警部剑持勇为弥补当年没带老婆去渡蜜月,决定带她来趟邮轮之旅,却因经济上的考量,而选择了前往小笠原岛的皇家飞翼号
向往铁达尼号情节的金田一,也参加了这趟旅行,而青梅竹马的美雪,更是找了神秘现象研习社的成员一起参加,或许是因为行程太单调,整艘船上乘客只有8人,而航海员也只有6名
第一晚,当大夥在甲板上用餐时,神秘现象摄影家赤井表示,这艘船就是传说中的玛丽赛雷斯特号,已经被幽灵船长所占据,大家听了虽害怕却不以为意
没想到隔天早上就发现船长鹰森失踪,当剑持破门进入船长室时,发现房间里正在准备早餐,显示船长几分钟前应该还在房里,却四处找不到他的人影
一等航海员若王子认为,船长可能是失足坠海或是自杀,但金田一在电灯开关上发现一个血迹,於是剑持便朝著他杀方向,对所有人进行不在场证明的调查,没想到所有人的不在场证明都很完 美,案情因此陷入了胶著状态…
此时的金田一因为被救生艇撞到,差点坠入海中,就在此时,船上的轮机长大槻及时伸出援手,把金田一给救上了来
因为被金田一的热忱所感动,轮机长大槻决定著手修理引擎
没想到隔天早上又发现若王子失踪,桌上留下一封用摩斯电码所写的信,金田一请大槻翻译後,才得知若王子因罹患绝症而厌世,但因为怨恨鹰森船长和水崎,所以想在自杀前杀了他们,不料却误杀了无辜的加纳,此事让他懊悔不已,所以决定自尽来向加纳谢罪。原以为案情已经告一段落,但就在金田一因为小感冒,打电话给客房服务员洋子,请她送来一杯热牛奶之後,让金田一解开了一切的谜底……
金田一一…凶手就是你吧?洋子小姐
洋子:【一愣】你在说什么呢?金田一君
金田一一其实,整件事我已经都弄明白了,凶手就是你
最后洋子承认了自己的罪行,众人安全的回到了岸边……