树志：神宗决策两次东征，御倭援朝，是及时的、果断的。否则不仅朝鲜不保，而且辽东、山东及东南沿海将永无宁日。这场战争虽然耗费了明朝巨额财力，却换来了边境的长期安宁，其意义是不可低估的。
朱尔旦：万历东征战争结束以后，继承丰臣秀吉野心的部分日本人再次打朝鲜的主意已是296年后，这一次日本悍然发动甲午战争。让这群人老实了这么久，不敢轻易挑衅中国在东亚领导地位的，正是万历朝鲜战争。一仗打出了近三百年的和平，便是此战最为积极、最为伟大的意义。这样的评价，足以告慰400多年前，牺牲在异国他乡的大明英烈。
郑学稼：明朝为着朝鲜“世称恭顺，遽遭困厄，岂宜坐观，若使弱者不扶，谁其怀德？强者逃罚，谁其畏威？”的缘故，毫无报酬地牺牲许多人力、财力，中华民族之伟大处在此。
战争影响
概要
万历朝鲜之役[5]对当时东亚的政治军事格局有着影响。由于此役，朝鲜从亡国到复国，付出了沉重代价。日本丰臣秀吉集团的势力元气大伤，为其不久后的垮台埋下伏笔，日本随即进入德川幕府时代。因此，从长远来看，万历朝鲜之役实际上起到了重新整合东亚各国政治军事力量的作用。
明朝由于辽镇精锐遭到损失，短期内无力进剿后金力量，只能坐视努尔哈赤日益强大，最后对明朝形成了致命的威胁。朝鲜惨遭连年兵祸，遭受重大损失，国势一蹶不振。日本丰臣集团在这场战争中也元气大伤，丰臣集团遭到削弱，在后来的关原之战中不敌德川家康，最终为其所灭，日本从此进入德川幕府时代。但值得注意的是，丰臣秀吉的大陆征服计划失败后，日本国内不少人不断鼓吹其计划，致使日本对外扩张思想在此后300多年间日益猖獗。
对明朝
7年的战争明朝方面虽胜，但却带来了严重的后果：削弱了辽镇的军事实力。此战后辽镇的战斗力开始下降精锐损失殆尽。短时间无法恢复据户科都给事中李应策统计，辽东原有兵额95000，至万历二十八年（1600）只有40000，也就是说减少了60%；壬辰战争后，辽东兵力之不足、防御之单薄可见一斑。这恰恰成为一些有野心的少数民族首领提供了扩展势力的良机，蛰伏已久的插汉部蒙古开始猖獗骚扰明朝边境和建州女真努尔哈赤建立后金便是明证。
根据1569年兵部侍郎谭纶的记载，明朝全国军队定额为313万8300人，而实际上仅有84万5000人。推测北边服役的军士为50万人，马匹10万匹，这些数据是根据黄仁宇所著《16世纪明代中国之财政与税收》中引述大明会典与皇明经世文篇所推估的。就支出的经费方面，对于明朝也是一个巨大的负担，明朝税收有一个特性是税率极低，据统计税率在5.5%~12%之间，所以一般正常情况下，政府税收是无法支应突发状况，而援助朝鲜的支出在实质上是由太仓库支应的，太仓库在1592年时有700万两，每年流入是约当209万2000两，以军费而言，一年支出平均是240万两左右，也就是援助朝鲜的支出造成了太仓库的赤字，再考虑到万历三大征发生的年代几乎都接近，这也就是为何在万历过世后，根本上太仓库是已经完全匮乏的原因，也造成财政的紊乱。
对朝鲜
朝鲜在战争里被日军侵略，使得人民流离失所，在战争期间，大量人口死亡或被日本军队掳掠。首都汉城的户数从战前的8-9万户减到战末3-4万户。战后全国户籍人口只有战前的六分之一，数十万人口被日本掠夺。战后百业萧条，农业产量更大减，使得朝鲜社会处于崩溃边缘。在战争之后，朝鲜断绝了与日本的邦交，直到1604年时朝鲜高僧惟政访日，此为与日本和解的破冰之旅。至1609年，朝日签订《己酉约条》，宣告正式结束战争状态。
对日本
日本的丰臣家侵朝失败，使其嫡系部队受到损失。此事遭到五大老之一德川家康的利用，于1600年展开关原之战，反德川联合军与丰臣文治派的联军（史称西军）同德川军与丰臣武功派的联军（史称东军）间的战争，丰臣秀吉之子丰臣秀赖虽然尚年幼，其母淀夫人实际掌权，在东、西两军中保持中立。但此战之以德川家康的大获全胜而结束，故使丰臣家的威信大不如前。1603年，德川家康任征夷大将军，开创江户幕府。1615年大坂夏之阵德川家康彻底歼灭丰臣家。
这场战争中，日本掳掠了朝鲜大量的学者、知识分子、陶工、手工业者、技术工人到日本。这些朝鲜被掳人对战后 日本社会的发展产生了重要影响，如朝鲜陶工李参平就是日本著名陶瓷品牌有田烧的陶祖。
后世争议
《明史·日本传》虽把战争的终结归结为：“秀吉死，诸倭扬帆尽归，朝鲜患亦平。然自关白侵东国，前后七载，丧师数十万，糜饷数百万，中国与朝鲜迄无胜算。至关白死，兵祸始休，诸倭亦皆退守岛巢，东南稍有安枕之日矣”。然而这一说法争议很大，尤其是丧师数十万之说，明朝从战争初期一直到最终结束兵员数量仅仅增添至十万人，而且各路大军英勇奋战，军队统帅又都布兵合理。所以记载来源可能源于言官丁应泰的诬告。
万历朝鲜战争，又称万历朝鲜之役、万历援朝战争（朝鲜称：임진조국전쟁/壬辰祖国战争；韩国称：임진왜란/壬辰倭乱；日本称：文禄・庆长の役/文禄庆长之役），指1592年—1598年（明万历二十年至二十六年，日本文禄元年至庆长三年）中朝人民抗击日本侵略朝鲜的战争。
1588年，日本太阁丰臣秀吉基本统一日本后，以朝鲜拒绝攻明为由侵入朝鲜。日军在战争初期处于优势，一个月内攻陷朝鲜王京汉城，朝鲜国王李昖北逃义州，向宗主国明朝求援。明朝派李如松统领4万大军抗倭援朝，取得平壤大捷。在碧蹄馆之战后，明 日双方开始议和。同时，朝鲜全罗道左水使李舜臣在海上取得多次海战的胜利，大大鼓舞了军民士气和抗敌的决心。1595年，战争第一阶段基本结束。
1597年正月，日军14万大军再侵朝鲜。朝鲜二次求援，明朝调7万兵力赴朝救援。日军在秀吉死后难以为继，遂从朝鲜半岛撤退。中朝联军在陈璘、邓子龙、李舜臣的指挥下，取得了露梁海战的胜利，但李舜臣和邓子龙壮烈牺牲。万历朝鲜战争以中朝联军的胜利告终。
万历朝鲜战争对当时东亚的政治军事格局有着深远影响。此役是明朝对外战争最后的辉煌，不仅保卫了朝鲜半岛，还进一步巩固了中朝友谊。朝鲜从亡国到复国。日本元气大伤，丰臣秀吉集团的势力被削弱而间接导致德川幕府崛起。从长远来看，万历朝鲜战争实际上起到了重新整合东亚各国政治军事力量的作用，奠定了之后300年东亚的和平局面。
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