暗黑大帝共有五颗灵石∶轮回血石、冥月顽石、黑磁石、塔塔鲁石、海地司。海地司是五颗灵石中最厉害也是最重要的一颗。
暗黑大帝在与萌学园的争斗中,企图寻回自己的全部灵石,恢复真身,一举打败夸克族,占领宇宙。
塔塔鲁石是唯一一颗存留在暗黑大帝体内的灵石,当年奈亚公主重创暗黑大帝,只是把其他四颗灵石逼了出来,塔塔鲁石还存留在暗黑大帝体内。
冥月顽石是当年肯豆基为了维持乌克娜娜的生命,放入乌克娜娜体内,后被维多利亚(暗黑大帝控制)夺走,当维多利亚清醒后,无奈冥月顽石已经被暗黑大帝抢走。
轮回血石流落在精灵王国,被b卡索在不知情的情况下带入萌学园,夹在魔法道具∶倒霉围巾里面。后b卡索将围巾送给哈利波波,波波发现石头,却不明用处,放在宿舍,被舍友贵恭仔据为己有。后贵恭仔受到暗黑大帝攻击,轮回血石被夺走。
黑磁石,本颗灵石影响着暗黑大帝的左眼,黑夸大战后一直密封于萌学园长老的密室里,启动时闪耀着蓝色凶光(时空战役开始转变为黄色)的灵石,暗黑大帝的能量之一,被司徒朗从密室盗走献给暗黑大帝,却不想皮卡啾大长老在里面加入一滴奈亚悲伤之泪受到侵蚀,导致暗黑大帝的左眼视力受到巨大影响。