城都联盟，新的旅程

在回到真新镇的小智等人，遇到了不久前刚分离的小刚。之后在小健的请求下，几人准备前往大木博士的研究所。

花子妈妈好了，你快点去大木研究所吧！等晚上记得过来举办庆功宴。

小智好，我出门了！

在前往大木研究所的路上，小建显得很不安。

小建小智你说大木博士会认可我的作品吗？就这样去是不是太唐突了。

小智小建，你别担心。大木博士很和蔼的，你不是要成为他的助手吗？要有信心才行啊！

小建好……好！

来到大木研究所后，正看见大木博士与臭臭泥在玩。

小智大木博士，我回来了！

大木博士哦，小智回来了！有没有收服新的神奇宝贝啊？

小智你先别急，我这里有个朋友想见见你。

大木博士谁啊？

小建大木博士，你好！我的名字叫小建，是以您为目标的神奇宝贝观察家。

大木博士小建，你好！

小建这是我旅行时，自己观察记录下的神奇宝贝。请您看一看。

大木博士好！你的观察能力很强啊！我可以邀请你做我的助手吗？

小建太好了！没问题！

小智还有大木博士这是GS球，还有之前我在内木博士那里尝试开启后，从里面飞出的雪拉比。

大木博士什么！雪拉比！在哪里给我看看！

小智出来吧！雪拉比！

在小智放出雪拉比之后，大木博士变得十分激动。

身为熟知剧情的小智，当然知道他激动的原因。

在晚上，小智和小刚大展身手，做了很多好吃的。

在经过几天的研究之后，大木博士把小智叫到研究所。

大木博士小智，这个GS球还是继续由你保管吧。我估计它的能力和雪拉比有关，而雪拉比又比较亲近你，所以它在你手里我很放心。

大木博士对了，最近小茂到城都地方旅行了，那里也有神奇宝贝联盟，你要去吗？

小智当然了！

在决定好前往城都地区之后，小智和小霞，小刚两人一同踏上了旅程。而小健则是留在大木研究所帮忙。

离开真新镇的小智一行人，以城都地区的若叶镇旅行。在遇到新的劲敌奈奈以后，他们来到了一篇深林之中。

在小智他们成功化解了赫拉克罗斯和大甲的矛盾之后，小智成功收服了那只喜爱妙蛙种子花蜜的赫拉克罗斯。

之后在众人继续前往桔梗市途中，小智也是成功收服了菊草叶。在旅行了数天之后，终于来到了城都联盟第一间道馆所在地——桔梗市。

乔伊小姐好了，训练家小智。你的信息已经录入神奇宝贝城都联盟的名单里了。这是徽章收集盒请收好。

在神奇宝贝中心正式登记成功后，几人来到了飞翼道馆下方。在认识了道馆训练家阿速之后，来到了一片开阔的对战场地中。

阿速你好小智！我不会手下留情的。

小智没问题！

裁判现在开始展开以徽章为赌注的神奇宝贝决斗，可使用的神奇宝贝为三只。只有挑战者拥有替换神奇宝贝的权利，请开始比赛。