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湛蓝的天空白色的云，海面上停留着几艘游船。从各方面来看是一个适合出海的天气，但是因为某种原因小智一行人没有赶上通信船而停留在小码头上。距离下一班船要在三个小时候才会发出，正当众人无聊的坐在码头上时两只皮卡丘好像发现了什么一直看着海面。

“皮~皮卡丘！”奈子的皮卡丘扯了扯奈子的衣服示意她看向大海，“那是什么神奇宝贝？看起来没什么精神啊。”注意到皮卡丘的动作后奈子在海面上看到一只形状像海马的神奇宝贝正看向这里。“是墨海马哎！好可爱！不过它好像受伤了？”因为它们的距离不是很远所以小霞很快在墨海马身上看到了伤痕，这时墨海马在海面上用墨汁画出了一个章鱼形状的图案，“它好像有什么话想告诉我们？”小智疑惑的看着那图案。

“不管怎么样，先把它带回去疗伤再说。”小霞正准备收服墨海马时，海面上的一艘游船突然爆炸船上的人有些掉入海中。“出来吧大家，去救那艘船上的人。”“美纳斯、波加曼你们也去帮忙，小智你和小刚去找小船。”奈子和小霞放出各自神奇宝贝后坐着小智和小刚找到的小船过去载人，所幸船上的人不是很多但其中有一人全身麻痹嘴里还念叨着快去告诉社长的话。

根据员工所说的位置小智一行人来到这里见到了这位社长，却发现眼前这位社长特别的眼熟。经过介绍大家知道她是那位蓝普鲁奇婆婆的表妹金婆婆“如果不是那群玛瑙水母阻拦。这里早就是极品的渡假区了”金婆婆恶狠狠的说道，随后拿出丰厚的奖励但前提是希望小智一行人能赶走玛瑙水母。小霞听后很生气的拒绝这个请求奈子也不愿意，随后俩人拉着他们离开这里。

回去的路上小霞不断吐嘈着金婆婆，直到看到墨海马才停了下来。看着恢复精神的墨海马大家也稍微放心了些，就在这时广播里传来了金婆婆的声音。听到有丰厚的现金奖励，小镇上的人们个个拿起武器往码头赶。等小智一行人来到码头时，这场无形的战争已经开始了。

因为火箭队的秘密武器使玛瑙水母进化成巨型的毒刺水母，大家在君莎小姐的指挥下来到安全的地方。看着毒刺水母在城市里大肆破坏，小霞的心情也十分的沮丧。这时毒刺水母停止了攻击反而利用喵喵说话的能力告诉人类原因。水里的墨海马想要劝阻，却被毒刺水母打伤幸好被比比鸟接住。它的举动引了现场人们的感动，神奇宝贝们也愿意和巨大的毒刺水母作战。看着外面的毒刺水母小霞下定某种决心，刚把墨海马交给奈子照顾时对方却将一颗精灵球放在她手里并嘱咐到一定要平安回来。

看着手里的精灵球小霞顿时明白奈子的意思，感动的同时也保证自己会平安。看到小霞离开后奈子的注意力才回到外面的战斗上，虽然神奇宝贝们都很努力的战斗但对于毒刺水母来说这些伤根本不算什么。最后还是小霞在天台上的苦苦请求才让毒刺水母意识到了什么，带领其它水母回到大海里去。

经过这次的事情城市里的人们意识到错误之后，决定不在做侵犯它们的领地的事情反而要跟它们友好的相处。在小霞收服墨海马后小智一行人坐上通信船，前往下一个城镇。