原创人物有些多…
宫本秀瑛
化名为堂本千绘/伊藤秋郁,16岁。父母被组织暗杀,13岁去组织做过卧底,身份暴露后被组织灌下APTX-4869身体缩小,化名为堂本千绘,被堂本中良医生收养。与X关系微妙。
堂本中良
天才医生,帝丹高中前校医。收养了千绘,后来被组织视为威胁而遭到追杀。
X
化名江端克难。组织高层人物,秀瑛进入组织的上司和老师,柯南的劲敌,心狠手辣,诡计多端,似乎有着什么不可告人的秘密。
堂本中平
堂本中良的弟弟,中文老师,诙谐幽默,正义感强。因组织的一封中文信以及受中良的牵连而被组织盯上。
宫本秀川/宫本珍惠
宫本秀瑛父母,被派到组织做卧底因保护自己人而被组织所杀,组织公敌。
白鸽
公安派往黑衣组织最神秘的卧底,如同鬼魂一般没有踪迹,被赋予“为达目的,不择手段” 的“使命”。他的真实身份是?
立原真海
本名新井真奈卉,组织护工,性格桀骜不驯,15岁时,曾被X在其家人前假装杀害,随后被带到组织,恨透了组织和X。
藤原正清
X最亲近的部下,精明能干,和秋郁关系很好,但渐渐对黑衣组织的本质感到怀疑。
涩谷千代
组织基层成员,看似笨手笨脚,实则深藏不露,后来被组织除掉。似乎身份不一般,X对其十分感兴趣。
雨宫竹君
X喜欢的人,纯洁善良,空闲时间照管母亲的花店。有四个兄弟姐妹。有些怀疑X的身份。
平田泽树
铃木淳牺牲后秀瑛的接头人,知道千绘的真实身份。被X评价为“公安少有的能与组织直接对抗的年轻人”。
下面的人物不常出现:
宫本由香:宫本秀川的妹妹,秀川消失后也神秘失踪,没有证据表明被组织所害。
广末老师:X初入组织的老师,一位善良,可敬的老先生。
铃木淳:宫本夫妇、秀瑛最初的接头人,后来被组织所杀。