传说中，在混沌之初，一颗蛋孕育出了创造世界的宝可梦——阿尔宙斯，与此同时，还孕育出了另一只创世宝可梦，他的名字叫谱尼。
阿尔宙斯和谱尼一起创造了无数世界，这些世界随着时间流逝，诞生了无数生命，最先是宝可梦，那时宝可梦进化的高级阶段后，还可以突破自身进行超进化，与mega进化不同，超进化是由宝可梦自身力量和潜力而爆发的，但由于宝可梦不断进化，力量不断增强的同时，野心也随之放大，为了争夺世界，战争爆发了，阿尔宙斯发现力量的增强会导致宝可梦们改变初心，引发战乱，但谱尼不同，他认为导致宝可梦改变初心引发战乱的不是力量，而是他们本身不理解力量的用法，走上了错误的道路，于是他们有了分歧，阿尔宙斯利用本身的元素之力重新创造了相似的世界，为了防止战争，他刻意封印了宝可梦们超进化的力量，但由于缺少谱尼的帮助，又因为超进化被封印，等同于封印了新力量诞生的可能性，这导致这些世界和之前的比少了一些属性，再后来，人们将谱尼掌管的世界称之为神域，阿尔宙斯掌管的，也就是我们所生活的这个地方，称之为凡域。
对战金字塔降落后，神代先生与小智等人见了面，他告诉小智自己在探索遗迹时误闯了通往神域的神秘之门，对神域的事情略知一二，因为探测到美乐美乐岛有来自神域的能量反应，就迅速飞了过来，了解事情原因后，为他们讲起了与神域相关的传说，与此同时，神代注意到了抱着卡茨的神秘少年，上前仔细打量了一番。
神代我好像记得你，你是住在格雷斯城的魔灵一族的二王子，全名叫伯莱恩，你有个哥哥叫伯恩，和一个妹妹叫伯莱尔
莱恩感到惊奇，眼前这个陌生男人居然这么清楚自己的底细，由于之前的遭遇，面对可疑的陌生人，他习惯性的后退几步，做出了警惕，其他人更是惊呼莱恩这个王子的身份。
·莱恩不，我不是什么王子，我只是被收养的孤儿，而且
说着说着，莱恩眼睛湿润起来，带着一丝抽泣
·莱恩格雷斯城已经被邪灵组织攻陷，所有人都死了。
莱恩把目光放在了小智和皮卡丘身上：
·莱恩小智你们应该感受到了吧，来自强大力量的支配，你们合体的时候性情大变，连自己都无法抑制的战斗本能让你们失控暴走，甚至是想结果对方的生命
听到这话的小光立刻坐不住了，快步走到莱恩面前反驳
小光你胡说，小智才不会做这样的事
·莱恩那你问问他们吧
此时众人的目光都集中在小智和皮卡丘身上，面对质疑，他们没有反驳，而是低着头，似乎在承认莱恩说的事实。
时间匆匆流逝，小智终于缓缓开口，但他的声音中却带着明显的害怕和不安。从他的言行举止中，可以看出他内心的挣扎和恐惧。
小智“和皮卡丘合体后，我产生的第一个想法就是想快点救下小光”
听到这话，小光松了一口气，然而小智接下来的话却让她惊恐万分。
小智但想救人的同时，我也非常渴望战斗，想不断战斗，那一瞬间我起了杀意，我不明白为什么我会有那种想法
镜头一转，塞纳留斯带着那堆被打败的失败者来到了被占领的格雷斯城。
塞纳留斯“我说威斯克，你的手下是不是太招摇过市了？跑到凡域去闹事，还引出了一点小麻烦”
黑衣人：威斯克哦？
威斯克邪笑一番，对塞纳留斯的话不屑一顾
黑衣人：威斯克你们黑暗议会不是挺有能耐吗？一点小麻烦也怕成这样？
塞纳留斯摇摇头，转身就要离开
塞纳留斯议会那边已经派出七罪去处理，不过我事先提醒你，你的手下让雷神又回来了，不，应该说又多了个雷神
威斯克先是一惊，又冷静思考了一番，又邪笑了几声。
黑衣人：威斯克布莱克
随着威斯克一声呼喊，一个新的黑衣人出现在威斯克面前。
黑衣人：威斯克“你跟上去暗中观察”
镜头回到阿罗拉
在众人的质疑下，小智坦白了自己的心声，他怕自己的异常会伤害到别人，这也让他彻底了解了莱恩常年被诅咒之力迫害的痛苦，但害怕归害怕，小智对自己哥哥小勇的事很在意，自己的哥哥在六年前的旅行里突然失踪，今天他明白了，失踪的哥哥是去了那个叫神域的地方，他想去神域，却遭到了神代的阻拦。
神代“你和皮卡丘现在的情况很不稳定，在神域，恐怖分子不止有人类，还有那些强大的，心灵扭曲的宝可梦，你就这么过去和送死没区别”
就在神代指责小智的鲁莽时，莱恩打断了他，他低头看看自己和卡茨的玄武圣石，随后换了一双坚定的眼神看向小智。
·莱恩“你如果真的是小勇哥的弟弟，那你一定能压制住狂暴”
小智刚想询问，再次被莱恩打断：
·莱恩六年前，一个来自凡域的人闯入了神域，意外得到了麒麟圣石，通过吸收麒麟圣石的能量，和自己的搭档宝可梦——捷拉奥拉进行合体，战斗，神域的人把他们合体后的形态叫做雷神雷诺，他也曾失控过，但他克服了，可就在一年前在和敌人战斗中，失去了联络，至今生死未卜，我父亲去寻找他时只发现了丢失的麒麟圣石
听到这，小智更加坚定了自己的想法，莱恩给他提出了一个条件，给他们一天的准备时间，用合体形态和莱恩进行一对二的宝可梦对战，赢了才能去。
此时在一旁不说话的莎莉娜感到了一阵晕眩，她闭上眼后，脑中立马浮现出无数只眼睛，和一个有点熟悉的背影。
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小智“真是不眠之夜啊”
皮卡丘“pi ka?”
晚上回到库库伊博士的小屋子，躺在这个家中，翻来覆去睡不着。
小智算了，不睡了，皮卡丘，我们去特训吧
皮卡丘“pi ka pi ka”
他们起身蹑手蹑脚的往门口走去，深怕吵到别人，刚走到门口，就被叫住了，转头一看，库库伊博士和芭内特博士都还醒着，芭内特博士怀里还抱着已经熟睡的小雷伊。
库库伊博士“这么晚了出去特训吗？”
小智嗯，我很担心和莱恩的对战（似乎很没信心）
库库伊博士别想太多，你和皮卡丘是最棒的。（揉了揉小智的头）
芭内特博士“有烦恼尽管来找我们，小智也是我们的家人呢”
芭内特博士小声说到，对面前这个孩子，库库伊和芭内特就像对待自己孩子一样非常格外爱护他。
小智非常感谢！
皮卡丘“pika”
带着皮卡丘转身就跑
小智我出去了！
库库伊和芭内特愣在原地，最后相视而笑
芭内特博士你说我们算不算小智的干爹干娘呢？
库库伊博士这我可说不准，你得亲自问那孩子，不过我希望我们的孩子也能像他这么优秀
此时夜晚的海边多了一道风景线，一个少年带着一只皮卡丘不断奔跑，月光将他们的影子深深印在沙滩上。
跑了很长一段时间，汗水淋漓的他们坐在地上，面容疲惫却不失优雅。
小光累了吧，给
一道甜美的声音从背后传来，小智和皮卡丘往后望去，一位蓝发少女将两瓶水递到他们手中，皎洁的月光衬托着少女的脸颊，显得格外美丽
小智小光？你怎么来了？
小光我睡不着，出来看看风景，就看到你们两个在海边狂奔
说着，小光坐到了小智旁边，脸色渐渐从微笑变得沉重
小光那个，小智，我很抱歉
小智唉？
小光的这声道歉让小智感到奇怪。
小光白天的时候我对小智的那些话……
小智没有关系
没等小光说完，小智打断了她
小智“我自己也很难相信我自己，毕竟突然失控的话，会伤到你们的，现在想想莱恩和卡茨这些年真是不容易”
小光那个，小智，我……有个问题
小光突然变得扭扭捏捏，脸蛋两边还微微泛红。
小光你……你说你和皮卡丘合体后第一反应是想救我，当时你为什么会这样想？
小智这还用问吗？因为我很在意小光啊！（感到疑惑）
小光唉？（脸红）
这话让小光彻底破防了，微红的脸瞬间变的通红，正当小光想再次确认时，小智又说话了。
小智毕竟是朋友嘛
原本感到兴奋的小光，内心在那一瞬间凉了一地，摆出了一副失落的模样
小光只是……朋友吗？（小声）
小智什么？
小光没没没，没什么
嘴上说着没什么，可其实小光心里早就开始吐槽了
小光什么嘛，这么久了小智还是个木头脑袋。
皮卡丘pi ka qiu（皮卡丘只能对这傻傻的主人无奈的摇摇头）
远处一双眼睛正盯着他们的所作所为，正是小光的青梅竹马，一大股醋意涌上心头，他实在忍不住了，想冲过去打断两人的亲密。
#·莱恩你很在意他们两个人啊
健悟还没走，有人叫住了他，来者正是来自神域的白发少年莱恩。
健悟“才没有，只是正巧路过好奇而已”
眼看事情坏了，健悟只能装作毫不在乎的样子走离了现场。
#·莱恩哼！
莱恩直勾勾地盯着健悟离开，他很早之前就在附近观察着小智，中途发现了跟踪小光的健悟，不禁笑了几声，因为他眼睁睁看着健悟躲在暗处盯了海边的两人半天，这种口是心非的行为让他感到想笑。
第二天，众人齐聚在对战金字塔内，神代先生很大方的将金字塔借给他们进行对战。
神代助手：奏太郎双方准备
随着裁判一声，小智和皮卡丘闭上双眼，顺便用深呼吸来平静自己的内心，等他们再次睁开双眼，他们的眼睛再次变为交杂闪电的金色，伴随着光芒再次合而为一，强大的力量涌现出来，身体周围不断泄露着电能，就在这时一声鸣叫传来，只见卡噗鸣鸣迅速飞进来，落在了莱恩前面。
#·莱恩卡噗鸣鸣就是你们的第一个对手
卡璞鸣鸣鸣鸣
莱恩朝神代先生点了点头，神代先生收到信号后，按下了一个开关，只见战斗场地渐渐升起一道能量罩，将他们都罩在里边，而莱恩站在能量罩外，在罩子即将关闭的一刻扔出了精灵球，从精灵球里出来的是一只酷似猛虎的兽形宝可梦，此时莱恩启动图鉴。
宝可梦图鉴猛虎王，虎宝可梦，地面系，有很强的自尊心，性情凶猛
·莱恩“猛虎王是我之前误入邪灵组织营地时救出来的，当时它脖子上被戴上了一个实验项圈，无时无刻激怒着它，一直处于暴走状态，我没法摘下来”
刚说完，猛虎王发了疯似的朝对面漏电的家伙扑过去，而卡噗鸣鸣飞上高空，寻找着进攻的时机，小智和皮卡丘慌乱之中使用雷电进行攻击，但他们忘了电系的攻击在地面系面前就如同毛毛雨，丝毫挡不住发狂的猛虎王，硬生生被顶在能量罩上，卡噗鸣鸣找着了机会，使用自然之怒进行了攻击。
地上的狂暴愤怒，天上的冷静分析，这种配合让还未掌握住力量的他们吃了个大瘪，就在这时，猛虎王发出一声咆哮，身体发着光，之后全身被石头覆盖，等石头爆开时猛虎王的模样发生了改变。
宝可梦图鉴震天猛虎王，猛虎王的超进化形态，势猛如山，虎啸生风。
金色宝可梦那就是超进化吗？
震天猛虎王发出嘶吼，同时头上的独角闪着微光，渐渐变成了利剑形状，直直往前冲，小智和皮卡丘无法稳定操控合体后的能量，也进入了失控状态，承受了震天猛虎王攻击后，死死抓着对方拼命释放电能，虽说是地面系，但近距离频繁的遭受强大电能的攻击还是让它感到稍稍麻痹，空中的卡噗鸣鸣再次找到机会，径直冲过去撞击，为了防止猛虎王攻击自己，卡噗鸣鸣攻击完后又再次升空。
此时的他们软弱无力的趴在地上，想再站起来却被震天猛虎王又踩了下去，锋利的爪子不断进行拍打，在背上留下了道道抓痕。
眼看小智就要败北，莎莉娜着急了
.莎莉娜这样下去，小智他们会有危险的”
格拉吉欧莱恩，快把猛虎王收回去。
但莱恩丝毫不为所动，这时一声加油声吸引了全场注意。
小光小智皮卡丘，站起来，加油！
波加曼“bojia bojia bojiajia”
是小光和波加曼穿着拉拉队队服正在鼓励着他们，健悟从小就认识小光，也是第一次看到她为了一个男孩如此拼命，心中满是心酸与嫉妒。
·莱恩小智，皮卡丘，放下心中的混乱，好好想想自己是谁，为了什么目的而奋斗。
此时震天猛虎王还在不断拍打，但身下的这只金色宝可梦眼中却多出了一丝坚定，他看向观众席，看着为他担心的伙伴，看着给他打气的小光，看着他在阿罗拉的家人。
金色宝可梦我想见识更多的宝可梦，想跟他们交朋友，想像我哥那样去守护别人
他顶着身上的猛虎王努力向上爬起，周围的雷电也随之不断交织着，与之前的无规则不同，这次的雷电有序排列着。
雷伊我是谁，我的名字叫雷伊
他抬头看着莱恩，似乎想表达自己的决心，观众席上的库库伊博士眼中闪着微微泪光
雷伊我是，雷神雷伊
（ 雷伊，电灵宝可梦，由小智和皮卡丘吸收麒麟圣石融合而成，全身被电流所包围，尽显王者风范。）
此时一股巨大的能量涌现出来，将震天猛虎王击飞，连能量罩也被这股力量一并击碎。
·莱恩已经自称雷神了吗？（暗暗一笑）
雷伊飞向空中，双手紧握着团团雷电。
雷伊雷神天明闪
雷伊在手中汇聚着雷电，在空中形成一团巨大的等离子云，接着手一挥，云里放出大量强大雷电直击卡噗鸣鸣和震天猛虎王。
神代先生看着如此庞大的能量聚集，瞬间慌了神。
神代快停下，对战金字塔会崩塌的！
此时的雷伊不再像之前不受控制，听到神代先生的劝诫后，立马收手，而卡噗鸣鸣和震天猛虎王也躺在地上一动不动。
神代助手：奏太郎由于卡噗鸣鸣和猛虎王失去战斗能力，此次对战获胜者是小智和皮卡丘
刚说完，卡噗鸣鸣就再次爬了起来，不过它没有再次攻击，和雷伊对了一个眼神后又拍拍莱恩的肩，飞出了对战金字塔，而雷伊则解除了合体状态，小智和皮卡丘躺在地上大口喘着气，这可把别人吓坏了。
小智别担心，只是太累了想休息会儿
莱恩走到昏迷的震天猛虎王身前，发现脖子上的项圈已经被破坏，这就说明它再也不会因为愤怒而失控了。
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对战由小智胜利，按照约定可以前去神域一探究竟了，收拾完残局后，小智面临一个新的问题，他要如何前往神域呢？
·莱恩我之前是通过一个叫星际之门的装置过来的，那是神域的科学家用来穿梭神域凡域的道具
听到这，神代先生突然回想起什么，带着众人来到一个神秘房间，开门的瞬间，莱恩瞪大了双眼。
·莱恩你怎么会有星际之门？
说着走上前仔细观摩了一番
·莱恩看着已经废弃很多年了，而且型号很老旧，不过应该还能用。
神代这是我之前从我误入神域的那个遗迹里搬过来的
水莲嗯？
玛奥怎么了？
水莲我在想，这算不算偷盗？
神代咳咳！（尴尬）
神代不要在意这些细节
与此同时，莱恩在门上找到了能源核心的开关，打开后摘下自己的吊坠放在里面，星际之门似乎在吸收那半块玄武圣石的能量，门的中间开始扭曲。
#·莱恩成功了
星际之门顺利开启，莱恩收回了玄武圣石，准备叫小智出发，星际之门内部却飞出一把燃着火焰的长矛，而小遥却刚好站在了那矛前进的方向，危机时刻，小智一把将小遥拉开，这才避免了一场悲剧的发生。这时，一个冒着火焰的宝可梦从星际之门走了出来。
逊德斯就是你们？塞纳留斯真是小题大做，不过就一群小屁孩而已
说着，将火矛召回到手中
逊德斯我在神域等着你们把小命送过来
小智那家伙是谁啊？
皮卡丘pika（生气）
·莱恩“他是七罪之神之一，拥有格斗系火系双重属性的傲慢之神逊德斯，就如同他的代号一样，非常傲慢，向来谁都看不起”
宝可梦图鉴逊德斯，代表七罪中的傲慢，傲慢之神，格斗系+火系
小遥那东西也是宝可梦？
被挑衅的小智可忍受不了这气，快步追了上去。
·莱恩小智，等等
莱恩也跟着进入了门，此时星际之门开始出现异常，能量开始紊乱。
神代不好，由于刚刚的攻击，星际之门很不稳定
刚说完，星际之门就完全失控，产生强大的吸力，神代先生让所有人抓紧附近的固定物体避免被吸走，但依然有人未来得及抓住，最先被吸进去的是离星际之门最近的莎莉娜，其次，小光就要被吸走的瞬间，健悟抓住了小光的手腕，而格拉吉欧为了救莉莉艾，跑过去将莉莉艾用力甩到了母亲身边，自己却被吸了进去。
另一边，健悟已经到了极限，随着吸力越来越大，健悟没能抓住小光，眼睁睁看着小光被卷了进去，当健悟放开手，想跳进星际之门时，星际之门刚好关闭了，随后破碎一地。
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