张献忠去世以后，他的四个义子继续主持大西朝廷的大局：而张献忠的四个义子中，孙可望成了事实上的首脑，但这个首脑地位，毕竟不能和张献忠在世的时候相提并论。而这种割据，也为后来的历史发展埋下了因果。
直到南明永历五年（清朝顺治八年，西元1651年），孙可望等人宣布尊永历帝为皇帝，并使用南明旗号。而当时的永历帝所拥有的，也仅仅是南明皇帝尊号这个空头衔。所以，此时的南明朝廷，虽然名义上还是南明，但其内核，依旧是孙可望主导下的大西政权。
当然孙可望骨子里并不是真的想尊永历帝为皇帝，而是打算自己做皇帝，使用永历帝的名义为自己正名：即将来可以胁迫永历帝禅位给自己，然后自己做新王朝的皇帝。孙可望的行为引发了大西农民军的内讧，最终，孙可望在斗争中失势，于是投降清军，并为清军提供了大量关于大西起义军的内部情报，为清朝消灭西南地区的抗清力量，提供了巨大的帮助。
在1650年南明主要抗击清军是明朝官军，但1650年之后南明主要抗击清军武装力量是农民起义军，才能苟延残喘。
大西军是张献忠建立的，但是这1647年张献忠战死后，大西军主要由他的四个养子领导，主要领导人是孙可望，孙可望率领大西军的加入直接让南明实力大增，但是南明朝廷对农民起义军有较大偏见，其中出现许多矛盾。
永历十年（1656年），孙可望想要弑帝自立，永历帝处境岌岌可危，幸亏另一派军阀李定国出手，救出了他，他又回到了云南。但此时的南明已内讧迭起，李孙二人大战，孙可望势穷降清。
孙可望降清后，将西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽被清军所知
永历十二年（1658年），清军分三路攻入贵州，吴三桂又亲率兵攻云南，次年正月攻下昆明，李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽。
永历帝此时已如丧家之犬，只能向西逃入从前的附属国缅甸，过上了艰难的生活。
此后李定国曾连连交涉，欲迎他回云南，均被缅甸国王拒绝。永历十五年（1661年），吴三桂进兵缅甸，向缅甸国王索取朱由榔。
缅甸国王莽白刚弑兄自立，内部不稳，无力与吴三桂对抗，只得答应吴三桂的要求，八月十二日在诱骗永历帝一行至咒水，杀尽永历帝侍卫。
永历十六年（1662年）一月二十二日，缅王莽白将永历帝献给吴三桂，永历帝的被俘也宣告了明朝皇统的彻底灭亡。至此，大明实际已正式灭亡。不过这些都是后话
永历年间，虽有两蹶名王李定国的辅助，但南明朝堂被大西政权所掌控，皇帝形同虚设且十分软弱无能，权臣争斗，自己身边全是大西政权的眼线，名臣不被重视，导致复国大好机会尽失，令人惋惜。
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